نهضت آزادی نماد جریان لیبرال با رویکردی التقاطی محسوب می شود.
نهضت آزادی در 1340 از ترکیب دو جناح ملی و مذهبی به وجود آمد. در شرایط خفقان پس از کودتای 28 مرداد 1332، که جبهه ملی به رهبری دکتر محمد مصدق از هم پاشید، شماری ‌از مخالفان با عنوان «نهضت مقاومت ملی» گرد هم آمدند و فعالیت‌های ضعیفی برای زنده نگه داشتن نهضت ملی راه انداختند. این افراد عبارت بودند از دو روحانی برجسته به نام‌های آیت الله سیدمحمود طالقانی و آیت الله سیدرضا زنجانی و برخی نیروهای ملی- مذهبی مانند یداللَّه سبحانی، مهدی بازرگان، منصور و رحیم عطایی و حسن نزیه. نهضت آزادی ایران از درون همین گروه در 27اردیبهشت 1340 به وجود آمد.[ جعفریان، رسول، جریان ها و سازمان های مذهبی – سیاسی ایران، پیشین، ص 342.]
این تشکیلات اساساً بر پایه اندیشه‌های دکتر مصدق و با کسب نظر از وی بنا شده است. مهندس بازرگان در این‌باره می‌گوید: «تشکیلات و پایه‌های اصلی نهضت را با کسب نظر از آقای دکتر مصدق ریخته‌اند…»[ مجله روشنفکر، 25 خرداد سال 40.] در مرامنامه نهضت آمده است: «ما مسلمان، ایرانی، تابع قانون اساسی و مصدقی هستیم».[ سلطانی، مجتبی، خط سازش، تهران: دفتر نشر فرهنگ اسلامی، 1363، ص 252.]
در اصول اعلام شده آن‌ها به مسلمان بودن اشاره شده ولی اسلام به عنوان
یک مکتب جامع با اهداف و برنامه‌های مشخص مطرح نیست، بلکه مسلمانی به عنوان یک انگیزه و عامل مورد استفاده در فعالیت‌های سیاسی مطرح است.
در حقیقت ایدئولوژی و تفکر سیاسی لیبرال‌های مذهبی و نهضت آزادی چیزی
غیر از تفکر ملی گراها نبوده و تنها در مسایل فردی و نیز به خاطر اختلافات
درون گروهی و استفاده از مذهب در فضای سیاسی ایران بود که مهندس بازرگان و همفکرانش، جناح دینی جبهه ملی را با عنوان نهضت آزادی سامان دهی کردند.
از نظر سیاسی دیدگاه حکومتی لیبرال‌های مذهبی با تأکید و اعتقادی که
به سلطنت داشتند تفاوتی چشم گیر با لیبرال‌های سکولار نداشته و با وجود تأکید
بر سیاسی بودن اسلام و دخالت دین در امور سیاسی، هدف نهایی خود را حکومتی دموکراتیک و لیبرال می‌دانستند.[ امیری، جهاندار، لیبرالیسم ایرانی، بررسی جریان های راست در ایران، تهران، پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی، 1388، ص 260- 261.]
بازرگان در مورد ماهیت نهضت آزادی چنین می‌گوید: «برای ما مبانی فکری، محرک و موجب فعالیت اجتماعی و سیاسی بود… نهضت ملی فاقد پایگاه عقیدتی بود، فاقد ماهیت ایدئولوژیکی بود، یک حرکت سیاسی بود با خواست‌های ضد استعماری و ضد استبدادی»[ بازرگان، مهدی، شصت سال خدمت و مقاومت، تهران: مؤسسه خدمات فرهنگی رسا، 1375، ج1، ص370.].
حضور آیت الله طالقانی در جمع اعضای نهضت، آنان را به روحانیت و مبانی اصیل دینی نزدیک‌تر می‌کرد، اما نهضت آزادی به تدریج در طول حیات خود از روحانیت فاصله گرفت و نه تنها در مسایل سیاسی و اجتماعی، بلکه اساساً
در دین‌شناسی فهم آن و تفسیر قرآن، رویکردی گسسته از عالمان و دین‌شناسان برگزیده سرچشمه می‌گرفت.
نهضت در داخل کشور فاقد تشکیلات سیاسی بود که قادر به سازماندهی جریان مبارزه باشد. سران نهضت در دهه پنجاه و به خصوص در آستانه پیروزی انقلاب، عمدتاً در قالب جمعیت حقوق بشر، دفاع از زندانیان سیاسی و برگزاری سخنرانی‌ها و مذاکره با سفارتخانه‌ها فعالیت می‌کردند.
