درباره نوع و چگونگی کشته شدن مختار و قاتل وی باید گفت: زمانی که مختار از قاتلین و حامیان شهادت امام حسین علیه السلام و اشراف کوفه انتقام گرفت و در کوفه حکومتی تشکیل داد, این سرکوبی اشراف کوفه و جستجوی مختار برای یافتن باقی کشندگان خاندان رسول الله (ص) موجب فرار اشراف و برخی از قاتلان به بصره شد. از جمله آنان محمد بن اشعث کندی و شبث بن رِبعی تمیمی بودند که با مصعب بن زبیر حاکم بصره (که برادر عبدالله بن زبیر بود) علیه مختار ائتلاف کردند. آنها حتی افرادی را نیز فرستادند تا با تبلیغ، مردم را از حمایت مختار باز دارند. تصرف سرزمین جزیره و گسترش اقتدار سیاسی و نظامی مختار و تشویق اشراف کوفه، مصعب بن زبیر را که از سوی برادرش والی بصره شده بود، مصمم به نبرد با مختار کرد. مصعب سپاهی از قبایل مختلف عرب و فراریان (اشراف) کوفه فراهم ساخت و به سوی کوفه حرکت کرد. مختار نیز سپاهی به شمار سی هزار نفر از اعراب و ایرانیان بسیج کرد و فرماندهی آن را به «احمر بن شمیط احمسی» واگذاشت، زیرا ابراهیم بن مالک (بزرگترین حامی مختار در قیامش) از مختار کناره گرفته بود. او که اینک در موصل حاکمیت یافته بود حاضر به بازگشت به کوفه برای حمایت از مختار نشد. دو سپاه در مَذار، واقع در میسان بین واسط و بصره، روبه رو شدند. مصعب یاران مختار را به کتاب خدا و سنت پیامبرش و بیعت با عبدالله بن زبیر به عنوان امیرالمؤمنین فرا خواند. ابن شمیط نیز آنان را به کتاب خدا و سنت رسولش و بیعت با امیر مختار و قرار دادن خلافت در خاندان رسول الله (ص) به شورا، فرا خواند. مصعب به سپاه مختار حمله کرد و آنان را شکست داد. احمر بن شمیط به همراه بسیاری از یاران خود کشته شدند و شمار زیادی از آنان فرار کردند. مصعب پس از پیروزی در مَذار از راه خشکی و رودخانه فرات به سوی کوفه حرکت کرد. مختار نیز بقایای سپاه خود را گرد آورد و به مقابله او رفت لیکن هنگامی که نبرد در گرفت مختار شکست خورد و بیشتر فرماندهانش کشته شدند. مختار و بقیه یارانش به قصر پناه بردند. پس از مدتی مختار چون ضعف و نافرمانی یاران خود را دید تصمیم گرفت از قصر بیرون آمده و با سپاه مصعب مقاتله کند، کسی را نزد زوجه اش ام ثابت دختر سمره بن جندب فرستاد و او مقداری عطر برای او ارسال داشت، آنگاه مختار غسل و حنوط نمود و آن عطرها را بر سر و صورتش مالیده و با نوزده نفر از یارانش که سائب بن مالک اشعری نیز از جمله ی آنها بود بیرون آمد و روی به سپاهیان مصعب کرد و گفت: آیا امان می دهید مرا که بیرون آیم؟آنان پاسخ دادند که: باید بر آنچه درباره ی تو حکم می شود، تسلیم باشی.مختار گفت: هرگز من تسلیم حکم شما نشوم.پس با سپاهیان مصعب وارد جنگ و مقاتله شد تا او را به قتل رساندند (تجارب الامم, ج 2, ص 174)مختار را دو نفر از قبیله ی بنی حنیفه که برادر یکدیگر بودند به نام طرفه و طراف فرزندان عبدالله بن دجاجه به قتل رساندند(کامل ابن اثیر, ج 4,ص 273؛ همچنین وی در تتمه المنتهی قاتل مختار را عبدالرحمن بن اسد حنفی ذکر کرده است) یعقوبی نقل کرده است که: در آن ایام مختار شدیدا بیمار بود و زد و خوردهای زیادی بین مصعب و مختار رخ داد که این درگیریها چهار ماه طول کشید تا اینکه کم کم یاران مختار از اطراف او پراکنده شدند و بجز تعداد کمی از یارانش کسی با او باقی نماند، پس مختار به قصر آمده و مصعب با سپاهیانش او را محاصره کردند، و هر روز مختار و یارانش از قصر بیرون می آمدند و محاربه می کردند و سپس به قصر باز می گشتند، پس یکی از روزها مختار از قصر بیرون آمد و جنگ سختی با سپاه مصعب نمود تا اینکه کشته شد، پس یارانش به قصر بازگشتند و در آن پناه گرفتند و تعداد آنها هفت هزار نفر بود، پس مصعب آنها را امان داد، عهدنامه نوشته و در آن تعهد نمود که به هیچ وجه متعرض پناه گرفتگان در قصر نشود.پس آنها را یک نفر یک نفر آورده و گردن زدند، و این عذر و خیانت و شکستن عهد توسط مصعب یکی از خیانتهای مشهور در اسلام است. (تاریخ یعقوبی, ج 2, ص 293)سن او را هنگام کشته شدن 67 سال ذکر کرده اند. از لابلای روایات بسیاری بر می آید که امامان و پیشوایان مذهبی همواره نسبت به مختار اظهار علاقة فراوان می کردند و از اقدام او در انتقام گرفتن از قاتلین امام حسین ـ علیه السلام ـ و اصحابش ـ علیهم السلام ـ مسرور بوده اند. امام باقر ـ علیه السلام ـ فرمودند: «مختار را بد نگوئید که او دشمن ما را کشت و انتقام خون ما را گرفت.» (عالمی، محمدعلی، حسین نفس مطمئنه، تهران، انتشارات هاد، چاپ اول، 1372، ص 39. )در جای دیگر به پسر مختار می فرماید: «خدا پدرت را بیامرزد، حق ما را از هر که بر او حق داشتیم گرفت.»