در سال 135ه ق امام صادق علیه السلام اولین بار در در زمان منصور عباسی مکان قبر امیرالمومنین را نمایان کرد(تاریخ الشیعه ،محمد حسین المظفری،ص94).همچنین در مورد پیدایش قبر على علیه السلام شیخ مفید هم روایتى نقل میکند که عبد الله بن حازم گفت روزى با هارون الرشید براى شکار از کوفه بیرون رفتیم و در پشت کوفه به غریین رسیدیم،در آنجا آهوانى را دیدیم و براى شکار آنها سگهاى شکارى و بازها را بسوى آنها رها نمودیم،آنها ساعتى دنبال آهوان دویدند اما نتوانستند کارى بکنند و آهوان به تپه اى که در آنجا بود پناه برده و بالاى آن ایستادند و ما دیدیم که بازها بکنار تپه فرود آمدند و سگها نیز برگشتند،هارون از این حادثه تعجب کرد و چون آهوان از تپه فرود آمدند دوباره بازها بسوى آنها پرواز کرده و سگها هم بطرف آنها دویدند آهوان مجددا به فراز تپه رفته و بازها و سگها نیز باز گشتند و این واقعه سه بار تکرار شد!هارون گفت زود بروید و هر که را در این حوالى پیدا کردید نزد من آورید،و ما رفتیم و پیرمردى از قبیله بنى اسد را پیدا کردیم و او را نزد هارون آوردیم،هارون گفت اى شیخ مرا خبر ده که این تپه چیست؟آنمرد گفت اگر امانم دهى ترا از آن آگاه سازم!هارون گفت من با خدا عهد میکنم که ترا از مکانت بیرون نکنم و بتو آزار نرسانم.شیخ گفت پدرم از پدرانش بمن خبر داده است که قبر على بن ابیطالب در این تپه است و خداى تعالى آنرا حرم امن قرار داده است چیزى آنجا پناهنده نشود جز اینکه ایمن گردد!هارون که اینرا شنید پیاده شد و آبى خواست و وضوء گرفت و نزد آن تپه نماز خواند و خود را بخاک آن مالید و گریست و سپس (بکوفه) برگشتیم . به این گونه قبر مبارک حضرت علی علیه‌السلام تقریباً پس از صد و اندی سال آشکار گردید.در زمان هارون عباسی 165ه ق ضریحی از سنگ سفیدونخستین بقعه بر مزار امام ساخته شد.(ارشاد شیخ مفید،ج1،ص26.من لایحضرالفقیه،ج2،ص586)
در رابطه با باب های حرم امیرامومنین علیه السلام آنچه که نام گذاری شده بر اساس موقعیت آن باب می باشد یعنی به طور مثال بابی که به سمت قبله وجود دارد به باب به باب القبله شهرت دارد ویا بابی که به سمت سوق الکبیر باز می شود به باب سوق الکبیر نامگذاری شده است.بابی که به اسم اژدها ذکر کردید در نقشه حرم وجود ندارد.