1. توسعه سیاسی، جامعه مدنی، آزادی

در این دوره شعارهای توسعه سیاسی، جامعه مدنی، آزادی و در ادامه اصلاحات سرلوحه کار دولت قرار گرفت و با فضای باز سیاسی و فرهنگی ایجاد شده، شاهد رشد گسترده نشریات، مطبوعات و مجلات در این دوره بودیم که هرچند می توانست نقطه مثبتی محسوب شود، اما متأسفانه به دلیل حاکمیت نگاه سکولاریستی
و تسامح و تساهل فرهنگی این مسئله موجب رفتارهای ساختار شکنانه مطبوعات
در تهاجم به ارزش‌ها و مبانی اسلامی و انقلابی گردید، به گونه‌ای که تقریباً
هیچ حریمی از ارزش‌ها از آسیب تهاجمات و شبهات آنان در امان نماند.
در بُعد سیاسی نیز شعار تنش زدایی موجب شد تا شاهد گسترش روابط با کشورهای اروپایی باشیم علاوه بر اینکه شاهد زمزمه‌هایی در مورد روابط و مذاکره با آمریکا بودیم که البته هیچ گاه به سمت بهبود روابط نینجامید. حتی آمریکا سیاست‌های مهار دو جانبه و تحریم ایران را تغییر نداد. آنان با متهم کردن ایران
به حمایت از تروریسم و تلاش برای به دست آوردن سلاح اتمی و نقض حقوق بشر در واقع خواستار تغییر موضع ایران در مخالفت با رژیم صهیونیستی و عدم حمایت ایران از گروه‌های مبارز فلسطینی و لبنانی بودند و با توجه به این که این مواضع ریشه در ماهیت دینی انقلاب اسلامی دارد؛ در حقیقت، خواهان تغییر ماهیت انقلاب بودند، در حالی که هیچ تغییری در ماهیت استکباری و سلطه جویانه این کشور ایجاد نشده بود.

2. طرح گفتگوی تمدن‌ها

یکی از دستاوردهای این دوره در عرصه سیاست خارجی طرح گفتگوی تمدن‌ها از سوی آقای خاتمی در مقابل نظریه برخورد تمدن‌های ساموئل‌ هانتیگتون نظریه پرداز مشهور آمریکایی بود که با اقبال سایر کشورها مواجه شد و سازمان ملل سال 2001 میلادی را به عنوان سال گفتگوی تمدن‌ها نامگذاری نمود.

3. پرونده هسته‌ای

در پرونده هسته‌ای کشور نیز در این دوره شاهد فراز و فرودهایی بودیم که با وجود اعتمادسازی کشور ما با فشارها و کارشکنی های کشورهای اروپایی نتوانستیم به موفقیت چندانی در این زمینه دست یابیم. این اعتمادسازی منجر به توقف و تعلیق داوطلبانه فعالیت‌های هسته ای ایران گردید که رفع این تعلیق داوطلبانه با هزینه قطعنامه سازمان ملل علیه کشورمان به پایان رسید.

4. کنفرانس برلین

از رخدادهای مهمی که در سال 79 به وقوع پیوست و جزو خبرسازترین مسائل روز قرار گرفت. برگزاری کنفرانس برلین بود که از سوی بنیاد هایریش بل وابسته
به حزب سبز آلمان برگزار شد. این کنفرانس با شرکت ضد انقلاب خارج از کشور
و برخی از روشنفکران و اصلاح طلبان داخلی برگزار گردید که در واقع نوعی محاکمه انقلاب اسلامی و زیر سؤال بردن آن محسوب می‌شد و در آن ارزش‌های اسلامی و انقلابی مورد اهانت و اقدامات توهین آمیز قرار گرفت که با انتشار این خبر، مردم انقلابی اعتراض خود را نسبت به این اقدام اعلام نمودند و ماهیت برخی از این افراد بیش از پیش آشکار شد.

