در مجموع می توان عوامل مؤثر در استعفای دولت موقت را در موارد زیر شمرد:1.بی‌اعتقادی و بی‌توجهی دولت موقت به فضای انقلابی حاکم بر جامعه: دولت موقت در یکی از پرهیجان‌ترین دوره‌های تاریخی ایران قدرت سیاسی را به دست گرفت.در آن زمان شرایطی حاکم بود که از هر حزب، گروه و یا شخصی که دولت را به دست می‌گرفت انتظار می‌رفت که انقلابی رفتار کند اما بازرگان بی‌توجه به این شرایط همچنان، چه در گفتار و چه در رفتار، بر خط‌مشی میانه‌روی تأکید می‌کرد در حالی که بستر فرهنگی – اجتماعی جامعه متأثر از استبداد حاکم در چندین دهه و حتی چند قرن متأخر تاریخ معاصر، به‌ ویژه استبداد بیست و پنج ساله منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی، سخت پذیرای حرکتهای انقلابی بود. اما دولت موقت سعی داشت ساختارهای به ارث رسیده از دوره پهلوی را همچنان حفظ کند و صرفاً افراد عوض شوند، حال آن که مردم تغییر و دگرگونی کامل ساختار‌ها و جایگزینی ساختارهای نوین و متفاوت از گذشته را می‌طلبیدند . عدم درک شرایط انقلابی و همگامی با آن از سوی دولت موقت، باعث پدید آمدن وضعیت «قدرت دوگانه» در کشور شد و در نتیجه جناحهای فکری و سیاسی، به جای این که همه توان خود را برای پیشبرد و استقرار اهداف انقلاب در یکی از حساس‌ترین زمانها صرف کنند، به رقابت سیاسی و جناحی، مشغول شدند. 2. عدم هماهنگی با ارزش‌های اسلامی: در این که اندیشه مسلط بر فضای انقلاب یک اندیشه دینی و اسلامی بود جای هیچ شک و تردیدی وجود ندارد، اما برخی از اعضای دولت موقت نتوانستند خود را با ارزشهای اسلامی به طور کامل هماهنگ کنند و حتی علیه مبانی دینی و انقلابی اظهاراتی نمودند. مثلاً حسن نزیه در نهم خرداد ماه سال ۱۳۵۸ ش درباره عدم امکان اجرایی قوانین اسلامی گفت: « این نه ممکن و نه مفید و نه خوب است که بخواهیم تمامی مسائل سیاسی، اقتصادی و حقوقی کشور را براساس موازین و مقررات اسلامی مورد حل‌وفصل قرار دهیم….» این اظهارات انتقادهای گسترده‌ای را برانگیخت. سایر اعضای دولت موقت از جمله خود بازرگان، عزت‌الله سحابی و عباس امیرانتظام نیز از تداخل دین و سیاست انتقاد کرده و آن را به عنوان راهبردی برای تشکیل حکومت محکوم نمودند. بازرگان حتی آشکارا گفت: «هدف اتخاذی دولت موقت خدمت به ایران از طریق اسلام و به دستور اسلام بود. در حالی که آقای خمینی برای انقلاب و برای رسالت خود خدمت به اسلام از طریق ایران را اختیار کرده بوده‌اند.» بازرگان از مکتبی بودن و مکتب‌گرایی انتقاد کرده و در پیش گرفتن این رویه از سوی انقلابیون در سالهای اولیه انقلاب را معادل انحصارگری دانسته است. 3. عدم همسویی با نهادهای انقلابی: مهمترین نهادهای انقلابی سپاه پاسداران اسلامی، کمیته‌های انقلاب اسلامی و دادگاههای انقلاب بودند. این نهادها خارج از قلمرو فعالیت و اختیارات دولت موقت بوده و به اقدامات انقلابی که در آن دوره بسیار ضرورت داشت مبادرت می‌کردند. در این بین، از جمله اقدامات انقلابی