سران نهضت به دلیل سابقه مذهبی در جریان تشکیل شورای انقلاب و دولت موقت، نقش مهمی ایفا کردند.
فعالیت نهضت آزادی ایران بعد از پیروزی انقلاب اسلامی به چند دوره تقسیم می‌گردد:

1. دوره اول 1357-1373

این دوره اوج فعالیت‌های نهضت تا در گذشت بازرگان بنیان گذار این نهضت را در برمی گیرد.
نخستین فعالیت برجسته و قابل اعتنای نهضت آزادی در دوره بعد از انقلاب را می‌توان حکم امام به مهندس بازرگان برای تصدی پست نخست وزیری دولت موقت دانست. هرچند امام بازرگان را بدون در نظر گرفتن وابستگی‌های حزبی‌اش به این سمت گمارد، اما آنچه که در عمل دیده شد، کاملاً مغایر با خواست و نظر امام بود و بازرگان تمامی پست‌های کلیدی را به هم مسلکان و همفکران خویش واگذار نمود.
به طور کلی می‌توان گفت دولت موقت اصولاً دارای سرشت انقلابی نبود
و به جایگزینی روش‌ها و راهکارهای انقلابی برای اداره کشور به جای روش‌های منسوخ و کهنه گذشته باور نداشت ازاین رو در نخستین ماه‌های روی کار آمدن بازرگان، اولین تنش میان دولت موقت و نهادهای انقلابی مانند کمیته‌های انقلاب بروز یافت که مهندس بازرگان آن‌ها را دولتی در داخل دولت توصیف کرده بود. دولت موقت حتی نسبت به عملکرد شورای انقلاب هم معترض بود ازاین رو بازرگان و یارانش در این مقطع به کناره گیری روحانیت از امور کشور معتقد بودند.
اعلام نظر دولت موقت درباره برخی از مسائل کلیدی مانند محاکمه سران رژیم ستمشاهی و مصادره اموال و املاک آنان و همچنین رابطه با آمریکا به عنوان حامی و متحد اصلی رژیم شاه شکی در یاران امام باقی نگذاشت که به این گروه نباید اجازه حضور در عرصه انقلاب داده می‌شد.
در این میان اقدام دانشجویان مسلمان پیرو خط امام در تسخیر سفارت آمریکا در تهران با اعتراض دولت موقت روبه رو شد که به همین دلیل و همچنین به علت انباشته شدن اختلاف‌ها و سوء تفاهم‌ها و همچنین علنی شدن مواضع نهضت آزادی و نگاه لیبرالیستی آن درقبال پدیده انقلاب اسلامی، از کار کناره گیری کرد.
موضع بازرگان و نهضت آزادی در قبال بنی‌صدر و اطرافیانش متناقض بود. درست چند ماه قبل از برگزاری اولین دوره انتخابات ریاست جمهوری، بازرگان
به صراحت گفته بود که با حضور بنی‌صدر در شورای انقلاب، حاضر به ادامه عضویت در این شورا نیست. در انتخابات ریاست جمهوری نیز نهضت آزادی از
دکتر حسن حبیبی حمایت کرده بود، اما واقعیت نتیجه انتخابات، تأثیر قابل توجهی در موضع‌گیری بازرگان و یارانش داشت. این احساس که جریان خط امام
پس از انتخاب بنی‌صدر تضعیف شده است، طمع نهضت آزادی را در بازگشت
به قدرت از طریق مجلس فزونی بخشید. پس از انتخاب بازرگان و یزدی در مرحله اول انتخابات مجلس اول دبیرکل نهضت آزادی در بیانیه‌ای از مسعود رجوی (سرکرده گروهک منافقین و تنها نامزد راه یافته این گروهک به دور دوم انتخابات) به عنوان «معرف جناح پرشوری از جوانان با ایمان» یادکرد و از مردم خواست که به او رأی دهند.[ هفته نامه شهروند امروز، شماره 52، مجاهدین بدنام و سیاست ورزان ناکام؛ ر.ک: کیهان، 16/2/1359.]
این موضع‌گیری که بلافاصله با عکس‌العمل شدید امام مواجه شد، نشان می‌داد که بازرگان مایل است جبهه‌ای از عناصر مخالف خط امام را در یک مبارزه پارلمانی صف آرایی کند. پس از آن نیز تعداد دیگری از اعضای نهضت آزادی بیانیه‌ای دیگر در حمایت از اعلامیه بازرگان صادر نمودند و از این پیشنهاد حمایت نمودند.[ کیهان، 27/2/1359.]