5. جریان قتل‌های زنجیره‌ای

یکی از حوادث ناگواری که در این دوره رخ داد و نظام را با مشکلات بزرگی روبه رو ساخت، جریان قتل‌های زنجیره‌ای در سال 1377 بود. در این قتل‌ها
چند نویسنده گمنام و یکی از فعالان سیاسی روزهای اول انقلاب که البته در سال‌های اخیر کمتر نامی از او به میان آمد به نام فروهر و همسرش به قتل رسیدند.
بعد از قتل این افراد، به دنبال تحقیقات انجام شده، وزارت اطلاعات در بیانیه‌ای اعلام کرد تعدادی از افراد خودسر مسئول وقوع این قتل‌ها بوده‌اند. ابعاد این مسئله با مرگ سعید اسلامی (امامی) پیچیده ترگردید. این ماجرا که با پوشش رسانه‌ای و تبلیغاتی رسانه‌های خارجی و همزمان برخی رسانه‌های داخلی همراه بود، التهابات زیادی را در جامعه و به‌خصوص محافل سیاسی و مطبوعاتی به‌وجود آورد.

6. ماجرای کوی دانشگاه

هنوز التهاب ناشی از قتل‌های زنجیره‌ای در جامعه به طور کامل فروکش ننموده بود که ماجرای تلخ کوی دانشگاه کشور را با چالش بزرگ تری روبه رو ساخت، حادثه‌ای که با طراحی نیروهای خارجی و صحنه گردانی اپوزیسیون داخلی و بازیگری گروهی از اراذل و اوباش انجام گرفت. ماجرا از آنجا آغاز گردید که در تیرماه 1378، کمیسیون فرهنگی مجلس پنجم، طرحی را با عنوان «اصلاحیه قانون مطبوعات» در چهار بند به تصویب رساند همزمان با ارسال اصلاحیه قانون مطبوعات به هیأت رئیسه مجلس، جناح‌های موسوم به جبهه دوم خرداد و روزنامه‌های وابسته به آن‌ها از جمله نشاط، سلام، صبح امروز، خرداد و روزنامه‌های زنجیره‌ای به تبلیغات منفی و جنجال پیرامون این طرح پرداختند.
روزنامه سلام هم در 15 تیر یعنی یک روز مانده به مطرح شدن اصلاحیه در صحن علنی مجلس، اقدام به انتشار سند محرمانه منتسب به وزارت اطلاعات نمود و با تیتر درشت نوشت: «سعید اسلامی پیشنهاد اصلاح قانون مطبوعات را داده است.» که به دنبال آن روزنامه سلام به دلیل نشر اکاذیب توقیف شد روزنامه‌های وابسته به جریان دوم خرداد با اعلام حکم توقیف روزنامه سلام به هشدار و تهدید با تیترهای جنجالی روی آوردند، همزمان رسانه‌های غربی تبلیغات گسترده‌ای را برعلیه نظام اسلامی به راه انداختند. که با تجمع برخی از دانشجویان در کوی دانشگاه و تحریک افرادی مانند منوچهر محمدی و اکبر محمدی -که پس از دستگیری، درباره چگونگی دریافت کمک مالی و ارتباط با عناصر خارجی و طراحی تجمعات اعتراض آمیز اعترافات قابل تأملی داشته‌اند- صورت گرفت و دامنه آن
به خارج از دانشگاه کشیده شد و به دنبال شعارهای ساختار شکن برخی افراد و درگیری با نیروی انتظامی و وارد شدن آنان به کوی، حوادث ناگواری پیش آمد که بسیاری از آن‌ها با برنامه ریزی قبلی صورت گرفته بود و امنیت و آرامش شهر توسط برخی از افراد آشوب طلب به هم خود که همزمان با حمایت بی دریغ اپوزیسون و گروه‌های معاند و مخالف نظام همراه شده و رسانه‌های خارجی و داخلی وابسته به آن‌ها نقش زیادی در ملتهب نمودن فضا و ادامه تشنجات داشتند[ خبرگزاری فارس، 16/4/1386.].
این ماجرا با حضور حماسی مردم در 23 تیر در دفاع از نظام پایان پذیرفت.