مورد انتقاد و مخالفت دولت موقت، دستگیریها و اعدامهای مقامات منسوب به حکومت پهلوی بود. نهادهای انقلابی در پاسخ به ضرورتهای ناشی از شرایط انقلابی در پاسخ به ضرورتهای ناشی از شرایط انقلاب اسلامی شکل گرفته بودند و به تدریج به نهادهای موازی با دولت موقت تبدیل شدند. این نهادها عموماً تحت نظر مستقیم یا غیر مستقیم رهبری انقلاب عمل می‌کردند و تابع قوانین و مقررات داخلی خودشان بودند. عمده‌ترین وجه عملکرد نهادهای انقلابی، انقلابی‌گری بود که در نقطه مقابل وجه مشخصه عملکرد دولت موقت که شامل اصلاح‌طلبی و حرکت گام‌به‌گام بود، قرار داشت و تلاشهای دولت موقت برای کنترل اعمال و تصمیمات این نهادها در عمل به جایی نرسید. ناهماهنگی نهادهای انقلابی در امور مربوط به وزارتخانه‌هاو سفارتخانه‌ها و غیره با مخالفت شدید دولت موقت مواجه شد. در پی این حالت، مسئله تعدد مراکز تصمیم‌گیری و قدرت و مشکل عدم تمرکز پیش آمد و حمایت امام خمینی (ره) از نهادهای انقلابی موجب پیشرفت روزافزون آنها و تزلزل و تضعیف هرچه بیشتر دولت موقت شد. وقتی بازرگان موفق به انحلال این نهادها نشد، در پیام تلویزیونی خود در تاریخ بیست و هشتم تیرماه سال ۱۳۵۸ ش گفت: «کمیته‌ها و دادگاه‌های انقلاب کار دولت را به بن‌بست کشانیده‌اند و چاره‌ای جز استعفا برای ما باقی نگذاشته‌اند.» همچنین در پیام دیگری خطاب بر مردم اعلام کرد که: «همه مردم بدانند که دولت موقت کاری از پیش نبرده و این سردرگمی که در سراسر مملکت وجود دارد تنها به دلیل تعدد مراکز تصمیم‌گیری است.» بازرگان هیچ وقت حاضر نشد در رفتار و گفتارش در برابر این نهادهای انقلابی تجدید‌نظر کند و همین عدم تمکین سرانجام به تضعیف خود وی منتهی شد. 4. عدم تفاهم با رهبری انقلاب: امام خمینی (ره) به عنوان رهبر انقلاب ، شخص درجه اول کشور و بالاترین مقام تصمیم‌گیرنده بود. بازرگان رهبری سیاسی حضرت امام را پذیرفته بود. اما با گذشت زمان بین آن دو اختلاف‌نظر پدید آمد. این امر از تفکرات و دیدگاه‌های آنها سرچشمه می گرفت. بازرگان اساسا یک اصلاح‌گر دینی و فردی میانه‌رو و محتاط بود و از بینش و توانایی انقلابی برخوردار نبود اما در مقابل، امام (ره) نشان داده بود که فردی قاطع و انقلابی می‌باشد. از سوی دیگر، تاییدهای امام خمینی (ره) در مورد اقدامات نیروها و نهادهای انقلابی موجب ایجاد شکاف عظیم میان دولت و آن نهادها شد. برخی از اختلافات حضرت امام (ره) با دولت موقت‌ ناشی از تفکر و دیدگاه‌ کلی دولت موقت بود که به تغییرات اساسی و ساختاری دست نزد؛ چنان که دولت موقت هیچ گاه سعی نکرد نمادهای مربوط به حکومت پهلوی را تغییر دهد و یا مچنان از سربرگهایی با آرم شاهنشاهی استفاده می‌کرد به گونه‌ای که سرانجام خود امام (ره) ناگزیر شد در ای زمینه به دولت موقت هشدار دهد. دولت موقت می‌توانست با اتکاء به مواضع و دیدگاه‌های امام خمینی، حمایت موثر ایشان را برای عبور از بحرانها به همراه داشته باشد. نفوذ کلام امام در