زندگى و حیات سیاسى سیدجمال از ناحیه طرفداران و مخالفان او به گونه اى گزینشى و غیر علمى بررسى شده است. از دوران حیات او تاکنون بیشترین مجادله ها بر سر آرا و فعالیت هاى سیاسى او صورت گرفته و دیدگاه هاى متفاوت و حتى متضادى درباره او ارائه شده است. سنت گرایان و بنیادگرایان اسلامى و مذهبى او را بى دین و غرب زده و غرب گرایان و متجددان او را مذهبى و اسلام گرا مى دانند و لذا هر دو گروه، یکى به نام دین و سنت و دیگرى به نام مدرنیته و تجدد او را تکفیر کرده و رد مى کنند.برخى نویسندگان چون اسماعیل رائین و محمود محمود در ایران به دلیل عضویت سیدجمال در فراماسونرى او را جاه طلب، وابسته و حتى انگلیسى مى خوانند. در مقابل کسانى چون خانم کدى و لمبتون با دسترسى به اسناد وزارت خارجه انگلستان او را فردى ضد استعمار و ضد امپریالیست دانسته، ولى در عین حال خانم کدى در راستاى تعصبات سیاسى مبتنى بر شرق شناسى، در اعتقادات مذهبى سیدجمال تردید کرده و گفته است: او مذهب را وسیله مبارزات ضداستعمارى خود کرد. کسانى چون حامدالگار با اشاره به نامه سیدجمال به ارنست رنان، در اعتقادات مذهبى سیدجمال تردید کرده و نتوانسته اند به نتیجه گیرى روشن درباره او برسند. نویسندگانى چون کریم مجتهدى در کتاب سیدجمال و تفکر جدید او را پوزیتیویست خوانده اند. برخى او را صرفاً طرفدار وحدت مسلمانان در ضدیت با استعمار دانسته و برخى دیگر او را مشروطه خواه نیز خوانده اند. مرحوم عبدالهادى حائرى در تشیع و مشروطیت و سایر آثارش او را ضداستبداد و مشروطه خواه دانسته است .به هرحال، آنچه که بسیارى از طرفداران و مخالفان سیدجمال از آن غافل هستند و یا خود را به تغافل مى زنند، عدم توجه به اندیشه سیاسى سیدجمال است که فراتر از فعالیت هاى سیاسى اوست. نهضت سیدجمال، هم فکرى بودوهم سیاسى وتوجه به نهضت سیاسى وفعالیت هاى سیدجمال بدون پرداختن به نهضت فکرى واندیشه هاى او،به تحریف وتحلیل نارساو غیر علمى از شخصیت و نهضت اصلاحى سیدجمال مى انجامد. سیدجمال اگرچه اهل سیاست و مرد عمل و سیاستمدار و فردى درگیر و مبارز و اهل حرکت و تغییر در صحنه هاى اجتماعى و سیاسى بود، ولى با این حال، اهل اندیشه و خرد و دانش و داراى بینش علمى و فلسفى و نیز متفکر و حکیمى دردآشنا و دردمند و روشنفکرى متعهد بود. او از معدود افرادى بود که به زبان ماکس وبر که به مقایسه «دانشمند» و «سیاستمدار» مى پردازد، هم دانشمند و روشنفکر و هم سیاستمدار و رهبر و رجل سیاسى بود و این دو را با دیندارى جمع کرده بود. او روشنفکر بود، ولى هم درد دین و هم دغدغه جامعه داشت. سیدجمال سیاستمدار بود، ولى بى خرد و فاقد تئورى و فاسد و تباه نبود و سیاست او با فلسفه و اخلاق عمیقاً پیوند داشت. پاسخ به نامه ارنست رنان از نقاط مبهم و پیچیده زندگى و فعالیت هاى سید به شمار مى رود . در این مورد همانند اکثر فعالیت هاى سیاسى سید، برداشت ها و اظهارنظرهاى گوناگونى شده است؛ عده اى آن را دلیل بر اسلامیّت و دیانت سید دانسته اند که به دفاع از اسلام و مسلمانان پرداخته است؛( صدر واثقى، سیدجمال الدین حسینى پایه گذار نهضت هاى اسلامى، ص 118؛ سید هادى خسروشاهى، اسلام و علم، ص 30 – 32.) بعضى آن را دال بر بى دینى سید و عدم اعتقاد او به اسلام دانسته اند؛(حمید عنایت، سیرى در اندیشه سیاسى عرب، ص 108؛ نیکى کدى، پاسخ اسلامى به امپریالیزم، به نقل از: مرتضى مدرسى چهاردهى، سیدجمال