مقام معظم رهبری در مورد ایشان فرمودند :«بنده نزدیک به چهل سال است که جناب آقای مصباح را می شناسم و به ایشان به عنوان یک فقیه، فیلسوف، متفکر و صاحب نظر در مسائل اساسی اسلام ارادت قلبی دارم. اگر خداوند متعال به نسل کنونی ما این توفیق را نداد که از شخصیت هایی مانند علامه طباطبایی و شهید مطهری استفاده کند، اما به لطف خدا، این شخصیت عزیز و عظیم القدر، خلأ آن عزیزان را در زمان ما پر می کند.» ( پایگاه اطلاع رسانی دفتر مقام معظم رهبری ، بیانات در دیدار دانشجویان شرکت کننده در اردوى آموزشى-پرورشى بسیج دانشجویى 13/6/78)همچنین فرمودند : «مجموعه‌اى از متفکران، علما، و سابقه‌دارها در امر دین …عقبه تئوریک نظام هستند و آن را تشکیل مى‌دهند … الان ما در حوزه قم علمایى داریم‌، بزرگانى داریم، صاحب‌نظرانى داریم، اندیشه‌پردازان یا تئوریسین‌ها و ایدئولوگ‌هایى داریم، … ما شخصیت علمىِ فکرىِ روشنفکرىِ برجسته‌اى مثل آقاى مصباح یزدى را در قم داریم » ( همان ، بیانات در دیدار مسئولان دفتر تبلیغات حوزه علمیه قم 28/6/84)
موضع گیری علامه مصباح یزدی در مسائل سیاسی و انتخابات بر اساس شناخت، تشخیص و معیارهایی است که مورد نظر ایشان است . در انتخابات دوره یازدهم ریاست جمهوری نیز ایشان بر اساس معیارها و شاخصه هایی که مد نظر ایشان برای یک رئیس جمهور اصلح بود ، آقای سعید جلیلی را اصلح دانستند و از ایشان حمایت کردند. رأی نیاوردن نامزد مورد نظر ایشان هیچگاه به معنای اشتباه و خطای ایشان نیست ، همانگونه که رأی نیاوردن نامزد مورد نظر افرادی که به نامزدهای دیگر ریاست جمهوری رأی دادند نیز نباید به معنای خطا و اشتباه آنان معنا شود ، آنچه مهم است این است که انتخاب ها و حمایت ها بر اساس ملاک و معیار صحیح و بر اساس حجت عقلی و شرعی باشد .