این مسأله اختصاص به ولی فقیه نداشته و نه تنها در مورد معصومین علیهم السلام ، که در مورد خداوند متعال نیز مطرح است که برخی با وجود علم و اگاهی به خداوند متعال وفرامین او باز از اطاعت خداوند سرباز می زنند . در مورد معصومین علیهم السلام نیز تاریخ گویای مخالفت و نافرمانی از دستورات آن بزرگواران توسط مردم بود واگر براستی همه مردم مطیع فرامین الهی و دستورات معصومین علیهم السلام بودند و از اطاعت آنان سرباز نمی زدند ، انسان ها دچار عصر غیبت امام معصوم نمی شدند . بنابراین با وجود نافرمانی خداوند متعال و معصومین علیهم السلام ، نافرمانی از ولی فقیه چندان تعجب آمیز نیست و همان عواملی که در نافرمانی از دستورات خداوند و معصومین علهیم السلام دخالت دارد ، در نافرمانی از دستورات ولی فقیه نیز مؤثر است ، مسایلی همچون دنیا طلبی ، مقام پرستی ، هوا پرستی ، شهوت طلبی ، راحت طلبی و تن پروری و غفلت و بی توجهی و وسوسه های شیطانی و… همان که در زیارت اربعین به عنوان هدف امام حسین و دلیل مخالفت با حضرت بیان شده است « وبذل مهجته فیک لیستنقذ عبدک من الجهاله و حیره الضلاله و قد توازر علیه من غرته الدنیا وباع حظه بالارذل الادنی وشری آخرته بالثمن الاوکس و تغطرس و تردی فی هواه و اسخطک و اسخط نبیک و اطاع من عبادک اهل الشقاق و النفاق و حمله الاوزار المستوجبین النار » « و خون پاکش را در راه تو به خاک ریخت تا بندگانت را از جهالت و حسرت و گمراهی نجات دهد و مردمی که مغرور دنیا شدند و بهره آخرتشان را به متاع ناچیز پست دنیا فروختند و ظلم و جور کردند و در پیروی هوای نفس هلاک شدند و تو را و پسغمبرت را به خشم و غصب آوردند و از آن بندگانت که از اهل شقاق و نفاق و دشمنی با تو بودن ، پیروی کردند ، در صورتی که آنها حامل بار سنگین گناه و معاصی و مستوجب آتش دوزخ بودند .»
در کنار این عوامل در مورد عدم اطاعت از ولی فقیه چند عامل دیگر نیز تأثیر گذار است از جمله می توان به این موارد اشاره کرد :
1.عدم آگاهی وشناخت ولایت فقیه و جایگاه آن ؛ در برخی موارد اطاعت نکردن از ولی فقیه ناشی از عدم شناخت و آگاهی از ولایت فقیه و جایگاه آن در عصر غیبت و اداره ورهبری جامعه اسلامی است
2.وجود برخی اختلاف نظرها در مورد حوزه اختیارات ولی فقیه نیز از عواملی است که موجب کوتاهی در اطاعت از ایشان می شود زیرا در برخی نظرات حوزه اختیارات ولی فقیه به امور حسبیه محدود شده و فراتر از آن ولایتی را برای فقیه جامع شرایط معتقد نیستند گرچه بر اساس همه دیدگاههای ولایت فقیه در صورت تشکیل حکومت دینی توسط ولی فقیه و پذیرش مردم ، هر گونه مخالفت و تضعیف آن جایز نیست ، اما به هر حال چنین دیدگاهی زمینه نوعی عدم اطاعت لازم از ولی فقیه را ایجاد می کند .
3.ترجیح منافع حزبی و گروهی ؛ در مواردی ترجیح منافع حزبی و گروهی بر منافع عمومی موجب می شود که دستورات ولی فقیه آن چنان که باید مورد توجه قرار نگیرد .