دوبار بین زبیریان و امویان در مکه جنگ شد یکی سال سوم حکومت یزید یکبار هم زمان حکومت مروانیان اگر منظور شما سال سوم حکومت یزید است که خانه خدارا محاصره کردند، بین مختار و عبدالله‌بن زبیر همراهی همکاری محدودی صورت گرفت، امویان پس از مرگ یزید از اطراف مکه عقب‌نشینی کردند وحکومت ابن‌زبیر ادامه یافت…« مختار پس از ورود به مکه، به ملاقات ابن زبیر رفت و ابن زبیر از او استقبال گرمی به عمل آورد، و او را به خوبی تحویل گرفت اما عملا نتوانستند با یکدیگر به توافق برسند. لذا مختار از او جدا شد و به شهر طائف همان سرزمین آباء و اجدادی خود رفت و یک سال در آنجا ماند و مشغول تفکر و برنامه ریزی شد. بالاخره مختار پس از یک سال کناره گیری از اوضاع سیاسی، مجددا به مکه بازگشت تا اینکه اجبارا مختار را برای دیدن ابن زبیر نزد او بردند. هنگام ورود مختار بر ابن زبیر؛ ابن زبیر پیش دستی کرده و بر مختار سلام کرد و او را در آغوش گرفت و مصافحه نمود، سپس مختار شروع به صحبت کرد و گفت: من آمده ام با تو بیعت کنم اما به یک شرط؛ ابن زبیر گفت: کدام شرط؟ مختار گفت: این که هیچ کاری بدون نظر من انجام ندهی و من اولین مشاور و محرم راز تو باشم و هر گاه خلافت تو پا گرفت مرا به بالاترین پست ها نصب کنی. اما ابن زبیر با زیرکی پاسخ داد: من بیعت تو را بر اساس کتاب خدا و سنت پیامبر صلی الله علیه و آله و سلم می پذیرم. مختار گفت: این چه حرفی است؟ این یک کلی گویی است. به خدا سوگند با تو بیعت نمی کنم مگر با همین شرایطی که گفتم. ابن زبیر بدون این که سخنی بگوید، دستش را دراز کرد و مختار با او بیعت نمود. مختار در محاصره ‌ی مسجد الحرام هم در کنار ابن زبیر بود. پس از گذشت مدتی، هنگامی که مختار دریافت که ابن زبیر به او میدان فعالیت نخواهد داد، از او فاصله گرفت و مرتب از اوضاع کوفه، خبر گرفت و یکی از شیعیان بنام «هانی بن جبه وداعی» به او گزارش داد که مردم کوفه از حکومت ابن زبیر نگران و ناراضی هستند و نماینده ی اعزامی ابن زبیر را نپذیرفته‌ اند و تأکید کرد که اگر شیعیان عراق رهبری دلخواه داشته باشند قدرتی عظیم خواهند بود. وقتی مختار دریافت که ابن زبیر مرد درستی نیست از وی جدا شد و به کوفه رفت.» اما اگر منظورتان جنگ دوم ابن زبیر با امویان باشد که مکه را فتح کردند در جریان حمله دوم امویان(مروانیان) به مکه مختار زنده نبود چون قبلادر زمان امارتش بر کوفه بدست مصعب‌بن زبیر کشته شده بود.