برای پاسخ بهتر به این سوال ما ابتدا در قالب سه مقدمه توضیحاتی در مورد فطرت، عقل عملی و وجدان می‌دهیم سپس در پایان جمع بندی نموده و رابطه فطرت و وجدان را بیان می‌کنیم.
الف – فطرت
فطرت از ماده «فطر» در لغت به معنای شکافتن تاج العروس 13/325)گشودن شی ء و ابراز آن (معجم مقائیس اللغه 4/510) ابتدا و اختراع (صحاح جوهری 2/781)

شکافتن از طول ، ایجاد وابداع (مفردات راغب/396) آمده است و از آنجا که آفرینش و خلقت الهی به منزله شکافتن پرده تاریک عدم، و اظهار هستی امکانی است یکی از معانی این کلمه، آفرینش وخلقت است، البته آفرینشی که ابداعی و ابتدایی باشدم نهایه ابن اثیر 3/457)کلمه «فطرت» بر وزن «فِعْلَه» است که دلالت بر نوع ویژه می کند و در لغت به معنای سرشت و نحوه خاصی از آفرینش و خلقت است. در قرآن کریم مشتقات کلمه «فطر» به صورتهای گوناگون به کار رفته لیکن کلمه فطرت تنها یک بار استعمال شده است.
آیت الله مصباح در کتاب معارف قرآن در مورد فطرت بیان می کنند که :
«فطرت» در فارسی به«سرشت» ترجمه می شود و دلالت بر نوع خلقت و آفرینش می کند، و چیزی را «فطری» می‌گویند که نوع خلقت انسان، اقتضای آن را داشته باشد و خدادادی و غیر اکتسابی و کمابیش مشترک بین همه افراد انسان باشد و از این رو شامل همه بینش ها و گرایش های خدادادی انسان می شود. ( ر.ک: آیت الله مصباح (مد ظله )، معارف قرآن, ج1, ص26 ).
در آیات و روایات مضامینی وجود دارد که با صراحت و یا بطور ضمنی بر وجود حقیقت ویژه انسانی و طبیعت مشترک انسان ها و عناصر و ویژگی های آن در بعد شناختی، گرایشی و توانشی دلالت دارد. ولی آنچه که بیشتر مورد تاکید و تصریح آیات و روایات قرار گرفته، مساله فطرت الهی است. روشن ترین آیه ای که بر این حقیقت دلالت دارد آیه شریفه 30 از سوره روم است: «فَأَقِمْ وَجْهَکَ لِلدِّینِ حَنیفاً فِطْرَتَ اللَّهِ الَّتی فَطَرَ النَّاسَ عَلَیْها لا تَبْدیلَ لِخَلْقِ اللَّهِ ذلِکَ الدِّینُ الْقَیِّمُ وَ لکِنَّ أَکْثَرَ النَّاسِ لا یَعْلَمُونَ ـــــــ پس روى خود را با گرایش تمام به حقّ، به سوى این دین کن، با همان سرشتى که خدا مردم را بر آن سرشته است. آفرینش خداى تغییرپذیر نیست. این است همان دین پایدار، ولى بیشتر مردم نمى دانند»(روم،آیه 30) . این آیه به صراحت از وجود نوعی فطرت الهی در انسان خبر می دهد. یعنی انسان با نوعی از سرشت و طبیعت آفریده شده که برای پذیرش دین آمادگی دارد و انبیاء در دعوت انسانها به توحید و پرستش خداوند با موجوداتی بی تفاوت رو برو نبوده اند.
علاوه بر این آیه، در برخی از روایات نیز به فطرت الهی داشتن انسان تصریح شده است. امام باقر(ع) در توضیح روایت نقل شده از پیامبر گرامی اسلام(ص) که فرموده است: کل مولود یولد علی الفطره، فرمود که: « یعنی المعرفه بان الله عز و جل خالقه». مقصود پیامبر(ص) آن است که هر نوزادی با این معرفت و آگاهی که خداوند، خالق و آفریننده اوست متولد می شود.
البته به این نکته نیز باید توجه داشت که، فطرت الهی و توحیدی بشر نباید این گمان را برانگیزد که امور سرشتی، منحصر به جنبه الهی و توحیدی انسان است. زیرا همانطور که قبلاً نیز اشاره شد در سرشت آدمی گرایشها و شناخت ها و توانش های اصیل و فطری فراوانی به ودیعت نهاده شده که نحوه وجود آدمی را از سایر موجودات ممتاز و مشخص می کند. سرّ پر رنگ شدن بحث فطرت الهی بشر در میان سایر امور فطری انسان، اهمیت خاص این عنصر و همچنین پرسش های متنوعی است که درباره فطرت الهی بشر مطرح شده است.
