هر چند در کتاب های لغت، «تغییر جنسیت» تعریف نشده است، ولی منظور از آن، هر گونه تبدیل و تحول در جنس نر، ماده و یا خنثی است، به گونه ای که وضعیت کنونی، با وضعیت گذشته متفاوت باشد.
از نظر پزشکی، تغییر جنسیت، با «تغییر ژنتیکی» یا «تغییر کروموزوم ها» متفاوت است، به عبارت دیگر، تغییر جنسیت در اصطلاح پزشکان، همراه با «عمل جراحی آلت تناسلی» است، که این امر، هم در تغییر جنسیت خنثی ها و دو جنسی ها صادق است و هم در تغییر جنسیت تراجنسیتی ها (خنثای روانی، Transsexualim) جریان دارد.
فقیهان شیعه تعاریف گوناگون در این باره بیان داشته اند، ولی می توان در تعریف تغییر جنسیت چنین گفت: «تغییر جنسیت عبارت است از تبدیل یا تغییر جنسیت یک فرد از مذکر به مؤنث، یا از مؤنث به مذکر، یا از خنثی به مذکر، یا از خنثی به مؤنث، یا از مذکر به خنثی و یا از مؤنث به خنثی».