امیرمؤمنان(علیه السلام) در برابر غصب حق خلافت سکوت کرد و خود از این سکوت به تلخی یاد می کرد و در نهج البلاغه آن را تلخ تر از حنظل شمرد[ نهج البلاغه، خطبه 26.].سکوت علی(علیه السلام) صرفاً ناشی از اضطرار و تنهایی نبود؛ برای او آسان بود که قیام کند و حداکثر آن بود که به واسطه نداشتن یار و یاور، خودش و فرزندانش شهید شوند. شهادت آرزوی علی بود[ مجموعه آثار استاد شهید مطهری، ج 16، ص 485.]. اما او از میان دو کار، بنا به مصلحت یکی را انتخاب کرد که شاق تر و فرساینده تر بود:
«آگاه باشید! به خدا سوگند! ابابکر، جامه خلافت را بر تن کرد، در حالی که می دانست جایگاه من نسبت به حکومت اسلامی، چون محور آسیاب است به آسیاب که دور آن حرکت می کند. او می دانست که سیل علوم از دامن کوهسار من جاری است، و مرغان دور پرواز اندیشه ها به بلندای ارزش من نتوانند پرواز کرد. پس من ردای خلافت رها کرده و دامن جمع نموده از آن کناره‌گیری کردم و در این اندیشه بودم که آیا با دست تنها برای گرفتن حق خود به پاخیزم؟ یا در این محیط خفقان زا و تاریکی که به وجود آوردند، صبر پیشه سازم؟ که پیران را فرسوده، جوانان را پیر، و مردان با ایمان را تا قیامت و ملاقات پروردگار اندوهگین نگه می دارد! پس از ارزیابی درست، صبر و بردباری را خردمندانه تر دیدم. پس صبر کردم در حالی که گویا خار در چشم و استخوان در گلوی من مانده بود. و با دیدگان خود می نگریستم که میراث مرا به غارت می برند!».[ نهج البلاغه، خطبه 3.]درباره چرایی سکوت، با الهام از فرمایشات ایشان، به نکات ذیل اشاره می شود:

1. بی وفایی یاران

پیرامون امیرمؤمنان(علیه السلام) یارانی جان نثار و اهل جهاد و شهادت چون حمزه و جعفر(علیه السلام) وجود نداشت تا با یاری آنان برای مقابله با غاصبان اقدام شود[ امام به این نکته اشاره نموده اند که اگر بعد از رسول الله(صلی الله علیه و آله و سلم) عمویم حمزه و برادرم جعفر حضور داشتند تن به بیعت اجباری نمی دادم حال آن که برایم افرادی چون عباس و عقیل وجود دارند! (نهج السعاده، ج5، ص219؛ مستدرک الوسائل، ج11، ص 76).]. به جز اهل بیت نیز بی وفایی نمایان بود و بدیهی است در این وضعیت، شکل‌گیری قیام با از دست دادن رهبری چون علی(علیه السلام) همراه بود و این خسارت برای جامعه نوپای اسلامی جبران پذیر نبود[ پاسخ به شبهات کلامی (امامت)، ص 309.]؛ امام می فرماید:
«پس از وفات پیامبر و بی وفایی یاران، به اطراف خود نگاه کرده، یاوری جز اهل بیت خود ندیدم که اگر مرا یاری کنند کشته خواهند شد، پس به مرگ آنان رضایت ندادم، خار در چشمم بود و چشم ها را بر هم نهادم، استخوان در گلویم گیر کرده بود و نوشیدم، گلویم فشرده می شد و تلخ تر از حنظل در کامم ریخته بود و صبر کردم»[ نهج البلاغه، خطبه 26.].