7. ماجرای انتخابات دوره ششم و هفتم مجلس شورای اسلامی

در انتخابات مجلس ششم بحران پدید آمده مربوط به تقلب صورت گرفته در بعضی حوزه‌های رأی‌گیری بود که پس از بازشماری آرای تهران اختلافات فاحشی در تعداد آرا پدید آمد و شورای نگهبان حاضر به تأیید انتخابات نشد. جناحی که خود را پیروز انتخابات می‌دانست، بر مواضع خود تأکید می‌کرد و حملات شدیدی را برعلیه نهادهای نظارتی تدارک دید. در این شرایط، شورای نگهبان در نامه‌ای
به رهبر انقلاب حوادث انتخابات و تغییر نتایج بر اثر بازشماری تعدادی از صندوق‌ها را بازگو کرد و با توجه به‌مدت ‌زمان زیادی که بازشماری آرا می‌گرفت، از ایشان راهنمایی خواست.
رهبر انقلاب ضمن تشکر از شورای نگهبان برای انجام وظیفه قانونیش در پاسخ تأکید فرمودند:
«1. صندوق‌هایی که مخدوش بودن آن از نظر شورای نگهبان به اثبات رسیده است و با معیارهای آن شورا قابل ‌تأیید نیست، باید ابطال گردد. 2. به‌نظر می‌رسد که بازشماری بقیه صندوق‌ها که طبق آن‌چه در نامه خود مرقوم داشته‌اید، جز در مدتی طولانی ناممکن و برخلاف مصلحت است، وظیفه‌ای شرعی و قانونی را متوجه آن شورا نمی‌سازد، زیرا وجود تخلف در آن‌ها محرز نیست. 3. وضعیت منتخبان تهران با توجه به کلیه صندوق‌ها به‌جز آن‌چه در بند یک آمده است، ملاحظه و نتایج آن به‌عنوان نتایج قطعی انتخابات تهران اعلام شود. 4. دستگاه قضایی و بازرسی موظفند عاملان تخلف در صندوق‌های مخدوش را شناسایی و تحت تعقیب قانونی قرار دهند.»[ روزنامه کیهان، 30/2/1379.]
این ماجرا با دستور مقام معظم رهبری خاتمه پیدا کرد و برخی از مسئولان وزارت کشور که در این مورد مقصر شناخته شدند مورد محاکمه قرار گرفتند.
در انتخابات مجلس هفتم باز هم بحرانی دیگر از سوی تعدادی از گروه‌های سیاسی برای نظام پدید آمد. در آستانه انتخابات مجلس هفتم تعدادی از نمایندگان مجلس که وابسته به جبهه دوم خرداد بودند، در اعتراض به رد صلاحیت تعدادی
از نمایندگان مجلس ششم در انتخابات هفتمین دوره مجلس شورای اسلامی،
در مجلس دست به تحصن زدند و خواستار عدم برگزاری انتخابات و یا حداقل تعویق آن شدند و همزمان 127 نماینده مجلس در نامه‌ای توهین آمیز به
رهبری با مقایسه وضعیت کشور با زمان پذیرش قطعنامه توسط امام، تعبیر
نوشیدن جام زهر را برای بهبود شرایط حاکم به کار بردند که ماهیت واقعی این افراد را آشکار ساخت.
مقام معظم رهبری ضمن تأکید بر محوریت قانون و مبنا قرار دادن اصل صلاحیت توسط شورای نگهبان[ پایگاه اطلاع رسانی دفتر مقام معظم رهبری، بیانات معظم له در دیدار استانداران سراسر کشور، 22/10/1382؛ دیدار با اعضای شورای نگهبان، 24/10/1382؛ بیانات معظم له در دیدار با اقشار مختلف مردم، 15/11/1382.] بر لزوم برگزاری انتخابات در موعد مقرر آن
تأکید نمودند. اما علی‌رغم خواست رهبری، باز هم تعدادی از گروه‌های دوم خردادی همراه با اپوزیسیون خارج‌نشین این انتخابات را تحریم کردند، ولی نتیجه این انتخابات برای آنان، روی گردانی مردم از آنان و قدم گذاشتن در مسیر حذف از فضای سیاسی ایران بود.