مردم به رغم رأی بالایی که در دور اول به بازرگان داده بودند به این خواسته وی کمترین وقعی ننهادند.
تلاش نهضت آزادی در این مقطع در اوج خود توانست بازرگان، سحابی (یدالله و عزت الله)، ابراهیم یزدی، احمدصدرحاج‌سیدجوادی، اعظم طالقانی، علی اکبر معین فر، محمد توسلی، صباغیان، گل‌زاده غفوری و کاظم سامی را با رأی ملت به مجلس بفرستد تا یک فراکسیون اقلیت اما پر سر و صدا را به کمک تنی چند از نمایندگان مرتبط با دیگر گروه‌های مخالف خط امام، تشکیل دهند؛ فراکسیونی که عمر کارکرد آن حتی تا پایان مجلس اول طول نکشید.
پس از آن بود که بازرگان و یارانش در مجلس حامی تمام عیار بنی‌صدر بودند. هرچند نهضت آزادی همواره وانمود می‌کرد که در مسئله آفرینی‌های بنی‌صدر، بی‌طرفانه برخورد کرده است، اما درست یک هفته قبل از غائله 14 اسفند1359، یعنی در هفتم این ماه، نهضت آزادی تجمعی را در ورزشگاه امجدیه تهران برگزار کرد. در این تجمع که با شعارهایی بر ضد حزب جمهوری همراه بود، بازرگان،
شهید رجایی را به تبعیت از گروه واحد (حزب جمهوری اسلامی) و بی توجهی
به مقام حقوق و وظایف ریاست جمهوری (بنی‌صدر) متهم کرد. در ادامه هیئت بررسی کننده این غائله بر مقصر بودن روزنامه میزان (ارگان نهضت آزادی) تأکید کرد. پس از این مسئله، نهضت آزادی در اطلاعیه‌ای با عنوان «کی باید برود»
با ادعای وجود بن بست، به جای تصحیح عملکرد بنی‌صدر، هم‌صدا با وی خواستار برگزاری همه پرسی برای انحلال مجلس شد. حمایت بازرگان از بنی‌صدر تا آخرین هفته‌های ریاست جمهوری وی، یعنی زمانی که تخلف‌های بنی‌صدر احراز شده بود، ادامه داشت.
روزنامه میزان، ارگان نهضت آزادی در روز سوم خرداد 60 از قول بازرگان چنین نوشت: «رئیس جمهور استعفا بدهد و برود؟ چرا برود؟ ده میلیون و نیم از مردم این مملکت که صاحب‌خانه اصلی هستند، به او رای داده‌اند و ایشان آن آراء را امانت و مأموریتی از جانب ملت می‌داند. می‌گوید قسم خورده‌ام از قانون اساسی، حاکمیت و از حقوق ملت حراست نمایم.»[ روزنامه میزان؛ 3/3/1360.]
در این دوره روابط نهضت آزادی و گروهک منافقین نیز گسترش یافت. مهدی بازرگان در سرمقاله روزنامه میزان صریحاً خطاب به منافقین نوشت: «مجاهدین خلق! شما فرزندان نهضت آزادی هستید. در سال 1342 که در زندان بودیم به دنیا آمدید و راه خود را پیش گرفتید بدون آن که از خانه فرار کرده یا اخراج شده باشید، مبانی فکری و تعلیمات اولیه شما را کتاب ها و بحث و تحلیل‌ها و تجربیاتی که از نهضت گرفتید تشکیل می‌داد.»[ روزنامه میزان، 12/2/1360.]
در خرداد ماه 1360 که نمایندگان مجلس سرگرم تهیه آیین نامه بررسی کفایت سیاسی رئیس جمهور جهت رأی گیری درباره عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر بودند، اعضای نهضت آزادی با انتشار بیانیه‌ای رسمی شرکت در جلسات مجلس را تحریم نمودند.[ صورت مذاکرات علنی مجلس، جلسه 164، 25/3/1360، روزنامه رسمی شماره 10608.]
امام در وقایعی که منجر به اعلام ارتداد جبهه‌ ملی شد، نهضت آزادی را هم نصیحت کرده، فرمودند:
«آیا «نهضت آزادی» هم قبول دارد آن حرفی را که «جبهه ملی» می‌گوید؟
آن‌ها هم قبول دارند که این حکم- حکم قصاص- که در قرآن کریم و ضروری بین همه مسلمین است، «غیر انسانی» است؟ آیا این نماز شب خوان‌ها این را قبول دارند یا نه؟ شک ندارم که قبول ندارند. خوب، اعلام کنید. چرا ساکت نشسته‌اید. مگر نهی از منکر فقط باید من را نهی کنید؟… الآن هم من نصیحت می‌کنم، این «جمعیت متدین نهضت آزادی» را، و آقای رئیس جمهور را، الآن هم من نصیحت می‌کنم که آقا شماها دست بردارید از این سنگ اندازی جلوی چرخ اسلام، دست بردارید از این تضعیف مجلس و تضعیف روحانیت و تضعیف ملت و تضعیف روحیه ملت و تضعیف روحیه ارتش.»[ صحیفه امام، ج 14، ص 463.]
