ترتیب ، نظم و عدد آیات در هر سوره در زمان حیات رسول اکرم (ص) و با دستور آن بزرگوار انجام شده و توقیفی است و باید آن را بعداً پذیرفت و به همان ترتیب در هر سوره تلاوت کرده با فرود آمدن بسم الله الرحمن الرحیم آغاز می‌شد و آیات به ترتیب نزول در آن ثبت می گردید تا موقعی که بسم الله دیگری نازل می شود و سورة دیگری آغاز می‌گردید . این نظم طبیعی آیات بود . و گاهی اتفاق می افتاد که پیامبر با اشارة جبرئیل دستور می داد تا آیه ای بر خلاف نظم طبیعی در سورة دیگری قرار گیرد مثل آیه 282 سوره بقره « واتقوا یوماً ترجعون فیه الی الله ثم توفی کل نفس ما کسبت وهم لا یظلمون » ، که گفته اند ازجمله آخرین آیات نازل شده است . پیامبر دستور فرمود آن را بین آیات ربا و آیه دین در سورة بقره ثبت کنند پس ثبت آیات در سوره ها توقیفی است و با نظارت و دستور خود پیامبر اکرم انجام گرفته و باید از آن پیروی نمود . و امّا درباره نظم و ترتیب سوره ها باید بگوئیم بیشتر محققین بر آنند که جمع و ترتیب سوره ها بعد از پیامبر برای نخستین بار به دست حضرت علی (ع) پس زید بن ثابت و دیگر صحابه انجام گرفت . قرآنی که حضرت علی گرد آوری کرد دارای ویژگی های خاصی بود که در مصاحف دیگر که توسط افراد دیگر جمع آوری شده بود، وجود نداشت .بنابر برخی از منابع معتبر و اظهارات محققین : ترتیب دقیق آیات و سور طبق نزول آنها رعایت شده بود و در این قرآن ، قرائت آیات طبق قرائت پیامبر ثبت شده بود و هرگز دارای اختلاف قرائتها نبود و همچنین مشتمل بر تنزیل و تأویل بود یعنی موارد نزول و مناسبتهایی را که موجب نزول آیات و سوره ها بود در حاشیه مصحف توضیح داده بود . حضرت این قرآن را در عرض 6 ماه نوشته بود و آن را به مسجد آورد ولی یکی از سران گروه به پا خاست و گفت : به آن چه آورده ای نیاز نیست و حضرت آن را بر گرداند و دیگر کسی آن قرآن را ندید .
بعد خلفای وقت از کاتبان وحی در خواست کردند که قرآن را جمع آوری کنند چرا که بر روی قطعات چوب و استخوان و یا در سینه های حافظان قرآن بود . لذا ابوبکر از زید بن ثابت خواست تا قرآن را جمع کند او هم پذیرفت و غیر از او اشخاص همچون عبدا بن مسعود ، ابیّ بن کعب ، مقداد بن اسود ،‌سالم مولی ابی حذیفه ، معاذبن جبل ، ابو موسی اشعری هم شروع به جمع آوری قرآن نمودند که قرآن هر کدام دارای ویژگیهایی خاصی بود .
با گسترش قلمرو حکومت اسلامی تعداد مصحفها رو به فزونی گذاشت با افزایش تعداد مسلمانان نیاز به نسخه هایی قرآنی نیز بیشتر می شد و از طرفی چون مصحفها اختلاف داشت مردم هر شهر و دیاری از قرائت یکی از کاتبان تبعیت می کرد و این باعث اختلاف در امت اسلامی شده بود ، بدین لحاظ عثمان در فکر یکسان کردن مصاحف بر آمد که گامی بزرگ و پدیده ای جدید بود چرا که نسخه های متعددی در اطراف و اکناف منتشر شده بود و هر کس از صحابه هم از مصحف خود پشتیبانی می کرد لذا عثمان اصحاب پیامبر را در مدینه جمع کرد و با آنان مشورت کرد و همگی بر ضرورت یکسان کردن مصحفها اتفاق نظر داشتند . و بعد عثمان از اصحاب پیامبر دعوت به عمل آورد پس 4 نفر به نام زید بن ثابت ، سعید بن عاص ، عبدالله بن زبیر و عبدالرحمان بن حارث را برای اجرای این کار برگزیده که زید بر آنها ریاست داشت ولی اینان از عهده این کار بر نیامدند و عده ای هم به آنها افزوده شدند مثل ابی بن کعب ، انس بن مالک ‌،‌عبدالله بن عباس که جمعاً 7 نفر شدند که ابن بن کعب آیات را می خواند و بقیه می نوشتند .
و حضرت علی هم رأی موافق را با این برنامه اظهار فرمود و بعد از آنکه حضرت علی (ع) به خلافت رسید مردم را بر آن داشت تا به همان مصحف عثمان ملتزم باشند و تغییری در آن ندهند . » (1) همه‌ی علمای شیعه بر این باورند که آن چه امروز در دست است همان قرآن کامل و جامع می باشد و هرگز دچار تحریف و تغییر نشده است . » (2)
به کتابهای علوم قرآنی محمد باقر سعیدی روشن و کتاب علوم قرآنی آیت الله معرفت مراجعه شود .
به نقل از اداره پاسخگویی آستان قدس رضوی (لوح فشرده پرسمان، اداره مشاوره نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه ها، کد: 89/400008)