فرقة اسماعیلیه، دومین فرقه پرجمعیت شیعه، بعد از اثنی عشری است. تشکیل این فرقه به خاطر اختلاف برسر جانشینی امام جعفر صادق سلام الله علیه بود، که آن ها در سال 148ق. (765م.) در کوفه از شیعیان جدا شدند و دست به نهضتی سیاسی مذهبی برای براندازی عباسیان زدند. آنها قایل بودند که حکومت عدل توسط امامی از فرزندان اسماعیل بن جعفر(پسر بزرگ امام صادق سلام الله علیه) به وجود می آید. اسماعیلیان در قطعاتی از تاریخ دارای حکومت بوده اند( مثل فاطمیون مصر و الموت ایران)، بنابراین توانستند، عقاید خود را مکتوب و نظام مند کنند. با نگاهی به تاریخ اسماعیلیه باید گفت، آنها سه دوره تاریخی داشته اند که عبارتند از: اول دوره کمون و شکل گیری؛ که بعد از شهادت امام صادق سلام الله علیه تا زمان اختفای محمد بن اسماعیل را شامل می شود شیعه اثنی عشری و اسماعیلیه دو فرقۀ اصلی شیعه، در این زمان، در حال شکل گیری بوده و حکومت عباسی هم مخالف آنان بود و پیوسته آنان را  مورد آزار قرار می داد، بنابراین آنان، بیشتر در خفا زندگی کرده و عقاید خود را  شفاهی بیان می کردند و از آنان، در این دوره آثار معدودی بر جای مانده است.
دوم، دوره ستر؛ این دوره پس از به امامت رسیدن محمد بن اسماعیل آغاز شد و تا تشکیل حکومت اسماعیلی در مغرب ادامه داشت. محمد به خاطر احترامی که مردم برای امام کاظم سلام الله علیه می گذاشتند کم کم، اعتبار خود را در مدینه از دست داد، لذا از مدینه هجرت نمود و در عراق و ایران، یک زندگی مخفی را شروع کرد و با اعزام داعیان خود به نقاط مختلف، طرفداران خود را رهبری می کرد. پس از او نیز فرزندان او به سلمیه شام هجرت نمودند و در آنجا به طور مخفیانه، زندگی کردند. در این زمان آنها فقط از طریق داعیان خود، با مردم در ارتباط بودند.
سوم، دوره کشف(ظهور)؛ که با تشکیل دولت اسماعیلی در مغرب و بعد در مصر(فاطمیون) آغاز می شود که امامان دیگر مخفی نبودند، و به طور آزادانه به تبلیغ دین خود پرداختند. این، زمانِ شکوفایی آنان است و بسیاری از عقاید خود را نیز تدوین نمودند. در این دوره بسیاری از عقایدی را که در دوران ستر و کمون وجود داشت و فاطمیون آنان را نمی پسندیدند، حذف کرده و توانستند آن ها را، نظام مند کنند. الان هم اسماعیلیه در دو فرقه مستعلوی(بهره ها و خوجه ها) و نزاری آقاخانی ادامه حیات می دهند.
فرقه اسماعیلیه آقاخانیه، یکی از دو فرقة باقی مانده اسماعیلیه است، که در مقایسه با فرقۀ دیگر( بهره ها)، بیشترین جمعیت اسماعیلیه را تشکیل می دهد، در این رساله، به بررسی و نقد سیر تحولات تاریخی و عقایدی این فرقه از آغاز پیدایش تا زمان، حال خواهیم پرداخت. فرقۀ اسماعیلیه دومین فرقه پر جمعیت شیعه است، اما تحقیقات چندانی در مورد عقاید و احکام آنان صورت نگرفته است. این امر علل مختلفی داشته است، مانند: مخالفت حاکمان غالبا متعصب سایر مذاهب و کمبود آثار مکتوب در این حوزه، که ناشی از یکسری عوامل تاریخی می باشد، مثل کم توجهی اسماعیلیان اولیه به ثبت و نشر عقاید خودشان، جرح و تعدیل شدن آن عقاید توسط خلفای فاطمی، از بین رفتن کتابخانه ها و مراکز علمی اسماعیلیه در حمله ایوبیان به مصر، حمله مغولان به الموت و نابودی کتب آن جا و نیز مخفی کاری خود اسماعیلیان، به طوری که هنوز هم کتب ناب و اصلی این فرقه هم چنان در کتابخانه آقاخان از دسترس عموم محقیین به دور است. از طرف دیگر در بعضی موارد، نوع تأویلات فرقۀ اسماعیلیۀ آقاخانیه از قرآن و روایات، باعث برداشت نامطلوب سایر مذاهب غیر شیعی از شیعیان شده، تا جایی که در مواردی عقاید این فرقه به عنوان عقاید شیعه امامی معرفی شده است. این امر ضروت انجام تحقیقی در این زمینه را دو چندانمی نمود، تا با بیان شبهات و نقد آنها حقایق مشخص شوند. 
