در چگونگی و محل وفات سکینه اختلاف شده است. بنا بر نقل بسیاری از منابع و مآخذ وفات ایشان در روز پنجم ربیع الاول (1) سال ۱۱۷ هجری قمری (2) در زمان امارت خالد بن عبدالله بن حارث (3) و به نقلی خالد بن عبدالملک(4) در مدینه اتفاق افتاده است. (5) بنا بر نقل منابع اهل سنت، خالد بن عبدالله بر او نماز خواند و او را در قبرستان بقیع به خاک سپردند.(6) برخی نیز گفته‌اند وقتی سکینه با اصبغ بن عبدالعزیز بن مروان ازدواج کرد، از مدینه به طرف شام حرکت کرده و در دمشق درگذشت.(7) از این رو در قبرستان باب الصغیر دمشق، قبری منسوب به سکینه است. و بعضی نیز گفته اند پس از ازدواج با وی به مصر رفته و در آنجا مدفون شده است. اکنون نیز بقعه ای در شهر قاهره به سکینه بنت الحسین منسوب است.(8)لذا با توجه به نقل های مشهور امکان اینکه محل دفن در مدینه باشد، بیشتر است.————(1) ابن عساکر، پیشین، ج۶۹، ص۲۱۸ و ابن خلکان، پیشین، ج۲، ص۳۹۶.
(2) خلیفة بن خیاط؛ تاریخ خلیفة بن خیاط، ص۲۲۵؛ البلاذری، احمد بن یحیی؛ انساب الاشراف، ج۲، ص۱۹۷؛ الطبری، محمد بن جریر؛ تاریخ الأمم و الملوک(تاریخ الطبری)، ج۷، ص۱۰۷ و ابن خلکان، پیشین، ج۲، ص۳۹۶
(3) ابن سعد، پیشین، ص۳۴۷ و ابن عساکر، پیشین، ص۲۱۷
(4) البلاذری، پیشین، ج۲، ص۱۹۷.
(5) ابن سعد، پیشین،ص۳۴۷؛ خلیفة بن خیاط، پیشین، ص۲۲۵؛ البلاذری، پیشین، ج۲، ص۱۹۷ و ابن عساکر، پیشین، ص۲۱۷.
(6) ابن سعد، پیشین،ص۳۴۷ و ابن عساکر، پیشین، ص۲۱۷
(7) ابن عساکر، ج۲، ص۴۲۱
(8) اهل بیت فی مصر، ص۲۱۶