صرف نظر از صحت و سقم مطلبی که به ایشان در اواخر عمر نسبت داشته شده است . دیدگاه ایشان در نفی حکومت دینی آن چنان صریح و روشن است که به هیچ وجه قابل توجیه نیست . ایشان در سال‌های آخر عمر خود به حمایت از نظریه « آخرت گرایانه» از دین پرداخت و حاصل تفکرات ایشان در کتاب «آخرت و خدا هدف بعثت انبیاء» ابراز شده است. ایشان در این کتاب این مسأله را دنبال می کند که سیاست و حکومت مورد توجه قرآن و دین و رسالت انبیای الهی قرار نگرفته و اصولا دین کاری به حکومت ندارد ، چرا که نبوت و حکومت دو مسأله یا دو مشغله جداگانه هستند .( بازرگان، مهدی، آخرت و خدا هدف بعثت انبیاء، مؤسسة فرهنگی رسا، 1377، ص 29) در جای دیگر چنین می نویسد: « حکومت و سیاست یا اداره امت و مملکت و ملت از دیدگاه دیانت و بعثت پیامبران با سایر مسائل و مشاغل زندگی تفاوتی اصولی ندارد… اگر اسلام و پیامبران به ما درس آشپزی و باغداری یا چوپانی نداده و به خودمان واگذار کرده اند تا با استفاده از عقل و تجربه و تعلیمات و با رعایت پاره ای احکام حلال و حرام شرعی ، آنها را انجام دهیم ، امور اقتصاد و مدیریت وسیاست هم به عهده خودمان می باشد .» ( همان ، ص 80)
همچنین در بخش دیگری می نویسد: « تمام حرف ما این است که اگر بر فرض یک حکومت دینی از همه جهت تمام و کمال به دست مؤمنین مخلص ناب تشکیل شد ، آنچه نباید این حکومت و دولت دست به آن بزند و دخالتی بنماید دین و ایمان و اخلاق مردم است . دولت یعنی قدرت و زور در برابر تجاوز بیگانگان به کشور وملت یا تجاوز مردم به یکدیگر ، یک امر ضروری است ، اما در برابر عقیده و عشق و عبادت و رابطه انسان با خود و خدا یعنی آزادی و تقرب ، بسیار بی جا و نقض غرض است » ( همان ، ص 88)آیا با وجود چنین سخنانی می توان مخالفت ایشان با حکومت دینی را توجیه نمود .
درنقد دیدگاه مهندس بازرگان به طور خلاصه باید بگوییم برخلاف دیدگاه بازرگان، قرآن مجید هم اهداف اخروى براى بعثت انبیاء ذکر نموده و هم اهدافى در ارتباط با حیات دنیایى؛ مانند: برقرارى مناسبات عادلانه اجتماعى، تلاش براى آزادى و رهایى انسان از یوغ اسارت و بندگى و بردگى دیگران.
اهدافى که قرآن مجید در رابطه با بعثت انبیاء ذکر نموده عبارت اند از: 1- تلاوت و گوشزد نمودن آیات الهى؛ آل عمران (3)، آیه 164. 2- تزکیه نفوس؛ همان. 3- آموزش کتاب و حکمت؛ همان. 4- توحید و عبادت پروردگار؛ نحل (16)، آیه 36. 5- طاغوت گریزى؛ همان. 6- برقرارى قسط و عدالت اجتماعى؛ حدید (57)، آیه 25. 7- داورى و حکمرانى در میان انسان ها بر اساس عدالت؛ بقره (2)، آیه 214 و نیز نساء (4)، آیه 105. 8- آزادى و رهایى انسان از زنجیر اسارت؛ اعراف (7)، آیه 157. 9- امر به معروف و نهى از منکر؛ همان. استاد مطهرى مى نویسد: «از زمان نوح(ع) هر پیامبرى که آمده است و نظم مذهبى موجود را به هم ریخته، به نظم اجتماعى هم توجه داشته و درپى اصلاح بوده است» (مطهرى، مرتضى، پیرامون انقلاب اسلامى، قم: صدرا، 1369، ص 128) وى سپس به آیه (لَقَدْ أَرْسَلْنا رُسُلَنا بِالْبَیِّناتِ وَ أَنْزَلْنا مَعَهُمُ الْکِتابَ وَ الْمِیزانَ لِیَقُومَ النَّاسُ بِالْقِسْطِ)؛ (حدید (57)، آیه 25)«ما پیام آوران خویش را با دلایل روشن فرستاده و همراه آنان کتاب و میزان فروفرستادیم تا آدمیان عدل و قسط بپا دارند»، اشاره نموده و مى گوید: «یعنى برهم زدن یک نظم فاسد موجود و استقرار یک نظم عادلانه مطلوب، هدف همه رسالت ها و نبوت ها بوده، منتها این امر در اسلام ختمیه محرزتر و مشخص تر است». بنابراین تکیه اکید نصوص دینى بر مسأله آخرت، نافى پرداختن به مسائل دنیایى – به گونه اى که مغایر با سعادت جاودان اخروى نباشد – نیست. حکومت دنیا، به عنوان مطلوب نهایى اندک ارزشى ندارد؛ ولى براى اجراى عدالت و برقرارى قسط و حاکمیت ارزش هاى دینى، بسیار مطلوب و پسندیده است. امیرالمؤمنین(ع) مى فرماید: «به خدا سوگند! این کفش کهنه از نظر من بیش از حکومت بر شما ارزش دارد؛ مگر اینکه حقى را برپا دارم و یا باطلى را ریشه کن سازم»؛ (نهج البلاغه، خطبه 33)  از نظر نصوص دینى، دنیا و آخرت با یکدیگر رابطه اى تنگاتنگ دارند و پرداختن به یکى و وانهادن دیگرى، سخت مذموم است. بنابراین اگر در برخى از آیات و روایات مذمت دنیا شده است، در جایى دیگر روشن شده که منظور از آن دنیاپرستى، دلبستگى به دنیا، و غفلت از یاد خدا و سراى آخرت است. اما پرداختن به امور لازم دنیا و اصلاح و آباد آن و تنظیم صحیح مناسبات انسانى و اجتماعى نه تنها ناپسند نیست، که مورد تأکید دین و در بردارنده خیر و سعادت اخروى نیز مى باشد. در روایت از امام زین العابدین(ع) آمده است: «الدنیا دنیاءان: دنیا بلاغ و دنیا ملعونه»( محمدى رى شهرى، محمد، منتخب میزان الحکمة (مترجم)، ، قم: دارالحدیث، 1381 ، ج 1، ص 364)«دنیا دو گونه است: دنیا آنسان که به آخرت مى رساند و دیگرى دنیاى نفرین شده (که از آخرت بازمى دارد)». در روایت دیگرى نیز از امام على(ع) آمده است: «بالدنیا تحرز الآخره»؛ «آخرت، با دنیا به دست مى آید». همان.
بر خلاف دیدگاه آقاى بازرگان، حکومت در نگاه قرآن ریشه دینى دارد. آیات قرآن به صراحت اعلام مى کند که حق حکومت، قانون گذارى و داورى از آن خدا و کسانى است که از سوى او مأذون باشند؛ و هرگونه داورى و حکمرانى نامبتنى بر قوانین الهى کفر و فسق و ظلم است.  
برای آشنایی بیشتر به کتاب دولت یار ، نقد و بررسی کتاب آخرت و خدا ، هدف بعثت انبیا ( بازرگان)نوشته رسول حامد نیا ، قم: معارف مراجعه شود .