الدین واندیشه هاى او، ص 14) دسته اى آن را متضاد و معارض با آثار دیگر سید از جمله رساله نیچریه و مقالات منظم عروةالوثقى قلمداد کرده اند(حامد الگار، نقش روحانیت پیشرو در جنبش مشروطیت، ص 274؛ هما ناطق، مقاله اى در یادنامه سیدجمال الدین اسد آبادى، به قلم گروهى از دانشمندان، ص 195) و از این رو، بعضاً وى را یک روشنفکر صرف مى دانند که اعتقاد خاصى ندارد و با ملل غرب به زبان و فرهنگ آنها و با ملل شرق به زبان اسلامى سخن مى گوید و سرانجام، برخى آن را دلیل بر اعتقاد سید به تعارض دین و فلسفه دانسته اند.( حمید عنایت، سیرى در اندیشه سیاسى عرب، ص 109 – 110) اما با توجّه به تفکر عمومى سید جمال، به نظر مى رسد که نسبت دادن بى دینى و عدم اعتقادِ به اسلام به سید کاملاً بى اساس و به دور از واقعیّت است.ارنست رنان در 29 مارس 1883 در سوربن پاریس کنفرانسى تحت عنوان «اسلام و علم» برگزار کرد که متن آن، روز بعد در روزنامه ژورنال ددبا چاپ شد و طى آن کوشید چنین وانمود کند که اسلام و علم با یکدیگر متباین و متضاد هستند و ایمان به غیب با اصلاح و نهضت منافات دارد.( سیدهادى خسروشاهى، اسلام و علم، ص 16 و 17) از جمله کسانى که به این سخنرانى جواب داده و نظر رنان را رد کرده اند مى توان از نامق کمال بک، متفکر ترک و بایزید اوف، امام مسجد پطرزبورگ و پرفسور ماسینیون و سید جمال نام برد، اما پاسخ سیدجمال از همه آنها مهم تر و پر سروصداتر بود که انعکاسى وسیع یافت.سندى که ارنست رنان در سخنرانى خود به کار مى برد شرح نامه اى است از قاضى موصل گویا ژنرال لایارد از این قاضى درباره وضع جغرافیایى و طبیعى شهر اطلاعاتى مى خواست و قاضى نامبرده که میل نداشت اطلاعاتى از وضع محلى به دست خارجیان بدهد، جواب داده بود که پرداختن به این نوع مسائل در حدّ بندگان خدا نیست و کنجکاوى در امور طبیعت کفر است و زمین آفریده پروردگار بوده و تنها اوست که از موقعیت شهرى که آفریده آگاه است.رنان از این گفته که به قول لوئى ماسینیون و محمد حمیداللّه و نامق کمال، شاعر ترک، هرگز وجود خارجى نداشته است، چنین نتیجه مى گرفت که مذهب اسلام حس کنجکاوى را از مسلمانان گرفته و آنان را نسبت به همه رویدادها بى تفاوت ساخته است و روان آنان را با پذیرفتن همه نوع آزار و ستم که جز «خواست خدا نیست»! سازگار کرده است.( هما ناطق، مقاله اى دریادنامه سیدجمال الدین اسدآبادى، به قلم گروهى از دانشمندان، ص 198-199)حتى پروفسور ماسینیون با ارائه دلایلى اثبات و اعلان مى کند که نویسنده این نامه، قاضى مجهول موصل نبوده، بلکه خود رنان آن را نوشته بوده است.( سید هادى خسروشاهى، اسلام و علم، ص 22 – 25)ظاهراً سید ابتدا یادداشتى در البصیر به زبان عربى منتشر کرد و مختصراً پاسخى داد، اما پاسخ اصلى وى چند روز بعد منتشر شد و به دلیل آن که اصلِ آن عربى بوده و بعد به فرانسه ترجمه شده است، برخى از مریدان سید معتقدند در درستى انتساب این نامه به سید جمال، دست کم به شکلى که در ژورنال ددبا انتشار یافته، تردید باید کرد؛ یکى از این افراد، محمد حمیداللَّه حیدرآبادى، استاد پیشین دانشگاه پاریس و استانبول است که عقیده دارد «قسمت هایى از جواب سید جمال (به رنان) ساختگى است و مترجم آن به فرانسه با تحریفات وقیحانه اى به چاپ آن اقدام کرده است».