8. تکثر و تنوع مطبوعات

در سایه فضای به دست آمده در این دوره شاهد تکثر بیش از حد مطبوعات کشور و نوعی افسار گسیختگی آن‌ها بودیم به گونه‌ای که هیچ یک از ارزش‌های اسلامی و انقلابی از هجوم اهانت و توهین و افترا مصون نبود و در زیر لوای آزادی و به بهانه آن، فضای فکری و روحی جامعه توسط آن‌ها تخریب می‌شد که
این مسئله بارها و بارها مورد اعتراض مردم متدین و علما و مراجع دینی و
مقام معظم رهبری قرار گرفت.
ایشان در این باره فرمودند:
«به صرف این که مطبوعات رکنی از ارکان آزادی و حقوق مردم است نمی‌توان هرچه در امر مطبوعات و میدان کار مطبوعاتی می‌گذرد قبول کرد و خطرهای واضح فرهنگی را که بر ضد ذهن و دین و ایمان مردم وجود دارد و پیوسته در حال تقویت است نادیده گرفته شود.»[ روزنامه کیهان، 16/10/1377.]
همچنین خاطر نشان کردند:
«من با آزادی و تنوع مطبوعات مخالف نیستم و اگر به جای 20 روزنامه
200 روزنامه نیز در ایران منتشر شود خوشحال‌تر خواهم بود و از اینکه مطبوعات و روزنامه‌ها در این کشور زیاد باشند هیچ احساس بدی ندارم من می‌دانم که در بسیاری از مطبوعات، عناصر خوب و مؤمنی در میان قلم به دستان و اداره کنندگان آن‌ها وجود دارند اما در لابه لای همین‌ها، اثر انگشت عبد الله بن ابی‌ها را می‌بینم که کارشان، تفرقه افکنی ایجاد، اختلاف، تشنج آفرینی، تشویش افکار عمومی و یأس پراکنی است. آن‌ها عناصر وابسته به دشمن و مرید دشمن را چهره سازی می‌کنند و می‌کوشند عناصر، مومن دلسوز و مفید را از نظرها بیازدازند… من بارها به مسئولان دولتی تذکر داده‌ام و به طور جدی از آن‌ها خواسته‌ام که جلوی این وضعیت را بگیرند. این اسمش محدود کردن مطبوعات نیست. این اسمش جلوگیری از انتقال آزاد اطلاعات نیست. انتقال سالم اطلاعات مورد تأیید ماست. این معنایش جلوگیری از نفوذ دشمن است. جلوگیری از به ثمر رسیدن توطئه تبلیغاتی دشمن است. من وجود این جریان تبلیغاتی و مطبوعاتی را به حال کشور، به حال جوانان، به حال آینده، به حال انقلاب و به حال ایمان مردم مضر می‌دانم. این جریان، دائم در صدد قداست شکنی از مسائل اساسی اسلامی است.»[ همان.]

9. شکل گیری جریان‌های سکولار در پوشش اصلاحات

یکی از رخدادهای کشور، نفوذ جریان‌های سکولار در پوشش عنوان اصلاحات در کشور بود که به دنبال حاکمیت جریان اصلاحات، فضا و زمینه را برای طرح افکار خود در جامعه مناسب دیدند. این جریان با برداشتی انحرافی از اصلاحات آن را پروسه‌ای در راستای سکولاریزه نمودن کشور و اسلام زدایی می‌دانست که طی آن باید از حکومت اسلام‌زدایی کرد. دشمنان انقلاب اسلامی به خصوص آمریکا با تجربه‌ای که از انجام اصلاحات آمریکائی توسط گورباچف در شوروی سابق که منجر به فروپاشی آن شد، داشتند تلاش نمودند تا به نوعی چنین روشی را در مورد جمهوری اسلامی بازسازی نمایند.
مقام معظم رهبری در برابر چنین جریان خطرناکی که بنیان‌ها و اصول نظام را نشانه رفته بود با چند تدبیر حکیمانه آنان را خلع سلاح نموده و ابتکار عمل را از آنان گرفتند. که از جمله می‌توان به این موارد اشاره نمود:

تبیین ضرورت اصلاحات در کشور؛

ایشان اصلاحات را امری ضروری و لازم در کشور برشمردند و فرمودند:
«بنده معتقدم که اصلاحات، یک حقیقت ضروری و لازم است و باید در کشور انجام گیرد. اصلاحات در کشور ما از سر اضطرار نیست… اصلاحات جزو ذات هویت انقلابی و دینی نظام ماست. اگر اصلاح به صورت نو به نو انجام نگیرد نظام فاسد خواهد شد و به بیراهه خواهد رفت. اصلاحات یک فریضه است… اصل اصلاحات یک کار لازم است و باید انجام بگیرد وقتی اصلاحات انجام نشود برخی از نتایجی که ما امروز با آن‌ها دست بگریبانیم پیش می‌آید، توزیع ثروت ناعادلانه می‌شود، نوکیسگان بی‌رحم بر نظام اقتصادی جامعه مسلط می‌شوند، فقر گسترش پیدا می‌کند، زندگی سخت می‌شود، از منابع کشور به درستی استفاده نمی‌شود… وقتی که اصلاحات باشد، این آفت‌ها و این آسیب‌ها و ده‌ها مورد از قبیل آن‌ها پیش نمی‌آید»[ پایگاه اطلاع رسانی دفتر مقام معظم رهبری، بیانات معظم له در دیدار با مسئولان و کارگزاران نظام، 19/4/1379.].

2. مرز بندی میان اصلاحات حقیقی و اصلاحات غیرحقیقی و تبیین محورهای اصلاحات حقیقی:

ایشان در کنار تبیین ضرورت اصلاحات به ترسیم مرزهای میان اصلاحات حقیقی و اصلاحات غیرحقیقی پرداخته و فرمودند:
«اصلاحات یا اصلاحات انقلابی و اسلامی و ایمانی است که همه مسئولان کشور، همه مردم مؤمن و همه صاحب نظران با آن موافقند و یا اصلاحات، اصلاحات آمریکایی است که همه مسئولان کشور، همه مردم مؤمن و همه آحاد هوشیار ملّت با آن مخالفند».[ پایگاه اطلاع رسانی دفتر مقام معظم رهبری، نماز جمعه تهران، 26/1/1379.]
«اصلاحات یعنی این که نقاط مثبت و منفی را فهرست کنیم و نقاط منفی را به نقاط مثبت تبدیل کنیم. این همان چیزی است که انقلاب، قدم بلند آغازین آن را برداشت و موفق شد و عوامل با اخلاص انقلاب در طول این بیست و پنج سال در دستگاه‌های مختلف همه تلاش خودشان را برای این کار کرده‌اند و موفقیت‌های بزرگی هم داشته‌اند. این اصلاحات انقلابی است، اصلاحات اسلامی است. البته دشمنان این نظام و انقلاب، تغییر ساختار اصل نظام را هدف گرفته‌اند و اصلاحات از نظر آن‌ها، یعنی تغییر نظام و تبدیل نظام جمهوری اسلامی به یک نظام وابسته و سر سپرده دشمن‌های مستکبر»[ پایگاه اطلاع رسانی دفتر مقام معظم رهبری، بیانات معظم له در اجتماع مجاوران و زائران حرم رضوی(علیه السلام)، 2/1/1383.].
ایشان در تبیین محورهای اصلاحات حقیقی این گونه فرمودند:
«اگر مسئولان کشور به پشتیبانی این مردم و به کمک این افکار عمومی بسیار مستعد و علاقه مند، یک مبارزه خستگی ناپذیر را با عوامل انحطاط و عقب ماندگی شروع کنند، هم موفق خواهند شد، هم مردم را به هدف‌های خودشان خواهند رساند، هم خدا را از خود راضی خواهند کرد و اصلاحات به معنای واقعی – به همان معنایی که دشمنان آن را دوست ندارند – به آن معنایی که رسانه‌های بیگانه، از آن متنفر و بیزارند، اما دل‌های مؤمنان و مسئول به آن علاقه مند است، اتفاق خواهد افتاد. آماج این مبارزه، سه چیز است؛ فقر، فساد و تبعیض، اگر با فقر و فساد و تبعیض در کشور، مبارزه شود، اصلاحات به معنای حقیقی ـ اصلاحات انقلابی و اسلامی ـ تحقق پیدا خواهد کرد. مشکلات ما از این سه پایه شوم و از این سه عنصر مخرّب است.»[ همان، بیانات معظم له در اجتماع مردم استان اردبیل، 3/5/1379.]