با اعلام عدم کفایت بنی‌صدر فضای کشور متأثر از آشوب‌های خیابانی طرح ریزی شده توسط منافقین و ترورها و انفجارها شد. در این فضا نیز امام به نصیحت نهضت آزادی پرداختند و از آن‌ها خواستند تا راه خود را از آشوب گران جدا کنند.
پس از اتمام مجلس اول و به تبع آن پایان یافتن حضور اعضای نهضت آزادی در درون نظام تقنینی کشور و سپس رد صلاحیت مهدی بازرگان در انتخابات ریاست جمهوری سال 1364، بازرگان و یارانش با تشکیل جمعیت دفاع از آزادی و حاکمیت ملت ایران با پشتوانه رسانه‌های غربی در نقش یک گروه فشار فعالیت خود را آغاز کردند. اولین تحرک نهضتی ها مخالفت با ادامه جنگ و در شرایطی بود که بخش‌های ارزشمندی از خاک ایران همچنان در اشغال دشمن بود، دشمنی که آمریکا، برخی از کشورهای اروپایی و نیز ابرقدرت شرق نه تنها حاضر به اعتراف
به تجاوزگری و تنبیه او نبودند، بلکه بر حمایت خود از او افزوده بودند. اعضای این گروه تبلیغات بر ضد ادامه دفاع از کشور را از سال 1361 در مجلس آغاز کرده بودند. اما پس از پایان حضور در مجلس با نوشتن بیانیه و پوشش خبری رادیوهای
فارسی زبان غربی مثل بی .بی.سی و حتی رادیو بغداد، به تضعیف روحیه رزمندگان می‌پرداختند.
نهضت آزادی در شرایطی که کشور تحت شدیدترین فشارهای نظامی
و اقتصادی بود، در جزوه‌ای با عنوان «پایان عادلانه جنگ بی پایان» آرمان اسلامی «جنگ جنگ تا رفع فتنه» را -که امام در نگاهی فراتر از جنگ تحمیلی و
فراتر از ابعاد نظامی مطرح کرده بودند- «گسترده‌ترین و ژرف‌ترین مفهوم تجاوز»
و متأثر از افکار مارکسیستی نامید. همچنین جزوه‌ای دیگر تحت عنوان
«تحلیلی پیرامون جنگ و صلح» در تابستان 1362 از سوی این گروهک
چاپ شد که نشریه ضدانقلابی «انقلاب اسلامی» متعلق به بنی‌صدر در فرانسه
آن را به شکل سلسله مقالاتی با عنوان «جنگ و صلح از دیدگاه عقیدتی» به چاپ رساند.[ جریان برانداز و استراتژی براندازی خاموش، ص 85.]
در اردیبهشت‌ماه سال 1367 نهضت آزادی با صدور بیانیه مبسوطی تحت عنوان «هشدار»، با حمله مستقیم به امام امت(ره)، امام را در ادامه جنگ 8 ساله،
مقصر اعلام کرده و تلاش نمود ایشان را برای پذیرش قطع نامه 598 تحت فشار قرار دهد: «آیا وقت آن نرسیده است که رهبر انقلاب، بازگشتی به خود و به خدای خود کرده و تجدید نظری در تصمیم و تصورات گذشته بفرمایید».[ بررسی تحلیلی نهضت آزادی ایران، ص 87.]
همکاری با مجامع غربی در متهم ساختن جمهوری اسلامی به نقض حقوق بشر از دیگر اقدامات نهضت آزادی در دوران سخت دفاع مقدس و پس از آن بود. حمایت از ابوالفضل برقعی روحانی نمای وهابی مسلک، دفاع از زنان و مردان بی‌بندوبار، مخالفت با اقدامات دادگاه ویژه روحانیت در برخورد با روحانی نمایان، مظلوم نمایی برای بازماندگان حزب خلق مسلمان در جریان تشییع و دفن مرحوم سیدکاظم شریعتمداری مستمسک‌هایی بود که نهضت آزادی از آن‌ها برای ارائه به نقض حقوق بشر در آن سال‌های فشار و تهدید خارجی مدد می‌گرفت.