از ویژگی فطرت، زوال ناپذیری آن است که در انتهای سوره روم چنین آمده است: « لا تبدیل لخلق الله» در خلقت الهی تبدیل و تغییری نیست. یعنی آن فطرت الهی که به انسان ارزانی داشتیم امری است که تغییر و تبدیل بر نمی دارد. فطرت الهی ممکن است که مورد غفلت انسان قرار بگیرد اما هرگز نابود نمی شود. و اینکه منبع احکام فطری، اراده الهی است.
آیه الله جوادی آملی در کتاب تفسیر انسان به انسان می فرماید: « قرآن انسان را موجود آگاه بالفعل می داند؛ نه موجود آگاه بالقوه. او هنگام تولد از علوم حصولی بهره ای ندارد ولی دارای علوم حضوری و شهودی است، زیرا روحی مجرد دارد که نزد خود او حاضر است و هرگز از وی غیبت ندارد. پس همواره خود را می بیند و هم اصول و اساس چیزی را که سعادت و شقاوت او را می سازد، بالذات ادراک می کند.علمی که با انسان زاده می شود و همیشه همراه اوست؛ علم خداشناسی، آشنایی با اسمای حسنای الهی، خطوط کلی وحی و نبوت و راه های اصلی رسالت و شریعت و… است که از نظر قرآن، همگی علومی فطری است».
بنابراین، فطرت به معنی سرشت خاص و آفرینش ویژه انسان است و امور فطری، یعنی آنچه که نوع خلقت و آفرینش انسان اقتضای آن را داشته و مشترک بین همه انسانها باشد. دیگر اینکه خاصیت امور فطری آن است که اولاً مقتضای آفرینش انسان است و اکتسابی نیست، ثانیاً در عموم افراد وجود دارد و همه انسان ها از آن برخوردارند، ثالثاً تبدیل یا تحویل پذیر نیست گرچه شدت و ضعف را می پذیرد. آیة الله جوادی آملی،تفسیر موضوعی قرآن ج 12 (فطرت در قرآن) به نقل از سایت تبیان

ب- توضیحی در مورد عقل عملی و نظری
حکما اصطلاحى دارند که عقل را تقسیم مى کنند به دو قسم: عقل نظرى و عقل عملى. البته مقصود این نیست که در هر کسى دو قوّه عاقله هست، بلکه مقصود این است که قوّه عاقله انسان دو نوع محصول فکر و اندیشه دارد که از اساس با هم اختلاف دارند: افکار و اندیشه هاى نظرى، و افکار و اندیشه هاى عملى.
عقل نظرى همان است که مبناى علوم طبیعى و ریاضى و فلسفه الهى است. این علوم، همه در این جهت شرکت دارند که کار عقل در آن علوم قضاوت درباره واقعیتهاست که فلان شى ء این طور است و یا آن طور؟ فلان اثر و فلان خاصیت را دارد یا ندارد؟ آیا فلان معنا حقیقت دارد یا ندارد؟
و اما عقل عملى آن است که مبناى علوم زندگى است، مبناى اصول اخلاقى است، و به قول قدما مبناى علم اخلاق و تدبیر منزل و سیاست مُدُن است. در عقل عملى، مورد قضاوتْ واقعیتى از واقعیتها نیست که آیا اینچنین است یا آنچنان؟ مورد قضاوت، وظیفه و تکلیف است: آیا «باید» این کار را بکنم یا آن کار را؟ این طور عمل کنم یا آن طور؟ عقل عملى همان است که مفهوم خوبى و بدى و حسن و قبح و باید و نباید و امر و نهى و امثال اینها را خلق مى کند. راهى که انسان در زندگى انتخاب مى کند مربوط به طرز کار کردن و طرز قضاوت عقلى عملى اوست و مستقیماً ربطى به طرز کار و طرز قضاوت عقل نظرى وى ندارد. (ر.ک: مجموعه آثاراستادشهیدمطهرى, ج 23, ص 713- 714)

ج- وجدان:
در فرهنگ المنجد، «وجدان» به نفس و قوای باطن معنا شده و «وجدانی( ج. وجدانیات)» به معنی آنچه که هر کسی از نفس خود می یابد و آنچه که به قوای باطنی درک می شود.
اما «وجدان» در فرهنگ اصطلاحات قرآنی، به معنای ضمیر ناخودآگاه آمده.
وجدان را در اصطلاح به آگاهی شخص از شخصیت و درون خود تعریف کرده اند که عاملی برای شناخت مسائل و جوانب مربوط به حیات اوست.
