علت اختلاف ظاهراً از این جهت بوده که پیامبر اکرم(ص) اکثر اوقات در آخر آیه، وقف می کرده و بعضی از اوقات وقف نمی کرده اند. به همین جهت در تعداد آیات اختلافی پیش آمده و اکثراً
6200
آیه ذکر کرده اند. عدد 6666 را میبدی در کشف الاسرار نسبت به جمهور اهل علم داده است. علت این انتخاب شاید جهت سر راست بودن آن می باشد. همچنین خالی بودن قرآن های اولیه از علامت جداکننده آیات از یکدیگر باعث می شده تا وقف بر بعضی آیات صورت نگیرد و یک آیه شمرده شود یا بالعکس.