طیف گسترده موضوعات مخالف نهضتی ها با امام و جمهوری اسلامی، حتی گاه نشریات سلطنت طلب را به تحسین و ابراز امیدواری نسبت به نتایج آن‌ها وامی‌داشت. در بهار سال 1365 نشریه «آرا» متعلق به ارتشیان سلطنت طلب در مقاله‌ای با عنوان براندازی را از خود آغاز کنیم، نوشت: «این درست است که هدف مهندس بازرگان و یارانش ممکن است براندازی رسمی و صوری جمهوری اسلامی نباشد. ولی یادمان نرود که مبارزه آن‌ها با ضدفرهنگی که رژیم جمهوری اسلامی از بهمن 1357 به این طرف در صدد ترویج آن است، یعنی خشونت، کشتار، استبداد، ارتجاع و… هیچ کمتر از مبارزه واقعی برای براندازی رژیم ندارد.»
در آن سال ها ابتدا مضمون مشترک این دو جریان متحجران و نهضت آزادی عمدتاً بر دو مقوله متمرکز بود. در کنار مخالفت‌های مکرر با ادامه جنگ، متحجران و لیبرال ها ولایت فقیه و به طور کلی اجرای احکام اسلام در حکومت را آماج تبلیغات منفی خود قرار داده بودند.
گرچه نهضت آزادی با دیگر نیروهای ضد انقلاب، اعم از چپ و راست، دارای اختلاف فکری و بینشی بود، اما داشتن هدف مشترک، یعنی مقابله و مخالفت با انقلاب و رهبران آن و به خصوص روحانیت، همه نیروهای اپوزیسیون را در عمل،
به مواضع واحد و مشترک رسانید.
اوج تهاجم این گروهک به نظام را باید در جزوه‌ای با عنوان «تفصیل تحلیل ولایت مطلقه فقیه» که توسط آنان منتشر شده بود، دید. نویسنده این جزوه،
ولایت مطلقه فقیه را «از دید قرآن بی اساس و در حکم شرک» معرفی کرده بود. نهضت آزادی همچنین در این جزوه اصولاً ولایت الهی به مفهوم حکومت پیامبر و معصوم را به کلی انکار کرده و حکومت مورد نظر قرآن را صرفاً از طریق شورا دانسته بود. گویا این گروه فراموش کرده بود که به هنگام نصب بازرگان به عنوان نخست وزیر دولت موقت از سوی حضرت امام، اطاعت از حکم امام را وظیفه شرعی و عقیدتی خود به شمار آورده بود.
با این همه مدارای نظام با این گروهک باز راه به جایی نبرد تا آنکه امام در نهایت در پاسخ نامه سیدعلی اکبر محتشمی پور که آن زمان وزارت کشور را عهده دار بود رسماً عدم رسمیت نهضت آزادی را برای همیشه اعلام کردند. در نامه محتشمی پور آمده بود: «نهضت آزادی پس از استعفا و برکناری دولت موقت پیوسته در جهت اعلام مخالفت با دولت جمهوری اسلامی، مجلس شورای اسلامی و حتی قوه قضاییه و مغشوش کردن اذهان بوده است. مسئولین نهضت با سم‌پاشی‌های خود نسبت به سیاست‌های دولت، دفاع مقدس و جنگ، مسئله برائت از مشرکین و فاجعه خونین مکه مکرمه، جهاد مالی و تصمیمات شورای‌عالی پشتیبانی جنگ و بالاخره فرمایشات اخیر حضرت امام- روحی‌فداه- راجع به حکومت و ولایت مطلقه، در جهت مبارزه و تضعیف نظام جمهوری اسلامی گام برداشته‌اند.»
در این نامه با اشاره به نزدیکی ایام انتخابات مجلس به سخنانی از دکتر یزدی اشاره شده بود که در آن ابراهیم یزدی به صراحت از عزم نهضت آزادی برای مقابله با آنچه تحمیل فتوا بر مردم می‌خواند سخن به میان آورده بود. یزدی گفته بود: «…برگزاری انتخابات مستلزم وجود جامعه باز است، اگر رفتیم واقعاً مفید خواهیم بود و نخواهیم گذاشت این فتاوی را به زور بر مردم تحمیل کنند، شخصی که از طرف نهضت به مجلس برود مسلماً از این توپ و تشرها جا نخواهد زد، اگر قرار باشد مملکت را با «فتوا» اداره کنند، بنده پیشنهاد می‌کنم که، مجلس را ببندند و خوابگاه دانشجویان کنند».