( حمید عنایت، سیرى در اندیشه سیاسى عرب، ص 108)سید جمال هنگامى که در پاریس متن سخنرانى رنان را در روزنامه ژورنال ددبا مورخ سى ام مارس 1883 مطالعه کرد، مکتوبى به صاحب روزنامه فرستاد که آن مکتوب قبل از هجدهم مه همان سال چاپ نشد و وقتى که مکتوب وى منتشر گردید، نویسنده روزنامه براى توضیح نوشته بود:«خوانندگان ما به یاد دارند که آقاى رنان چندى پیش در سوربن کنفرانسى درباره دین اسلام و علم داد که پیروزى و موفقیّت بزرگى به دست آورد و ما اوّلین کسى بودیم که متن این سخنرانى را منتشر کردیم… و اکنون شیخ جمال الدین افغانى براى ما نامه اى در این باره به زبان عربى فرستاده که شامل بعضى از مسائلى است که در موقع مطالعه متن آن سخنرانى به ذهنش آمده است و ما اکنون صحیح ترین ترجمه این نامه را براى استفاده خوانندگان خود درج مى کنیم».( سید هادى خسروشاهى؛ اسلام و علم، ص 26)اما چون در حال حاضر اثرى از آن روزنامه نیست و هنوز متن عربى پاسخ سید را محققان به دست نیاورده اند و فقط همین ترجمه ناقص فرانسه موجود است، از این رو جز تجزیه و تحلیل و نقد این جریان چاره دیگرى نیست؛ به دلایلى چند، علاوه بر جعلى به نظر رسیدن نامه قاضى موصل -همان طور که پروفسور حمیداللّه اظهار مى دارد – «در جواب جمال الدین نیز از طرف مترجم نامه، که در اداره روزنامه بوده و شاید خود رنان باشد… چون وى از نویسندگان و کارمندان آن روزنامه بود… تحریفات و دستبردهایى شده است».(همان ، ص 27) حمید اللّه دلایل خود را در تحلیل و نقد جریان، اقامه مى کند و به مطالبى اشاره مى کند که در آن پاسخ هست، ولى بعید به نظر مى رسد که از قلم شخصى چون سید جمال تراوش کرده باشد.(همان ، ص 27-31)جالب توجه این که روز بعد از انتشار این نامه سید، پاسخ رنان بر جواب سیدجمال الدین چاپ شد که در آن، موافقت خود را با جمال الدین در بعضى از مسائل، یعنى در این تحریفاتى که خود افزوده بودند، یادآور شده بود.( همان، ص 31)با این حال، عمده ترین دلیل و مدرک آن دسته از روشنفکرانى که مدعى اند میان نوشته هاى شرقى و غربى سید و پاسخ به رنان و رساله نیچریه یا عروةالوثقى، تضاد و تناقض و حتى فرق اساسى است، عباراتى از همین ترجمه است، در حالى که طبیعى است که در ترجمه اعمال نظر و تحریف صورت گرفته باشد و به احتمال قوى مترجم فرانسوى جواب سید، برخلاف امانت دارى، عبارت هایى از پیش خود بر جواب افزوده یا با دخل و تصرف ناروا در برخى عبارت ها، معناى آنها را تحریف کرده باشد.( حمید عنایت، سیرى در اندیشه سیاسى عرب، ص 109)نیکى کدى که معتقد است سید جمال فردى مذهبى نبود ولى مى کوشید از تاکتیک هاى مذهبى استفاده کند(نیکى کدى، تحریم تنباکو در ایران، ص 20 و 21)، در کتاب پاسخ اسلامى به امپریالیسم مى نویسد: «(سیدجمال) در آن جا (پاریس) با رنان به مباحثه پرداخت و شدیداً از دین اسلام به عنوان خفه کننده علم، آزادى فکر و پیشرفت تنقید کرد».( کدى، به نقل از: مرتضى مدرسى چهاردهى، سیدجمال الدین و اندیشه هاى او، ص 14)حامد الگار نیز مى نویسد:«پاسخ جمال الدین به این حمله سختى که علیه اسلام شده بود… تناقض درخور تأملى با مطالب العروةالوثقى داشت، وى نوشت: جامعه مسلمانان هنوز خود را از قیمومت دین آزاد نکرده است. لکن باتوجه به این که دین مسیحیّت چندین قرن بر دین اسلام تقدم دارد، نمى توانم از این امید صرف نظر کنم که جامعه محمّدى (چنین است) سرانجام روزى موفق خواهد شد که قیود خود را بشکند و مصممانه به پیروى از سرمشق جامعه غربى در راه تمدن گام بردارد، زیرا که دین مسیح به رغم سخت گیرى و تعصب آن هرگز مشکلى حل ناشدنى عرضه نکرده است، نه، من نمى توانم اجازه دهم که اسلام این امید را ناروا بشمارد».