علما و مراجع معظم تقلید،پیش از پیروزی انقلاب اسلامی جملگی اعتقاد به ولایت فقیه و لزوم تشکیل حکومت اسلامی تحت زعامت ولایت فقیه داشتند و زمانی که زمینه های قیام بر علیه رژیم شاه و تشکیل حکومت اسلامی توسط امام خمینی ره فراهم شد آن ها نیز از امام خمینی ره حمایت کردند که اسناد آن امروزه در دسترس می باشد به عنوان مثال کتاب «نهضت امام خمینی» اثر سید حمید روحانی دهها سند از پشتیبانی های علما و مراجع معظم تقلید شیعه در بالاترین سطح آن از این نهضت را منتشر کرده و در شرح حال مراجع معظم تقلید نیز به اقدامات آنان در تایید نهضت و حمایت از امام خمینی بر اساس اسناد ومدارک اشاراتی شده است به عنوان نمونه تنها یک نمونه از مراجع طراز اول آن روزگار، مرحوم آیت الله العظمی گلپایگانی بود که حاصل فعالیت های انقلابی ایشان بخش عمده کتاب سه جلدی «آیت الله العظمی گلپایگانی به روایت اسناد ساواک» را شکل می دهد. در جریان شعله ور شدن دوباره انقلاب اسلامی که بهانه آن نیز انتشار مقاله توهین آمیز روزنامه اطلاعات بود، بار دیگر این مراجع معظم تقلید بودند که فعالانه در صحنه حضور پیدا کرده و به حمایت از رهبر انقلابی در تبعید پرداختند که در اینجا به بخش هایی از گزارش های موجود در این زمینه اشاره می کنیم: « آیت الله گلپایگانی با قرائت آیه مبارکه انالله و اناالیه راجعون این جسارت را ضایعه بزرگی بر جامعه روحانیت و فقه و اجتهاد نامیدند و فرمودند اینها بیراهه می روند. اینها فکر می کنند ما سکوت کرده، چیزی نخواهیم گفت و دست برمی داریم. باید بدانند اگر سر نیزه را حتی زیر گلوی ما بگذارند، حرفمان را می زنیم. اینها وانمود کرده اند که ما با آنها موافقیم. تهمت موافقت به ما نمی چسبد. علماء همه مخالفند. حتی آقای شریعتمداری که دربار توقع نداشت طلاب را بپذیرد و موضعگیری کند گفت: خیال نکنید ما کاری نمی کنیم ما قبل از آمدن شما به اینجا به دنبال همین موضوع رفته بودیم و مطمئن باشید پیگیری خواهیم کرد. آیت‌الله نجفی مرعشی در حالی‌که بسیار متاثر بود و می‌گریست اظهار داشت: آیا شایسته است در یک روزنامه کثیرالانتشار به یک عالم ربانی و سیدجلیل که مقام حبّش به ائمه اطهار(ع) و ولایتش و خلوص نیتش و عباداتش و فضل و کمالش، همه‌اش را من می‌دانم، توهین شود؟ توهین کنند و بگویند حرف نزنید و متاثر نشوید. من عاجزم از اینکه تاثرات خودم را به شما عرض کنم. من در مدت عمرم این مصیبتهایی که در این قرون اخیر، عالم روحانیت دید، در عمرم ندیده بودم. در کجای دنیا نسبت به روحانیت یک همچو حرکاتی هست. اگر شما پیدا کردید در یکی از روزنامه‌های خارجی که به یک عالمی از علمایشان، یک کشیشی به یک خاخامی توهین شده باشد… امروز به ایشان توهین می‌کنند فردا به ساحت ائمه و انبیا و مرسلین. این‌ها عقده‌ای در دل‌هاست و بالاخره یک وقتی منفجر خواهد شد. آیت‌الله مرتضی حائری اظهار داشت: من از اهانت به حضرت آیت‌الله خمینی ناراحتم و این اهانت را تقبیح می‌کنم و اگر در اینجا بیش از این سخن نمی‌گویم می‌ترسم مسجداعظم را هم مثل مدرسه فیضیه تعطیل کنند. آیت‌الله سیدصادق روحانی نیز گفت: این جسارت به پیامبر(ص) است. جسارت به امام زمان(عج) است. جسارت به دین است. خیالاتی دارند. بنابراین باید همین جوری که تا به حال اقدام شده و علماء هم اقداماتی کرده‌اند همین جور اتحاد خود را حفظ و کار را دنبال کنید. وقتی