2.جلوگیری از خطر انحراف

در ماه های آغازین خلافت ابوبکر، قبایل و گروه هایی پرچم «ارتداد» و بازگشت به بت پرستی را برافراشتند و با حکومت اسلامی مخالفت کردند. علاوه بر تهدید جدی مرتدین، مدعیان نبوت و پیمبرانی دروغین مانند «مسیلمه»، «طلیحه»، «سجاح» نیز در صحنه ظاهر شده، و جبهه منحرف را تقویت کردند و هر کدام طرفداران و نیروهایی دور خود گرد آوردند و قصد حمله به مدینه را داشتند. در این موقعیت ایمان مسلمانان و اصل نظام اسلامی در معرض تهدید و خطر سقوط قرار گرفته بود.
امیرمؤمنان(علیه السلام) می فرماید:
«آن گاه که پیامبر(صلی الله علیه و آله و سلم) به سوی خدا رفت، مسلمانان پس از وی در کار حکومت با یکدیگر درگیر شدند. سوگند به خدا، نه در فکرم می گذشت و نه در خاطرم می آمد که عرب خلافت را پس از رسول خدا(صلی الله علیه و آله و سلم) از اهل بیت او بگرداند، یا مرا پس از وی از عهده دار شدن حکومت باز دارند. تنها چیزی که نگرانم کرد شتافتن مردم به سوی فلان شخص (ابوبکر) بود. من دست باز کشیدم تا آن جا که دیدم گروهی از اسلام بازگشته، می خواهند دین محمد(صلی الله علیه و آله و سلم) را نابود سازند. پس ترسیدم که اگر اسلام و طرفدارنش را یاری نکنم (و دست به قیام بزنم)، رخنه ای در آن بینم یا شاهد نابودی آن باشم، که مصیبت آن بر من سخت تر از رها کردن حکومت بر شماست، که حکومت کالای چند روزه دنیاست…»[ مناقب خوارزمی، ص 313.].

3. حفظ اتحاد اسلامی

برای امیرمؤمنان(علیه السلام) باقی ماندن اساس اسلام از هر چیز دیگر محبوب تر و با ارج تر بود[ یکی از نوادگان عبدالمطلب اشعاری مبتنی بر فضیلت و ذی حق بودن علی(علیه السلام) و بر ذمّ مخالفانش سرود. علی(علیه السلام) او را از سرودن این گونه اشعار که در واقع نوعی تحریک و شعار بود نهی کرد و فرمود: «سَلامَةُ الدّینِ احَبُّ الَیْنا مِنْ غَیْرِهِ» برای ما سلامت اسلام و اینکه اساس اسلام باقی بماند از هر چیز دیگر محبوب تر و با ارج تر است. (شرح نهج البلاغه، ج6، ص 21 و 22).] و ازاین رو بر وحدت صفوف مسلمین و راه نیافتن تفرقه در آن تأکید داشت. زیرا شکوه داخلی و قوت بیرونی مسلمین، مدیون وحدت صفوف و اتفاق کلمه خود بودند[ مجموعه آثار استاد شهید مطهری، ج 16، ص 490.].
علی(علیه السلام) در دوران خلافت خودش، آن گاه که طلحه و زبیر نقض بیعت کردند و فتنه داخلی ایجاد نمودند، مکرر وضع خود را بعد از پیغمبر با این ها مقایسه می کند و می گوید: من به خاطر پرهیز از تفرق کلمه مسلمین از حق مسلّم خودم چشم پوشیدم و اینان با این که به طوع و رغبت بیعت کردند، بیعت خویش را نقض کردند و پروای ایجاد اختلاف در میان مسلمین را نداشتند.
امام پیش از عزیمت به بصره، در یک خطبه فرمود: قریش پس از رسول خدا حق ما را از ما گرفت و به خود اختصاص داد.
«دیدم صبر از تفرق کلمه مسلمین و ریختن خونشان بهتر است؛ مردم تازه مسلمان اند و دین مانند مشکی که تکان داده می شود کوچک ترین سستی آن را تباه می کند و کوچک ترین فردی آن را وارونه می نماید». آن گاه فرمود: چه می شود طلحه و زبیر را؟ خوب بود سالی و لااقل چند ماهی صبر می کردند و حکومت مرا می دیدند، آن گاه تصمیم می گرفتند. اما آنان طاقت نیاوردند و علیه من شوریدند و در امری که خداوند حقی برای آنها قرار نداده با من به کشمکش پرداختند.»[ شرح نهج البلاغه ابن ابی الحدید، ج1، ص 308.].