(مجلسی. بحارالانوار، بیروت، موسسه وفاء، چاپ دوم، 1403، ج 45، ص 351 )و همچنین زمانی که سر عبیدالله بن زیاد را به مدینه نزد امام سجاد ـ علیه السلام ـ آوردند امام فرمودند: «که هیچ کس از بنی هاشم نبود مگر اینکه به مختار درود فرستاد و در حق وی دعا کرد و نسبت به وی سخن نیک گفت.» (محمد بن سعد. طبقات الکبری، بیروت، دارالاحیاء التراث العربی، 1405، ج5، ص 285 )و یا اینکه ابن عباس در جواب ابن زبیر که مختار را کذاب می خواند گفت: «او کسی است که قاتلان ما را کشته، انتقام خون ما را گرفته، دل های ما را تسکین داده و پاداش چنین کسی از سوی ما این نیست که او را دشنام دهیم.» (بلاذری، انساب الاشراف، بیروت، 1397، ج2، ص 287)اما از آنجا که مختار ضربات زیادی بر پیکر امویان و زبیریان زده و همچنین در برابر اشراف کوفه از موالی – ایرانیان مسلمان شده که نزد اشراف عرب نسبت به اعراب از جایگاه پایین تری برخوردار بودند- در سپاه خود استفاده کرد لذا مورخین سنی مذهب و طرفداران گروه های ذکر شده نسبت ها و تهمت های ناروائی به مختار زده و رواج می دادند که باعث کم فروغ شدن اقدام مختار می شد. البته این نسبت ها اغلب بعد از مرگ مختار به او داده شده، اتهاماتی چون ادعای نبوت، ادعای مهدویت برای محمد ابن حنفیه و یا تاسیس فرقة کیسانیه و شایع‌تر از همه دادن لقب «کذاب» به مختار یا روایاتی جعلی از ائمه در رد مختار که در تمام متون اهل تسنن و دشمنان اهل بیت ـ علیهم السلام ـ و کینه توزان آمده است. (جعفریان، رسول، تاریخ خلفاء، تهران، نشر الهادی، چاپ اول، 1377، ص 531.)به هر حال هر چند روایاتی در رد مختار از ناحیه ائمه رسیده است اما بسیاری از آن روایات یا جعلی است یا سندش مخدوش می باشد لذا از درجه اعتبار ساقط است.( برای آگاهی بیشتر می توانید به کتاب معجم رجال حدیث مرحوم آیه الله العظمی خویی جلد 18 صفحه 101 مراجعه کنید. ایشان در این کتاب تمامی روایات مربوط به مختار را نقل و سپس تمامی روایاتی که در رد مختار است را نقد کرده و آنها را باطل می داند و در آخر مختار را کاملا تایید می نماید)

اما در مورد ابراهیم مالک اشتر: در اواخر قیام مختار، دشمن میان مختار وابراهیم اختلاف افکند. این حیله دشمن موجب شد که میان ابراهیم و مختار جدایی وفاصله ایجاد شده و گویا ابراهیم در ادامه کار از نهضت مختار کناره گرفته بود، از این رو در پی حادثه حمله مصعب بن زبیر در پیوستن به مختار تعلل و سستی ورزید و حتی گفته شده به نامه های مکرر و پشت سر هم مختار پس از شکست اولیه اش از قوای مصعب، توجهی نکرده، نزد او باز نگشت.
همین کناره گیری او از مختار باعث شده بود که بعد از شهادت مختار، مصعب بن زبیر از یک سو و عبدالملک مروان از سوی دیگر در او طمع ببندند تا ابراهیم را که مردی پر نفوذ و مدیر بود ، را با خود همراه سازند ؛ از این رو مصعب نامه ای به ابراهیم نوشته به او وعده داد که در صورتی که حکومت ابن زبیر را بپذیرد، امارت مناطق شمالی عراق را به او می سپارد . نامه ی مشابهی نیز از سوی عبدالملک مروان – خلیفه اموی شام – به دست ابراهیم رسید . ابراهیم با یاران و مشاورانش در این باب به مشورت پرداخت و سرانجام تصمیم گرفت با مصعب بن زبیر همراه شود ، پس نامه ای به مصعب نوشت و با گروهی از یاران خود از موصل یا نصیبین – مقر حکومت خود – حرکت کرد و به کوفه آمد و با مصعب ملاقات کرد .
سرانجام ابراهیم در سال 72 هجری در پی شکست لشکر عراق از سپاهیان عبدالملک مروان که برای تصرف عراق به جنگ مصعب بن عمیر فرستاده شده بودند، در 13 جمادی الاولی در سن چهل سالگی[1] کشته شد[2] و نزدیک سامراء به خاک سپرده شد.[3]
[1] . البته این سن با توجه به روایت منقری و ابن ابی الحدید که او را با وجود سن کمش، یکی از حاضرین در جنگ صفین می دانند بعید به نظر می رسد. وقعة صفین، پیشین، ص441 و شرح نهج البلاغه، پیشین، ص81.
[2] . انساب الاشراف، پیشین، ج7، ص91 و الکامل، پیشین، ج4، ص326 و تجارب الامم، پیشین، ص236.
[3] . زرکلی، خیرالدین؛ 1986، ج1، ص58.