در وایات اشاره ای به جایگاه مسجد جمکران نشده و تنها از مسجد کوفه و مسجد سهله سخن به میان آمده است. مسجد کوفه مرکز تجمع شیعیان و محل حکمرانی خواهد بود. از مفضل نقل شده که به حضرت صادق علیه السّلام عرض کردم: آقای من، خانه مهدی علیه السّلام کجاست و مؤمنان در کجا اجتماع خواهند کرد؟فرمود: مرکز حکومت او کوفه و محکمه قضاوتش در مسجد جامع خواهد بود و بیت المال و محل توزیع غنیمتها در مسجد سهله، و مکان خلوت کردن و اعتکاف او در ذکوات البیض (تپه‌های سفید) در بین غریین (نجف) است. مفضل گوید: ای سرور من. آیا همه مؤمنان در کوفه خواهند بود؟فرمود: به خدا سوگند آری. مؤمنی نمی‌ماند، جز آن که به کوفه یا اطراف آن می‌آید … و شهر کوفه پنجاه و چهار میل خواهد شد و خانه‌های بزرگش با شهر کربلا همسایه و خداوند کربلا را پناهگاه و محل زندگی خواهد ساخت که فرشتگان و مؤمنان در آن رفت و آمد خواهند کرد و جایگاه خاصی خواهد داشت.(تاریخ مابعدازالظهور سید محمد صدر ص ۲۷۲)
در احادیث فراوانی به صراحت اعلام شده که اقامتگاه شخصی امام مهدی(عج)در دوران ظهور، مسجد مقدس سهله است . محدثان عالی مقام شیعه، با اسناد معتبر، در مجامع حدیثی خود روایت کرده ­اند که روزی در محضر حضرت امام صادق(ع) از مسجد سهله گفت و شنود شد، فرمودند: «آنجا اقامتگاه صاحب ماست؛ هنگامی که با خانواده­اش قیام کند». کافی،ج3، ص 495.
. بیش از یک قرن پیش از ولادت امام مهدی(عج)، امام صادق (ع) به یار باوفایش ابوبصیر، فرمود: « ای ابا محمد! گویی فرود آمدن قائم(ع‍ج) را با اهل و عیالش در مسجد سهله، با چشم خود می بینم»ابوبصیر عرضه داشت: آیا محل اقامت دایمی آن حضرت در مسجد سهله خواهدبود؟حضرت فرمود: آری، سپس فرمود: مسجد سهله اقامتگاه حضرت ادریس بود.مسجد سهله اقامتگاه حضرت ابراهیم خلیل الرحمان بود.خداوند، پیامبری را مبعوث نکرده جز اینکه در مسجد سهله نماز گزارده است.مسجد سهله، پایگاه حضرت خضر(ع) است.کسی که در مسجد سهله اقامت کند، همانند کسی است که در خیمه رسول اکرم(ص) اقامت کند.مرد و زن با ایمانی یافت نمی شود، جز اینکه دلش به سوی مسجد سهله پر می زند.هیچ کس در مسجد سهله نماز نمی­گزارد که با نیت راستین خدا را بخواند ، جز اینکه او را با حاجت برآورده شده از آنجا بر می­گرداند.هیچ کس نیست که در مسجد سهله به خدا پناهنده شود، جز اینکه خداوند او را از آنچه بیم دارد، پناه دهد.ابوبصیرعرض کرد: فضیلت بسیار بزرگی است!امام صادق(ع) فرمود: آیا برایت بیفزایم.عرض کرد : بلی .فرمود: مسجد سهله از آن بقعه­ هایی است که خداوند دوست دارد، او را در آنجا بخوانند.

در مورد محل دفن پیکر امام زمان نیز پس از رحلت ، در روایات هیچ اشاره ای به مسجد جمکران نشده است و اصولا امام زمان در کوفه از دنیا می رود نه جای دیگر. در روایتی از امام صادق ـ علیه السّلام ـ در مورد آیه شریفه «ثُمَّ رَدَدْنا لَکُمُ الْکَرَّهَ عَلَیْهِمْ» نقل شده است که حضرت می فرماید: مراد، زنده شدن امام حسین ـ علیه السّلام ـ با اصحاب خود در عصر امام زمان است در حالیکه کلاه خودهای طلائی بر سر دارند و به مردم رجعت امام حسین ـ علیه السّلام ـ و یارانش را اطلاع می دهد تا مؤمنان به شک و تردید نیفتند. این در حالی است که حضرت مهدی ـ علیه السّلام ـ در میان مردم حضور دارد. هنگامی که مردم امام حسین ـ علیه السّلام ـ را به خوبی شناختند و به او ایمان پیدا کردند، مرگ حضرت حجّت ـ علیه السّلام ـ فرا می رسد و امام حسین، غسل و حنوط و کفن و خاک سپاری حضرت را برعهده می گیرد زیرا که امام را جز امام، غسل نمی دهد». ( بحار الانوار، ج ۲۷، ص ۲۱۷)
در روایتی دیگر نیز امام صادق ـ علیه السّلام ـ در پاسخ به این سؤال که: اولین کسی که به دنیا رجعت خواهد کرد چه کسی است؟ می فرماید: اولین رجعت کننده به دنیا، امام حسین است که پس از رجعت او و یارانش در حالیکه هفتاد پیامبر نیز او را همراهی می کنند، حضرت قائم (عج) انگشترش را به امام حسین واگذار می کند و چشم از جهان فرو می بندد امام حسین ـ علیه السّلام ـ نیز تجهیز، غسل و کفن و دفن حضرت را برعهده می گیرد»(همان).