اسماعیلیۀ آقاخانیه در بحث تأویل، به ویژه در مبحث امامت راه افراط را پیموده و با اباحه گری و دوری از شریعت، در مواردی باعث وهن شیعه شده است. گرایش به تصوف و دوری آنان از شریعت در طول تاریخ، ضربات سختی به پیکره تشیع وارد کرده است، به گونه ای که بازگشت عده ای از آنان به شریعت هم، نتوانسته به ترمیم آن بپردازد. سختگیریهای ابتدایی نزاریان، درباره تکالیف شرعی توسط افرادی مثل حسن صباح، سرانجام باعث شریعت گریزی عده ای در زمانهای بعدی شد. ما اگر چه قایل به مسلمان بودن اسماعیلیه نزاریه هستیم، اما به نظر می رسد اسماعیلیه و به ویژه آقاخانیه همواره راهی را بین افراط و تفریط پیموده است. پایان نامه ای در امامت در اسماعیلیه آقاخانیه نوشته شده که باید مراجعه نمایید. عنوان پایان نامه: امامت ازدیدگاه امامیه، زیدیه، آقاخانیه، نگارنده: عنایت الله حسینی استاد راهنما: مهدی فرمانیان استاد مشاور: حمید ملک مکان.
پژوهشی که تحت عنوان امامت از دیدگاه امامیه، زیدیه و آقاخانیه تدوین گردیده شامل چهار فصل و یک خاتمه است. در فصل اول مفاهیم و کلیات قرار گرفته که شامل طرح تحقیق و تعریف مفاهیم اساسی است.
فصل دوم که به امامت از دیدگاه زیدیه اختصاص دارد در برمی‌گیرد مطالبی را چون؛ تاریخ شکل‌گیری و پیدایش زیدیه، تعریف امامت از دیدگاه زیدیه، اهمیت و جایگاه امام، وجوب امامت،‌ امام بلافصل پس ازپیامبر(ص) می پردازد.
فصل سوم به امامت از دیدگاه آقاخانیه اختصاص دارد که در ابتدا به تاریخ شکل‌گیری و پیدایش این فرقه پرداخته شده است. پس از آن مطالبی چون؛ مفهوم امامت از دیدگاه آقاخانیه،‌ وجوب امامت،‌ جایگاه امام،‌ صفات امام مانند علم،‌ عصمت و افضلیت، طریق تعیین امام،‌ امامت امام علی(ع)،‌ امامت امام حسن و امام حسین(ع)، امامت اسماعیل بن جعفر و نقد آن، وظایف امام در برابر امت، وظایف امت در برابر امام و انواع امامت مورد بحث قرار گرفته است و در اخیر اسامی امامان آقاخانیه ذکر شده است.
فصل چهارم پیرامون امامت از دیدگاه امامیه است که ابتدا به ذکر تعاریف علمای این مکتب پیرامون امامت پرداخته شده است و سپس مطالبی چون؛ ضرورت و فلسفه امامت از نگاه امامیه،‌ شرایط و ویژگی‌های امام،‌ امامت حضرت علی(ع)، امامان یازدگانه پس از امام علی(ع) و مسأله غیبت حضرت مهدی(عج) مورد بحث قرار گرفته است.
در پایان وظایف امام در برابر امت و وظایف امت در برابر امام ذکر شده است. در آخر پایان نامه نقاط اشتراک و افتراق دیدگاه‌های این مذاهب پیرامون امامت مورد تحلیل و بررسی قرار گرفته است. و در مورد توجیه عصمت امامان کنونی شان باید ادله و توجیه آنها را جویا شد که این امکان برای پاسخگویی مهیا نمی باشد.