3. تشریح اهداف پشت پرده دشمن از اصلاحات؛

مقام معظم رهبری با تشریح اهداف دشمنان از شعار اصلاحات و حمایت از آن به تشریح دست‌های پنهان و آشکاری پرداختند که در مرحله مشابه سازی اوضاع ایران با شوروی سابق براساس طرح آمریکا و دقیقاً با انگیزه فروپاشی نظام جمهوری اسلامی وارد عمل شدند. ایشان در این باره فرمودند:
«یک طرح همه جانبه آمریکایی برای فروپاشی نظام جمهوری اسلامی
طراحی شد و جوانب آن از همه جهت سنجیده شد، این طرح، طرح بازسازی شده‌ای است از آنچه که در فروپاشی اتحاد جماهیر شوروی اتفاق افتاد،
به نظر خودشان می‌خواهند همان طرح را در ایران پیاده کنند… اما واقعیت
با آنچه که آن‌ها طراحی کردند به قدر زمین تا آسمان متفاوت است، اشتباه بزرگی را مرتکب شدند، اینها در چند مورد اشتباه کردند؛ اشتباه اولشان این است که آقای خاتمی گورباچف نیست. اشتباه دومشان این است که اسلام، کمونیسم نیست. اشتباه سومشان این است که نظام مردمی جمهوری اسلامی، نظام دیکتاتوری پرولتاریا نیست. اشتباه چهارمشان این است که ایران یکپارچه، شوروی متشکل از سرزمین‌های به هم سنجاق شده نیست.
اشتباه پنجمشان این است که نقش بی بدیل رهبری دینی و معنوی در ایران شوخی نیست.»[ همان، بیانات معظم له در دیدار با مسئولان و کارگزاران نظام، 19/4/1379.]

4. تبیین نقاط ضعف و انحراف در جریان اصلاحات؛

مقام معظم رهبری با درایت و هوشمندی به تشریح نقاط انحراف و ضعف جریان اصلاحات پرداختند تا از بیراهه رفتن آن جلوگیری نمایند.
یکی از مهم‌ترین این نقاط ضعف را نفوذ عناصر غیرمعتقد به ارزش‌ها و اصول اسلام و انقلاب در این جریان، برشمرده، فرمودند:
«امروز متاسفانه در داخل کشور ایادی دشمن و منافقان فعالی مانند عبدالله بن ابی حضور دارند. آن‌ها کسانی هستند که خیال می‌کردند اگر انقلابی در این کشور روی دهد حکومت متعلق به آن‌هاست آن‌ها نه فقاهت نه امام نه مردم و نه احساسات دینی را قبول دارند. آن‌ها همان کسانی هستند که با حرف‌ها موضع‌گیری‌ها و تبلیغات خود و احیاناً با دخالت در برخی از اغتشاشات دشمن خارجی را امیدوار می‌کنند.»[ همان، بیانات معظم له در جمع بزرگ جوانان در تهران، 3/2/1379.]
متأسفانه گروه‌های اصلاح طلب به هشدارها و تأکیدهای مقام معظم رهبری توجه ننمودند و با نفوذ افکار غربی در جریان اصلاحات، این جریان، دچار انحراف و فاصله گرفتن از اصول و ارزش‌های اسلامی و انقلاب شده و از مسیر صحیح نظام و مطالبات حقیقی مردم خارج گردید و به همین دلیل پایگاه مردمی خویش را از دست داد و مردم دست رد به سینه آنان زدند.