جنگ و دفاع مقدس و نیز حکومت و ولایت مطلقه از دیگر موضوعاتی بود که نقل قول‌هایی از نهضت آزادی ها راجع به آن‌ها در نامه محتشمی پور درج شده بود. محتشمی پور آورده بود: «نهضت آزادی راجع به «حکومت و ولایت مطلقه» اطلاعیه‌ای منتشر کرده که در آن آمده است: این چه فرمانی است و چه انقلابی در ایران و اسلام، که حکومت را در موضع بالاتر از فرستاده خدا قرار داده به او اختیار می‌دهد برخلاف نصّ صریح و شاورهم فی الامر و بدون مشورت با امت تصمیم گیری در مصالح دولت و امور ملت نماید…»[ صحیفه امام، ج 20، ص 479-480.].
امام در پاسخ به نامه آقای محتشمی پور چنین مرقوم فرمودند:
«… پرونده این نهضت و همین طور عملکرد آن در دولتِ موقتِ شهادت می‌دهد که نهضت به اصطلاح آزادی طرفدار جدی وابستگی کشور ایران به آمریکا است، و در این باره از هیچ کوششی فروگذار نکرده است… به حسب این پرونده‌های قطور و نیز ملاقات‌های مکرر اعضای نهضت، چه در منازل خودشان و چه در سفارت آمریکا و به حسب آنچه من مشاهده کردم از انحرافات آن‌ها… و به حسب امور بسیار دیگر، نهضت به اصطلاح آزادی صلاحیت برای هیچ امری از امور دولتی یا قانونگذاری یا قضایی را ندارند؛ و ضرر آن‌ها، به اعتبار آنکه متظاهر به اسلام هستند و با این حربه جوانان عزیز ما را منحرف خواهند کرد و نیز با دخالت بیمورد در تفسیر قرآن کریم و احادیث شریفه و تأویل‌های جاهلانه موجب فساد عظیم ممکن است بشوند، از ضرر گروهک‌های دیگر، حتی منافقین این فرزندان عزیز مهندس بازرگان، بیشتر و بالاتر است… نهضت به اصطلاح آزادی و افراد آن چون موجب گمراهی بسیاری از کسانی که بی‌اطلاع از مقاصد شوم آنان هستند می‌گردند، باید با آن‌ها برخورد قاطعانه شود، و نباید رسمیت داشته باشند».[ صحیفه امام، ج20، ص 481-482.]
امام بعدها نیز میدان دادن به بازرگان و لیبرال ها را اشتباه دانسته و فرمودند:
«من امروز بعد از ده سال از پیروزی انقلاب اسلامی همچون گذشته اعتراف می‌کنم که بعض تصمیمات اول انقلاب در سپردن پست‌ها و امور مهمه کشور به گروهی که عقیده خالص و واقعی به اسلام ناب محمدی نداشته‌اند، اشتباهی بوده است که تلخی آثار آن به راحتی از میان نمی‌رود، گرچه در آن موقع هم من شخصاً مایل به روی کار آمدن آنان نبودم ولی با صلاحدید و تأیید دوستان قبول نمودم و الآن هم سخت معتقدم که آنان به چیزی کمتر از انحراف انقلاب از تمامی اصولش و هر حرکت به سوی آمریکای جهان‌خوار قناعت نمی‌کنند، در حالی که در کارهای دیگر نیز جز حرف و ادعا هنری ندارند. امروز هیچ تأسفی نمی‌خوریم که آنان در کنار ما نیستند چرا که از اول هم نبوده‌اند. انقلاب به هیچ گروهی بدهکاری ندارد و ما هنوز هم چوب اعتمادهای فراوان خود را به گروه‌ها و لیبرال‌ها می‌خوریم، آغوش کشور و انقلاب همیشه برای پذیرفتن همه کسانی که قصد خدمت و آهنگ مراجعت داشته و دارند گشوده است ولی نه به قیمت طلبکاری آنان از همه اصول، که چرا مرگ بر آمریکا گفتید! چرا جنگ کردید! چرا نسبت به منافقین و ضدانقلابیون حکم خدا را جاری می‌کنید؟ چرا شعار نه شرقی و نه غربی داده‌اید؟ چرا لانه جاسوسی را اشغال کرده‌ایم و صدها چرای دیگر.»[ صحیفه امام، ج 21، ص 285-286.]

2. دوره دوم 1373 تا کنون

با درگذشت مهندس بازرگان، ابراهیم یزدی به دبیرکلی این حزب برگزیده شد. البته ید الله سحابی تا زمانی که در قید حیات بود،‌ تلاش نمود تا نفوذ خود را به عنوان ارشدترین فرد این حزب حفظ کند.