شهید مطهری نیز در مورد معنى وجدان و الهامات وجدانى این‌گونه بیان می کند که وجدان همان تذکر نفس، توجه به خود؛ و با توجه به خود، درک کردنِ اینکه چه چیزى ملایم و مناسب با این گوهر و جوهر است و چه چیزى متضاد با اوست؛ می باشد.(ر.ک: مجموعه آثاراستادشهیدمطهرى، ج 22 ،ص 672)
ایشان در جای دیگری می فرمایند:
قرآن وجدان را تعبیر مى فرماید به «النفس اللّوّامة» (قیامه,2) نفس ملامتگر که صاحبش را ملامت مى کند؛ یعنى قوّه اى در وجود انسان هست که وقتى انسان کار (زشتی) را انجام مى دهد، با خود انسان حرف مى زند و او را ملامت مى کند: اى دل غافل چرا من چنین کارى را مرتکب شدم، عجب کار بدى کردم، روى من سیاه است و از این حرفها.
در ذیل آیه کریمه تَعاوَنوا عَلَى الْبِرِّ وَ التَّقْوى وَ لاتَعاوَنوا عَلَى الْاثْمِ وَ الْعُدْوانِ (مائده,2)
حدیثى نقل شده است که بعد از نزول این آیه مردى به نام وابصه خدمت رسول اکرم آمد و عرض کرد: یا رسول اللَّه! سؤالى دارم. حضرت قبل از اینکه سؤالش را بگوید، فرمود: آیا راجع به اثم مى خواهى سؤال کنى که اثم یعنى چه؟ گفت: بله یا رسولَ اللَّه! فرمود: کار بد همان است که دلت قبول نمى کند. خداوند به بشر دلى داده است که با کارهاى خوب پیوند و با کارهاى بد بیگانگى دارد. و بعد با دو انگشت خود به سینه او زد و فرمود: اسْتَفْتِ قَلْبَکَ یا وابِصَة! از قلب خودت سؤال کن اى وابصه! همان طورى که مى گویند از مجتهد استفتاء کن، از او سؤال کن، فتواى دلت را بخواه که دل هم یک مرجع تقلیدى است، تقوا را از وجدانت بخواه (ر.ک:مجموعه آثاراستادشهیدمطهرى, ج 21 ، ص 256-261)
نکته دیگری که لازم است متذکر شد این است که: وجدانها تغییر مى کنند اما نه به آن معنى که وجدان امر متغیرى است و وضع ثابتى ندارد، بلکه به معناى اینکه وجدان مانند هر قوّه از قواى روحانى و جسمانى انسان حالت سلامت دارد و حالت انحراف؛ در حال انحراف خوب کار نمى کند، عوضى کار مى کند.( مجموعه آثاراستادشهیدمطهرى، ج 21، ص 262)

جمع بندی
1ـ نفس دارای مراتب و شئونات فراوانی است که یکی از آنها وجدان می‌باشد (که یک نوع محرک دورنی برای رسیدن به کمال و خوبی است)
2- فطرت، حقیقت ویژه انسانی و طبیعت مشترک انسانهاست که در زمان آفرینش آن را دارا شده اند و فطرت (یعنی نوع آفرینش انسان)، به‌گونه‌ای است که نفس او دارای مراتب و شئون مختلف باشد؛ و یکی از این مراتب همان وجدان است.
به بیان دیگر وجدان یکی از امور فطری است.
3- وجدان دارای آثار متعددی است از قبیل :
الف- قضاوت وجدان: در این مرحله وجدان بر اساس یافته های عقل عملی و قرار دادهای اجتماعی داورى مى کند و مجرم یا مبرّا بودن انسان را مشخص مى کند.
ب- سرزنش وجدان: انسان چون خود را دوست دارد و براى خود عظمت قائل است، اگر کار زشتى از او صادر گردد، به سرزنش و ملامت خود مى پردازد. بدون شک سرزنش کننده آن و جدانی است که از شخصیّت ایده آلى ما دفاع مى کند و در تکامل آن مى کوشد و این سرزنش مقدمه اى براى تکامل روانى انسان است.
ج – آرامش وجدان: وقتى انسان کار نیک و درستى را انجام داد، یک نوع رضایت خاطر و آرامش به او دست مى دهد و از باطن مورد تشویق قرار مى گیرد و از این جهت لذت و بهجتى به او دست مى دهد و این آرامش با توجه به ایده آلى است که در زندگى خود تشخیص داده است.(ر.ک: ابراهیم زاده، سبحانی، مبانى اندیشه اسلامى(1)، ص 104).
4- وجدان از آن جهت که بعد از انجام کار زشت، انسان را مورد سرزنش قرار می‌دهد نفس لوامه هم نامیده می‌شود.