( حامد الگار، نقش روحانیت پیشرو در جنبش مشروطیت، ترجمه ابوالقاسم سرّى، ص 274-275)اما الگار در زیرنویس همان صفحه کتابش مى نویسد: «… بعید است که آب و تاب این پاسخ از قلم شخص جمال الدین ناشى شده باشد».(همان ، ص 275) بعد ایشان ضمن نتیجه گیرى مى گوید: «علاقه او (سید) بیش از همه به امت اسلامى بوده است و به همین منظور علیه رنان به دفاع از امت اسلامى پرداخته، نه ایمان اسلامى. از این رو، نیز توجه او به اتحاد و کشمکش میان غرب و اسلام از مخالفت دوجانبه تمدن ها و جوامع این هر دو سرچشمه گرفته بود».(همان) اما عبده در نامه اش به سید مى نویسد: «از آنچه شما در روزنامه ددبا در رد مسیو رنان نوشته بودید و از اسلام دفاع کرده بودید مطلع شدم… تو از کسانى هستى که سر دین را با شمشیر دین نمى برى».( اصغرمهدوى وایرج افشار، مجموعه اسناد ومدارک چاپ نشده درباره سیدجمال الدین مشهوربه افغانى، ص 66، سند شماره 22)آن قدر که از ترجمه پاسخ سید بر مى آید، وى در این نامه در دو قسمت به دفاع از اسلام و امت اسلامى مى پردازد: در قسمت اوّل، رابطه دین اسلام با علم و تمدن را بررسى مى کند و در آن، اعتقاد دینى و اسلام را «تنها عامل مؤثر براى نجات ملت ها از توحش و بربریت و یگانه راهبر آنان به سوى عالى ترین مدارج کمال و تمدن»( سید هادى خسروشاهى، اسلام و علم، ص 47 و 48.) معرفى مى کند؛ در قسمت دوم، وضع مسلمانان را در زمینه علم و تمدن بررسى مى کند و با یادآورى گذشته با شکوه مسلمانان در زمانى که اکثر مناطق دنیا در اوج عقب ماندگى بودند و مسلمانان مظهر علم و تمدن به شمار مى آمدند، به عقب ماندگى و انحطاط آنان در قرون اخیر اذعان مى نماید:«آرى، تا هنگامى که دولت اسلامى در مشرق و مغرب پرچمدار پیشرفت علمى بود، بزرگ ترین مراکز علمى و فلسفى در عراق و اندلس قرار داشت، ولى هنگامى که این دولت رو به انحطاط نهاد، عقب نشینى علمى هم در بلاد اسلامى آغاز شد… البته این وضع اسف انگیز، هرگز دلیل آن نتواند بود که اسلام و مردم عرب، در قرون وسطى که قدرت و سلطه در دست آنها بود، در پیشرفت علم و فلسفه کوشش نکردند».( همان، ص 59)آن گاه سیدجمال یک سؤال بسیار اساسى و مهم مطرح مى کند که بعد از آن تاریخ همواره مورد توجه متفکران و مصلحان مسلمان بوده است: «در این جا یک سؤال باقى مى ماند و آن این که: فرهنگ و علوم اسلامى که جهان را با نور درخشان خود روشن نمود، چرا رو به زوال نهاد و به خاموشى گرایید؟ و چرا این مشعل فروزان، بار دیگر روشن نگردید؟ و چرا جهان عربى هم اکنون در پوششى از ظلمت و تاریکى فرورفته است؟ آیا مسؤولیت آن به عهده دین و مذهب است؟».( همان، ص 71 و 72)سید جمال در مقام پاسخ به این سؤال، به نقش زمامداران کشورهاى اسلامى و استبداد سیاسى اشاره کرده مى گوید:«متأسفانه در سرزمین هایى که اسلام قدرت یافت پس از مرور زمانى زمامداران به مخالفت با علوم پرداختند و استبداد سیاسى هم بر این امر کمک بزرگى نمود، به طورى که سیوطى مى نویسد: خلیفه عباسى، هادى، دستور داد که گردن پنج هزار نفر از فلاسفه را بزنند تا ریشه علوم در کشورهاى اسلامى خشک شود و از بین برود. البته در این آمار آثار مبالغه و گزاف به چشم مى خورد، ولى بدون شک این امر – هرچه قدر هم کوچک بوده و تعداد مقتولین آن کم باشد – فاجعه اى است و در واقع یک لطمه خونین در تاریخ یک ملت و یک آیین به شمار مى رود. اما جاى گفت و گو نیست که ما رویدادها و حوادث شدیدترى در این زمینه، در تاریخ مسیحیّت نیز مى بینیم»( همان، ص 72 و 73).