ابراهیم یزدی در انتخابات ریاست جمهوری 1376 رسماً خود را با وجود علم
به رد صلاحیت خود به دلیل نفی برخی از اصول قانون اساسی مثل ولایت فقیه
و مخالفت با اساس نظام، به عنوان نامزد ریاست جمهوری معرفی نمود و به دنبال
رد صلاحیت وی، با تحریم انتخابات موج اتهام بر علیه نظام را به راه انداخت.
مهم‌ترین رویکردها و مواضع نهضت آزادی در دوره دبیرکلی ابراهیم یزدی عبارت است از:
طرح دیدگاه‌های تجدیدنظرطلبانه به بهانه برگزاری مراسم تجلیل از بازرگان و سحابی.
اشاعه تفکر سکولار مبنی بر جدایی دین از سیاست.
نادیده گرفتن قانون اساسی و عدم التزام به قانون اساسی به خصوص اصل ولایت فقیه.
دامن زدن به اختلافات میان نیروهای انقلاب.
دامن زدن به مسائل قومیت‌ها.
فعال کردن بخش‌های دانشجویی برای انجام فعالیت‌های رادیکالی که جلوه‌ای از آن در 18 تیر78 مشاهده شد.
طرح و تبلیغ آیت الله منتظری به بهانه‌های مختلف.
ایجاد ابهام و شبهه در خصوص مسائل مختلف انقلاب.
صدور بیانیه و نامه‌هایی در جهت خدشه دار کردن ارکان نظام.
سازماندهی و محوریت جریان‌های اپوزیسیون در قالب ملی مذهبی‌ها برای مقابله با نظام.
زیر سؤال بردن مجلس خبرگان رهبری و نظارت استصوابی و در خواست از مردم برای تحریم انتخابات.
پس از دوم خرداد 1376 این گروه تلاش نمود تا از فضای به دست آمده در مسیر اهداف براندازانه خویش بهره گیرد.
برخی از گروه‌های منشعب از نهضت آزادی که در مقطع دولت موقت از منتقدان شدیداللحن بازرگان و یارانش بودند در سال‌های بعد راهی جز همراهی با نهضت آزادی نداشتند، اما در عین حال حاضر نبودند در زیر چتر رهبری مهدی بازرگان، ابراهیم یزدی و… قرار گیرند.
در اواسط دولت سازندگی عزت الله سحابی مجوز انتشار نشریه‌ای به نام ایران فردا را دریافت کرد. او سعی کرد این مجله را به مکانی برای فعالیت فعالان این گروه‌ها و نهضت آزادی قرار دهد و در دوران دولت خاتمی، عزت الله سحابی جبهه‌ای به نام «ملی- مذهبی ها» را از همکاران این نشریه سامان داد. اعضای جنبش مسلمانان مبارز (حبیب الله پیمان، زیدآبادی، پدرام، کاظمیان، علیرضا رجایی و…) جداشدگان از گروهک منافقین (میثمی، رئیسی طوسی، رفیعی، نوحی، محمد ملکی و…) گروه جاما (نظام‌الدین قهاری، نکو روح و…) گروه‌های سوسیالیست مذهبی محلی مثل موحدین انقلابی و… (متشکل از افرادی مثل تقی رحمانی،
رضا علیخانی، هدی صابر، مدنی و…) و افرادی مثل بسته نگار، اعظم طالقانی و…
در این مجموعه قرار داشتند. این گروه نیز اگر چه در انتخابات‌های دوران
آقای خاتمی، گاه با لیست مستقل وارد رقابت می‌شد، اما در عین حال متحد بخش اثرگذار جریان حاکم بر دولت آقای خاتمی و مجلس ششم به شمار می‌رفت.
ملی- مذهبی ها با حضور در تشکل‌های دانشجویی حامی آقای خاتمی به پیشبرد اهداف سیاسی بخش اثرگذار جریان حاکم بر دولت وی و مجلس ششم کمک می‌کردند. در عین حال تشکل‌های دانشجویی مکانی برای رقابت
ملی- مذهبی ها با حامیان اصلی دولت آقای خاتمی حزب مشارکت، مجاهدین، کارگزاران، مجمع روحانیون و… بود. در زمان حاکمیت جریان موسوم به دوم خرداد بر قوای مجریه و مقننه فعالان دانشجویی طیف ملی- مذهبی با تلاش در رادیکالیزه کردن فضای سیاسی جایگاه برتر را در بخش تندرو دفتر تحکیم وحدت پیدا کردند.
