1. بازنگری در قانون اساسی و تحول در ساختار سیاسی کشور

با گذشت یک دهه از اجرای قانون اساسی و تجربیات و تحولاتی که در ساختارهای مختلف کشور رخ داده بود، ضرورت بازنگری در قانون اساسی احساس می‌شد که با دستور امام در سال 68 شکل گرفت.
براساس این بازنگری، پست نخست وزیری حذف شد و اختیارات رئیس جمهور افزایش پیدا کرد. در قوه قضائیه ریاست فردی جایگزین اداره شورایی گردید.
جایگاه تشخیص مصلحت نظام تثبیت گردید و در مسئله رهبری، شورای رهبری و شرط مرجعیت از شرایط رهبری حذف گردید. همچنین اصل بازنگری در قانون اساسی درج گردید.

2. سیاست توسعه اقتصادی و تنش‌زدایی

در این دوره که با ضرورت بازسازی و ترمیم زیر ساخت‌های کشور همراه بود، دولت سازندگی با شعار توسعه اقتصادی آغاز به کار نمود و در زمینه سیاست خارجی تلاش نمود تا با سیاست تشنج زدایی روابط خود با سایرکشورها را ترمیم و بهبود بخشد. و در این راستا تلاش‌های زیادی برای بهبود روابط با کشورهای همسایه، کشورهای عربی حوزه خلیج فارس و کشورهای اروپایی انجام گرفت این روند تا جایی پیش رفت که حتی به زمینه چینی برای مذاکره با آمریکا ختم شد.
در سال‌های پایانی دوره اول ریاست جمهوری آقای‌ هاشمی رفسنجانی، فضای کشور به شدت تحت تأثیر انتقادات جریان‌های مختلف سیاسی کشور از پیامدهای اقتصادی، اجتماعی، سیاسی و فرهنگی برنامه‌ها و سیاست‌های کلان دولت بود به طوری که گروه‌های چپ گرا دولت را به دور شدن از عدالت اجتماعی، اخذ وام خارجی و وابسته کردن اقتصاد کشور، افزایش نابرابری اقتصادی و بستن فضای سیاسی متهم می دیدند و نیروهای راست گرا نیز از سیاست‌های اقتصادی دولت و سیاست‌های دولت در حوزه فرهنگی و سیاسی انتقاد داشتند.
در مجموع اقدامات دولت در بازسازی کشور و ایجاد زیر ساخت‌های اقتصادی و فرهنگی کشور که در قالب برنامه اول و دوم در دوران ریاست جمهوری آقای‌ هاشمی رفسنجانی انجام شد، پیامدهای مثبت و منفی مختلفی را در عرصه‌های سیاسی، اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی کشور بر جای گذارد و تحول کیفی را در کشور به وجود آورد که زمینه ساز تحولات مهم بعدی گردید.

3. ماجرای دادگاه میکونوس

یکی از حوادث مهمی که بر تحولات سیاسی کشور و روابط خارجی به ویژه با کشورهای اروپایی تأثیر گذار بود ماجرای دادگاه میکونوس بود.
در این ماجرا که به دنبال ترور صادق شرفکندی دبیرکل حزب دموکرات کردستان و سه تن از همفکران وی در 26 شهریور ماه 1371 در رستوران میکونوس شهر برلین آلمان صورت گرفت و با نقش آفرینی بنی صدر همراه شد، دادگاه میکونوس پس از پنج سال در حکمی که بر مبنای شهادت گروهک منافقین
شکل گرفت، حکم بازداشت وزیر اطلاعات جمهوری اسلامی ایران را صادر
نمود و در آن از برخی مقامات جمهوری اسلامی از جمله آقای هاشمی رفسنجانی (رئیس جمهور وقت) به عنوان طراحان این ترور نام برده شد که همزمان با اعلام این حکم موهن، رسانه‌های غربی به ویژه رسانه‌های آمریکا و رژیم صهیونیستی تبلیغات گسترده‌ای را بر علیه نظام جمهوری اسلامی به راه انداختند و تلاش نمودند که جمهوری اسلامی را به عنوان ناقض حقوق بین المللی معرفی نمایند. با وجود سیاست تنش زدایی دولت آقای هاشمی، توطئه کشورهای اروپایی با محوریت آلمان پاسخ نامناسبی به حسن نیت ایران بود.
متعاقب صدور این حکم، مقامات رسمی کشور و وزارت امور خارجه ضمن محکوم نمودن این حکم، مراتب اعتراض شدیداللحن خود را به مقامات آلمانی اعلام نمودند که به دنبال آن روابط ایران و آلمان تیره شد و سفیر این کشور و سفرای کشورهای اروپایی در اقدامی هماهنگ یکی پس از دیگری کشور را ترک کردند و روابط کشورمان با کشورهای اتحادیه اروپا نیز تیره گردید. در چنین شرایطی مقام معظم رهبری در واکنش به این اقدام، با قاطعیت فرمودند:
«لازم نیست سفرایی که رفته‌اند به ایران برگردند، سفیر آلمان حق ندارد بیاید تا زمانی که ما بگوییم و اگر بنا باشد سفرای کشورهای اروپایی مجدداً به تهران بازگردند – البته ایران در این راه پیش قدم و درخواست کننده نخواهد بود – سفیر آلمان باید آخرین آن‌ها باشد».[ فوزی، یحیی، تحولات سیاسی اجتماعی بعد از انقلاب اسلامی در ایران، پیشین، ج2، ص 302.]
پس از مدتی کشورهای اروپایی که از چنین اقدامی طرفی نبستند مجبور شدند سفرای خود را راهی ایران نمایند و همان گونه که مقام معظم رهبری تأکید فرمودند سفیر آلمان آخرین سفیری بود که به صورت تحقیر آمیز وارد ایران شد.