نتیجه و تأثیر این برخورد سید جمال با رنان نیز بسیار با اهمیّت و سازنده بود، به خصوص در جهان اسلام، به گونه اى که متفکران زیادى در اثبات رابطه اسلام و علم و تمدن و علل ضعف و انحطاط مسلمانان و یافتن پاسخ سؤال سید جمال، مقالات و کتاب هاى فراوان و سرنوشت سازى نوشتند و اندیشه اصلاح و احیاى تفکر اسلامى را تعقیب کردند:«پس از سخنرانى مشهور ارنست رنان درباره اسلام و علم، و جدال متعاقب آن میان رنان و جمال الدین افغانى… یکى از اشتغالات ذهنى مهم نویسندگان اصلاح طلب، ردّ نظریه اى بود که مى گفت: اسلام مخالف روح علمى و مسؤول عقب ماندگى فرهنگى مردم مسلمان به شمار مى رود. رشیدرضا فریاد مى زند: ما قلم ها و صداهایمان را در ضمن نوشتن و تکرارکردن خسته کرده ایم (براى اعلام این مطلب) که بدبختى مسلمانان نمى تواند موجب سرزنش دینشان گردد، بلکه بیشتر مربوط به بدعت هایى است که در آن ایجاد کردند، و مربوط بدین حقیقت است که آنان به اصطلاح اسلام را همچون پوستینى وارونه به تن کرده اند».( نهضت بیدارگرى در جهان اسلام، ترجمه سید محمد مهدى جعفرى، ص 40 و 41)این تأثیر در خود رنان نیز مهم و قابل توجه بود، به گونه اى که استاد احمد امین از قول رنان نقل مى کند: «سید در من تأثیر زیادى کرد و بین ما مباحثه اى در گرفت که من بعد از آن تصمیم گرفتم که موضوع کنفرانسم در سوربن رابطه علم با اسلام باشد». امین همچنین از قول وى مى نویسد: «من در وقت مباحثه با سید از آزادى فکر و دانش و صراحت لهجه او به فکرم رسید که یکى از دانشمندان بزرگ قدیمى را مى بینم و با ابن سینا و ابن رشد روبه رو هستم و یا با یکى از این آزادگانى که در قرن گذشته براى آزادى انسانیت از اسارت کوشش کرده اند، سخن مى گویم».( سیدهادى خسروشاهى، اسلام و علم، ص 95)حتى نیکى کدى نیز به تأثیرپذیرى رنان از سید اشاره کرده است. دکتر گوستاولوبون با انتقاد از رنان، به تغییر عقیده رنان در برخورد با سید اشاره مى کند و از این که او اعراب را مورد حمله قرار داده، اظهار تأسف مى کند و «کار این فاضل شهیر را در تغییر عقیده به این جا مى کشاند که تأسف مى خورد چرا من از پیروان پیغمبر اسلام(ص) نمى باشم»، چنان که در جاى دیگر مى گوید: «هیچ وقت داخل مسجدى نشدم مگر این که فوق العاده متأثر شده و افسوس خوردم که چرا جزو اتباع اسلام نبوده ام».( همان، ص 116 و 117، به نقل از: گوستاولوبون، تمدن اسلام و عرب)نکته مهمى که در تعریف و تمجید رنان از سید جمال، قابل توجه است این است که شاید رنان به این گفتار سید نیز برخورد کرده باشد که مى گوید:«اگر بخواهیم آزادگان اروپا را به دین خود بخوانیم لازم است که نخست به آنها بگوییم که ما مسلمان نیستیم، زیرا آنها وضع فعلى ما را نتیجه تربیت قرآن مى دانند. آرى آنان به دنبال قرآن مللى را مى بینند که در میان آنها جهل و ذلت و بدبختى و… شیوع یافته و آن وقت است که مى گویند: اگر این کتاب واقعاً مصلح اجتماع بود پیروان آن آن طور که ما مى بینیم نبودند».( همان، ص 95 و 96)(ر.ک: موثقی ، احمد ، سید جمال الدین اسد آبادی ، مصلحی متفکر و سیاستمدار، تهران:  مؤسسه تحقیقات و نشر معارف اهل بیت (ع))