چالشهای پیش روی نظام جمهوری اسلامی را می توان در سه گروه چالشهای بین المللی ، منطقه ای و داخلی   تقسیم بندی کرد که در هر بخش به فهرست آن اشاره می کنیم.
« چالشهای بین المللی »
-جهانی شدن سیاست، اقتصاد، فرهنگ وارتباطات
– بحرانهای زیست محیطی و جمعیتی
– بحران معنویت واخلاق
– گسترش ناتو به سمت شرق
– هژمونی طلبی آمریکا و تلاش برای ایجاد نظام تک قطبی
– اختلاف سطوح منافع در میان کشورهای صادر کننده نفت
-گسترش سازمان تجارت جهانی
– بحران جهانی انرژی
– مشکل مربوط به کنترل فن آوریهای پیشرفته و توسعه
– مقابله استکبار جهانی با بیداری در منطقه و مقابله با نفوذ نظام جمهوری اسلامی
« چالشهای منطقه ای»
-وجود اسراییل به عنوان کانون بحران ساز در منطقـه
-بحرانهای نظامی در عراق، افغانستان وسوریه و حضور آمریکا در منطقه
– اختلافات مذهبی میان مسلمانان وکشورهای اسلامی و ترسیم راهکارهایی برای ایجاد وحدت میان کشورهای اسلامی
-بحران سوریه و تلاش استکبار جهانی برای شکستن محور مقاومت
-ظهور جریان تکفیری و افراطی گری این جریان در کشورهای منطقه
-مقابله با موج بیداری اسلامی در منطقه و مصادره انقلاب های منطقه
« چالش های داخلـی »
نظام جمهوری اسلامی در سطح داخلی با چالشهای متعددی در عرصه های مختلف اقتصادی ، سیاسی ، فرهنگی ، اجتماعی روبرو است
در زمینه اقتصادی
-وابستگی به نفت
-فقدان ساختارمشخص اقتصادی
-ضعف مدیریت و برنامه ریزی
-عدم استفاده بهینه از امکانات و ظرفیت های کشور
-فقدان نظارت لازم و بروز مفاسد اقتصادی
-کم توجهی به صنایع و تولیدات داخلی و عدم حمایت مناسب از آن
-ضعف روند خصوصی سازی در کشور
در زمینه سیاسی
-زاویه گرفتن با گفتمان امام و انقلاب و فاصله گرفتن از ارزش های محوری نظام
-کم توجهی مسئولان به نیازهای اصلی مردم 
– جناح بندیهای سیاسی  و گرفتار شدن در منازعات سیاسی و جناحی و خدشه به وحدت ملی
درزمینه فرهنگی
– مشکلات هویتی و ضرورت فرهنگ سازی و احیا و ترمیم هویت دینی و ایرانی و بازسازی تمدن اسلامی
-تهاجم فرهنگی و نفوذ اندیشه های بیگانه و سکولار در میان روشنفکران
-کم توجهی به فرهنگ اسلامی ایرانی
در اولویت قرار نگرفتن فرهنگ در برنامه ها
در زمینه اجتماعی
-بیکاری و مسأله اشتغال
– ازدواج جوانان
-تضعیف جایگاه خانواده
– مواد مخدر
– گسترش مفاسد اخلاقی و اجتماعی
-بروکراسی اداری
جهت مطالعه بیشتر به منابع زیر مراجعه شود.
چالشهای کنونی ایران ، عماد افروغ تهران : پژوهشگاه فرهنگ و هنر اسلامی
آسیب شناسی انقلاب اسلامی ، مجموعه مقالات ، تهران: دانشگاه صنعتی شریف
انقلاب اسلامی ، نقطه عطفی در تاریخ ، حمید دهقان ، قم: مدین