در این باره باید دانست؛
منابع اسلامى ـ که شامل آیات و روایات است ـ حاوى «دانش»ها و «روش»ها و «پیش فرض»ها است. با این تفاوت که آنچه مربوط به معرفت شناسى و احکام تکلیفى شرعى مى شود، به طور حداکثر آمده است؛ زیرا معارف ملکوتى فراتر از دسترسى بشر است و اگر از طریق پیامبران و وحى القا نمى شد، راه آن بر روى بشر بسته بود. اما آنچه مربوط به علوم تجربى و آزمودنى مى شود، به طور اشاره و حداقل آمده است؛ زیرا مشیت و اراده خدا بر آن است که دانش ها و روش هایى که تجربى و حسى است و انسان با تلاش و پویایى، توانایى دست یابى به آنها را دارد، به وسیله خود انسان به دست آید.البته از آنجا که آیات، داراى مفاهیم و لایه هاى متعدد و فراوان است و روایات نیز بسیار گسترده است، با تفکر، جست و جو و یافتن ارتباط میان موضوعات مطرح شده در آیات و روایات، مى توان راهنمایى هاى فراوانى از جهت دانشى و روشى در خصوص علوم تجربى به دست آورد؛ در نتیجه به هر مقدار از دانش هاى مطرح شده در آیات و روایات، در یافته هاى علمى، بیشتر استفاده شود، رنگ اسلامى بودن آن بیشتر خواهد بود و پسوند اسلامى براى آن سزاوارتر است.«مکتب» مجموعه اى از هست ها، بایدها و نبایدهاست و اگر نظام اقتصادى، سیاسى، مدیریتى، اجتماعى و تربیتى کشور بر اساس مکتب اسلام شکل گیرد و روش ها و تجربه ها، در چارچوب اجراى دستورات مکتب قرار گیرد، اضافه کردن پسوند اسلامى به علم صحیح است. به ویژه در گرایش ها و رشته هاى علوم انسانى و اجتماعى، وظیفه ما مراجعه به متن آیات، احادیث و تطبیق آنها با شرایط حاضر است. و در علوم پایه و فنى، وظیفه ما استفاده از دانش ها و تجربیات بشرى همراه با رعایت ارزش هاى دینى در جواز و عدم جواز کاربرد آنها است. در این صورت مى توان ادعا کرد جامعه در راستاى اهداف مکتب اسلام در حرکت است.
به طور دقیق تر باید گفت، علم با پیش فرضهایش دینی و یا غیر دینی می شود. به طور خاص علم هنگامی که به دنبال حقیقت است، در حقیقت به دنبال چیزی است که مطلوب خداوند است، و هرچه مطلوب خداوند است دینی است. از نگاه آیت الله جوادی آملی برتی همین علم حقیقت گرا به خودی خود دینی است. در این مورد به این مقدمات توجه کنید:
نظر ایشان که به شکلی مکمل نظریه استاد شهید مرتضی مطهری است، به طور خلاصه این است که:
1. علم و معرفت علمی، خارج از حوزه معرفت دینی نیست و بخشی از آن محسوب می‌شود.
2. عقل و نقل (کتاب و سنت قطعی معتبر) هم‌زمان و در کنار یکدیگر پرده دار حریم معرفت دینی اند و نه تنها از یکدیگر پرده دری نمی کنند که از یکدیگر حمایت مفهومی نیز به عمل می‌آورند.
3. عقل در برابر نقل است؛ نه در برابر دین. یعنی هنگامی که می‌خواهیم منابع فهم دینی را دسته بندی کنیم، آن منابع را به دو دستة عقلی و نقلی تقسیم می‌کنیم.
4. نقل معتبر «ما أنزل الله» است و عقل برهانی نیز «ما ألهمه الله» است و هر دو، منبع معرفت دینی و هر کدام بال وصول بشر به شناخت حقایق دینی اند.
5. بنابراین فلسفۀ الاهی و عرفان ناب از کتاب و سنت (علوم نقلی) تفکیک نمی‌شوند و در کنار هم به توصیف حقیقت می‌پردازند.
6. عقل، حجت دینی است و حکم دین را می رساند.
7. محصولات عقلی (علوم طبیعی، انسانی، ریاضی و فلسفه) حکم دین را می رسانند.
8. عقل غیرتجریدی (شناخت تجربی طبیعت) حکایت از«فعل خداوند» دارد.
9. نباید تصور کرد علم اسلامی؛ یعنی فیزیک و شیمی اسلامی تافته ای جدابافته از علوم طبیعی رایج است.
10. نتیجه: علم غیردینی نداریم.