پس از آغاز فتوحات و توسعه حوزه اسلام دو نکته سبب فزونی اهمیت شام و عراق بر مدینه و به تعبیری حجاز شده بود. اوّلاً شمار زیادی از قبایل از جزیرة العرب به شام و عراق آمده بودند که در میان آنها عدة فراوانی از صحابه نیز دیده می‌شدند. نکته دوم آن بود که وسعت امکانات و استعدادهای نهفته در این مناطق، قابل قیاس با حجاز نبود . پس از به خلافت رسیدن امیرالمومنین علی علیه السلام و زمانی که شورشیان پیمان‌شکن به رهبری طلحه و زبیر و عایشه، در مکه حرکت خود را آغاز کردند، به این نتیجه رسیدند که قبل از آن که امام علی ـ علیه السّلام ـ عراق را به تصرّف خود درآورد به سوی این منطقه حرکت کنند. اگر آنان موفق می‌شدند کوفه و بصره را تصاحب کنند، کار حجاز تمام شده بود . خارج شدن امام از مدینه کار آسانی نبود، همچنان که گریزی از آن نبود درست همانند زمانی که رسول خدا ـ صلّی الله علیه و آله ـ شهر مکه را با همة قداست و احساس وطن‌خواهی آن را ترک کرد. اکنون امام علی ـ علیه السّلام ـ احساس کرده بود که دو دشمن غدار او یکی شام را در تصرف گرفته و دیگری بصره را و اکنون نیز می‌کوشند تا کوفه را نیز از دست او در آورند. تصاحب این دو شهر بدان معنا بود که تمامی ایران با همة امکانات اقتصادی آن به دست اینان افتاده است از این رو امام برای خاموش کردن شورشیان به سوی عراق حرکت کرد . ( تاریخ خلفا، ج 2، ص 273 . )
مدینه از چند جهت توان مقاومت و مقابله را نداشت.اوّلاً از نظر اقتصادی، محیط حجاز، توانایی تحمل رویارویی با عراق یا شام را نداشت. ثانیاً آن‌که مدینه از لحاظ نیروی انسانی کشش یک جنگ تمام عیار را با شام نداشت. ثالثاً مردم مدینه، به جز انصار، چندان علاقمند به امام علی ـ علیه السّلام ـ نبودند و افرادی چون عبدالله بن عمر، سعد بن ابی وقاص، محمد بن سلمه، اسامة بن زید و بسیاری دیگر کوچکترین علاقه‌ای به امام نداشتند و خود را مجتهدتر از آن حضرت می‌دانستند (انساب الاشراف ، ج 2، ص 211 . (
اما کوفه، از جهات متعددی، و درست در برابر مدینه شرایط کاملاً مناسبی را دارا بود. عراق مشکل جمعیت را نداشت . قبایل فراوانی در آنجا زندگی می‌کردند، کسانی که در طی فتح ایران، قوت نظامی خود را نشان داده بودند. از نظر اقتصادی نیز، وجود دو رود دجله و فرات و زمینهای حاصل خیز عراق، مهم‌ترین منبع درآمد مردم این خطه بود. به علاوه خراج و جزیه فراوانی از ایران و عراق، در دست مسلمانان بود که ثروتی بی‌اندازه محسوب می‌شد .
از طرفی هدف اساسی امام پس از سرکوبی شورشیان جمل برخورد با معاویه بود. چنین کاری بدون حضور امام در عراق که در نزدیکی شام قرار داشت ممکن نبود.( معجم البلدان، ج 1، ص 47)
افزون بر اینها، امام از میان قبایل یمنی و ایرانی طرفداران فراوانی در کوفه داشت که این امر می توانست به استحکام حکومتش کمک شایانی کند.
لذا امیرالمومنین پس از پایان نبرد جمل در دوازدهم ماه رجب سال سی و شش هجری در روز دوشنبه همراه با گروهی از بزرگان بصره وارد شهر کوفه شد و پس از استقبال مردم کوفه از آن حضرت (وقعه الصفین ص 8؛ فروغ ولایت، ص 468) این شهر را به عنوان مرکز خلافت خود انتخاب کرد.