یکی از شگردهای نهضت آزادی برای آلوده کردن فضای سیاسی جامعه و ایجاد تنش و تشنج در آن نفوذ در مراکز دانشگاهی کشور به ویژه انجمن‌های اسلامی دانشجویان بود که از عمده دلایل آن زمینه مساعدی است که برای فعالیت‌های این گروهک توسط برخی عناصر داخلی فراهم می‌گردید.
نهضت آزادی که خود یکی از محرکان پشت پرده فتنه تیرماه سال1378 تهران بود در بحبوحه‌ ناآرامی‌های کوی دانشگاه به همراه بسیاری از گروهک‌های سیاسی منزوی در داخل و خارج کشور با انتشار بیانیه‌های مکرر که بیانگر دخالت آنان در این فتنه‌ها و حرکات بود به حمایت از اغتشاش و تشنج و خرابکاری پرداخت. نهضت آزادی در اطلاعیه خود که پیرامون حوادث کوی دانشگاه صادر شد دانشجویان را به ادامه تحصن و ناآرامی‌ها تشویق نمود و اقدام به خرابکاری را با نسبت دادن به دانشجویان بیانگر خواست‌های سیاسی جامعه توصیف کرد. این گروهک همزمان با خط دهی به اغتشاشات تیرماه 1378 فتنه گری خود را نیز ادامه می‌داد به‌طوری که ضمن گروه فشار نامیدن افرادی که خواستار مقابله با هرگونه خرابکاری در جامعه شده بودند آن‌ها را به در سر داشتن ایجاد پراکندگی در جبهه دوم خرداد و تشدید اختلاف بین نیروهای درون حاکمیت و احزاب و گروه‌های مستقل بیرون از حاکمیت اما وفادار به جامعه مدنی متهم می‌کرد. علاوه بر آن ابراهیم یزدی رئیس گروه نهضت آزادی در بحبوحه فتنه تیرماه 1378 در نقش یک خبرنگار وظیفه شناس برای رادیوهای غربی به ویژه شبکه بی .بی.سی ظاهر شد و اخبار لحظه به لحظه ماجرای اغتشاش را در گفتگوهای پی در پی در اختیار آن‌ها می گذاشت به طوری که این شبکه خبری برای نشان دادن تازگی اخبار خود حتی ساعت‌های تماس با یزدی را نیز اعلام می‌کرد.
آنچه مسلم است عناصر به اصطلاح ملی مذهبی و نهضت آزادی از گردانندگان و حامیان اصلی و تبلیغاتی اما پشت پرده ماجرای کوی دانشگاه بودند و همان‌گونه که منوچهر محمدی یکی از دستگیرشدگان این ماجرا پس از دستگیری به ارتباط خود با بیگانگان و گرفتن پول از سازمان‌های جاسوسی کشورهای غربی اعتراف کرد بیشترین ارتباط خود را نیز با عناصر به اصطلاح ملی مذهبی عنوان نمود که از جمله آنان همسر امیرانتظام یکی از اعضای نهضت آزادی و جاسوس شناخته شده سیا سازمان جاسوسی آمریکا بود محمدی در اعترافات خود گفت: نیروهای ملی از جمله حزب ملت ایران و جبهه ملی و خانم امیرانتظام در این ماجرا از من حمایت می‌کردند و شخص مذکور ارتباط زیادی با خارج از کشور داشت.
در واقع اعضای گروه غیرقانونی نهضت آزادی، که آن ‌روز ها اظهارات مفصل آن‌ها از رادیوهای بیگانه در حمایت از اغتشاش گران پخش می‌شد امیدوار بودند که آن وقایع به تشدید روند به اصطلاح اصلاحات مورد نظر آنان در ایران کمک کند و صراحتاً بر این نکته اذعان می‌کردند که وقایع مذکور مایه سرافکندگی جمهوری اسلامی ایران خواهد بود. آن‌ها تلاش می‌کردند با اظهارات خود به حوادث کوی دانشگاه دامن بزنند نه اینکه حامی دانشجو و دانشگاهی باشند بلکه هدف آن‌ها از استمرار وقایع و بحران ها بهره برداری سوء سیاسی به نفع اهدافشان بود و بس.
در سال‌های اخیر این مجموعه با وساطت افرادی مثل محسن سازگارا، تحت پوشش ادامه تحصیل به نهادهای آمریکایی فشار بر جمهوری اسلامی پیوستند و ارتباط گروه‌های سیاسی و فعالان تندرو داخلی با مقامات آمریکایی و ضدانقلاب خارج کشور را تسهیل کردند. بخش عمده ای از هدایت جریان فتنه 88 بر دوش این عدّه بود.