درباره علت این اختلاف گفته شده است: نبى اکرم صلى الله علیه و آله بر سر هر آیه اى، اندکى توقف مى کرد تا یارانش بدانند که پایان و آغاز آیه کجا است؛ ولى پاره اى از موارد نیز وجود داشت که محل وقف پیامبراکرم صلى الله علیه و آله، فاصله میان دو آیه نبود.در اینجا گروهى قبل از وقف را به مابعد آن وصل مى کردند و دسته دیگر، آن وقف را پایان آیه تلقى کرده و دنباله آن را وصل نمى کردند. چنین بود که در شمارش آیات، در مصحف هاى مختلف، اختلافى پیش آمد.
البته امروزه تقریباً بیشتر آیات قرآن، از نظر شماره به طریق کوفیان است که عدد آن 6236 ثبت شده و ابو عبدالرحمن المسلمى از امیر مؤمنان على بن ابیطالب علیه السلام نقل کرده و امام الشاطبى آن را در «ناظمةُ الزُهر» آورده است.[ ر.ک: رامیار، محمود، تاریخ قرآن، ص 57 ؛ براى شرح بیشتر: آمار آیات در نگاه کوفیان، اهل شام، قاریان مکه، قاریان مدینه، صص 572-570.]