که مردم نزد آیت‌الله میرزاهاشم آملی رفتند این عالم بزرگ در حالی که بغض گلویش را گرفته بود اظهار داشت: عظمت آقای ما به حدی است که این‌گونه نوشته‌جات ضرری به ایشان نمی‌رساند. وی با این سخن به گریه افتاد و سپس ادامه داد: … ما همه یکی هستیم و یک نظر داریم… از محضر علماء تقاضا خواهم کرد که ان‌شاءالله مجلسی تشکیل دهیم و این مطالب را استیضاح کنیم… از این روحیه پاکی که دارید تشکر می‌کنم. فیلسوف شهیر علامه طباطبایی علی‌رغم کسالت به میان جمع آمده، فرمودند: بنده سابقه رفاقت با ایشان داشتیم کاملا شأن ایشان را می‌شناسیم. شأنشان اجل از این تهمت‌هاست. ایشان منزهند از این مطالب کذب. با توجه به کسالت علامه طباطبایی، آیت‌الله محمد یزدی در منزل معظم‌له سخنرانی کردند:… حتی شهامت اینکه یکی از افراد مشخص با اسم بنویسد، با اسم بدون مسمایی لاطائلاتی نوشته‌اند. نمی‌شود در برابر اینها بی‌تفاوت بود… ملاحظه فرمودید بلافاصله حوزه علمیه مقدسه قم سراسر یکپارچه بدون کمترین اختلافی از مراجع عظام درجه اول تا کمترین درس‌ها همه یکپارچه به عنوان اعتراض… تعطیل شد… تعظیم از شخصیتی که دیگر بر هیچ کس مقام و عظمت ایشان پوشیده نیست، شخصیتی که در دنیای اسلام که جای خود دارد باید گفت در دنیای بشریت، توجه به مقام ایشان در حد اعلا شده است و ایشان پناه اسلام و مسلمین هست در مسائلی که الان وجود دارد این بحثی نیست که کسی جرئت بکند با چهار تا حرف بیهوده جز اینکه خودش را تحقیر کرده…، به مقام مقدس یکی از رهبران بزرگ روحانی حضرت آیت‌الله خمینی جسارت کند. مسلمانها تحمل نمی‌کنند… فکر می‌کنند با این‌کارها می‌توانند مقاصد شومشان را به ثمر برسانند. سخت در اشتباهند.»(روایتی از اربعین های انقلاب اسلامی، محسن حسینی نهوجی، روزنامه کیهان، 27و28/1/1393) با پیروزی انقلاب اسلامی نیز که بخش عمده ای از آن با حمایت ها و هدایت های مراجع معظم تقلید صورت گرفت باز هم مراجع معظم تقلید حمایت و پشتیبانی خود از انقلاب اسلامی اعلام کردند که شرح آنها در کتاب های مختلفی نگاشته شده است و این تعامل همواره میان مراجع و انقلاب اسلامی وجود داشته است به طوری که به عنوان نمونه پیش نویس قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، در زمانی که حضرت امام ره در قم حضور داشت طی جلساتی با حضور مراجع معظم وقت مورد بررسی قرار گرفت و مراجع معظم تقلید در هر برهه ای از تحولات کشور فعالانه وارد شده و با مواضع صریح و انقلابی خود، جریان انقلابی را بیش از پیش تقویت می کردند چنانکه پشتیبانی های مادی و معنوی آنها از جبهه های جنگ تحمیلی و حتی حضور برخی از مراجع و مجتهدین در جبهه های جنگ نمودی از این همراهی ها می باشد. البته آنچه در باره نقش مراجع تقلید در انقلاب اسلامی گفته شد مربوط به مراجع مشهور غیر از امام خمینی ره بود و گرنه خود حضرت امام ره که بعد از آیت الله العظمی بروجردی ره مرجعیت داشتند و نیز دهها شاگرد ایشان که جملگی از مجتهدان و اساتید مشهور حوزه های علمیه بوده و برخی از آنها نیز بعدها عهده دار منصب مرجعیت جهان تشیع شدند نشانه ای از حضور و نقش پر رنگ حوزه علم و اجتهاد در کنار انقلاب اسلامی و گویای این واقعیت است که انقلاب اسلامی ریشه در حوزه و مرجعیت شیعه دارد و آنها هرگز در قبال حوادث انقلاب اسلامی نه تنها سکوت اختیار نکرده اند بلکه همواره فعال بوده اند.