توده‌ها و اقشار مختلف مردم انکار‌ناپذیر بود و بارها این امر برای خود بازرگان نیز ثابت شده بود. در واقع از دست دادن حمایت نسبی حضرت امام برای دولت موقت به معنای از دست دادن فرصت بسیار ارزشمندی بود که می‌توانست شرایط را به نفع دولت تغییر دهد. نهایتا امام خمینی (ره) چند ماه پس از سقوط دولت موقت گفت: «این اختلاف عقاید و سلیقه‌ها بود که ما به آن توجه نکردیم و چه بسا می‌بایست از همان ابتدا دولتی جوانتر و انقلابی‌تر که بتواند مملکت را در آن شرایط اداره نماید منصوب می‌نمودیم.» توده مردم نیز به دلیل تبعیت از فرمان حضرت امام (ره) بود که از دولت موقت حمایت می‌کردند و لذا زمانی که ایشان حمایت خود را از دولت بازرگان قطع کردند، توده‌ها نیز دست از حمایت کشیدند و در جریان استعفای دولت موقت هیچ واکنشی که دال بر حمایت و یا طرفداری از آن باشد از خود نشان ندادند. 5. عدم جایگاه مردمی دولت موقت : بازرگان یک اندیشمند مذهبی بود و از طریق دانشگاه، جنبش دانشجویی و بیان و قلم، افکار و دیدگاه‌های خود را معرفی کرده بود؛ لذا فقط در میان قشر تحصیل‌کرده و روشنفکر که به لحاظ جمعیت کم جمعیت بودند نفوذ داشت و عامه مردم با وی ارتباطی نداشتند. 6.عدم همکاری روحانیون و نیروهای مذهبی: در میان روحانیون نقش‌آفرین، بازرگان با آیت‌الله طالقانی و ایت‌الله مطهری روابط نزدیک و همفکریهایی داشت، اما قاطبه روحانیون که در دوره پس از پیروزی انقلاب اسلامی وارد صحنه شده بودند، همانهایی بودند که پیش از انقلاب فعالیت داشته و به دلیل حوادث قبل از پیروزی انقلاب، نسبت به جریانات روشنفکری خوشبین نبودند. علاوه بر این فضای درون زندانها و اختلافات میان علی شریعتی و آیت‌الله مطهری در شکل گیری این وضعیت نقش داشت. البته سوءظن روشنفکران و روحانیون نسبت به یکدیگر، سابقه‌ای قدیمی‌تر دارد که مهمترین صحنه آن در جریان نهضت مشروطه‌خواهی به نمایش در آمد. روحانیون با عبرت‌گیری از جریانات نهضت مشروطیت که روشنفکران، نیروهای مذهبی و روحانیون را کنار زدند، درس گرفته و از همان سالها و ماه‌های قبل از پیروزی انقلاب در صدد بودند که پس از پیروزی انقلاب، ابتکار عمل به دست روشنفکران نیفتد. لذا احساس می‌کردند که دولت موقت بنا به ضرورت تشکیل شده و طبیعتا همکای لازم را با دولت موقت نمی‌کردند. عدم حمایت روحانیت، عدم حمایت توده‌های مردم را نیز به دلیل نفوذ موثر آنها در پی داشت. روحانیون بیشتر از طیف نیروهای خط امام و نهادهای انقلابی حمایت می‌کردند و در دوره پس از استعفای دولت موقت هم در سطح گسترده‌ای وارد عرصه سیاسی و اجرایی شدند. 7. اختلافات با شورای انقلاب: شورای انقلاب برای پر کردن خلأ ناشی از نبود مجلس قانون‌گذاری به وجود آمده بود و در مرتبه بالاتری نسبت به دولت موقت قرار داشت . مهمترین عاملی که باعث بروز اختلاف میان این دو نهاد شد، عدم تفکیک دقیق وظایف و نیز تداخل وظایف آنها بود؛ چنان که هر کدام، دیگری را مانع اجرای موفق برنامه‌های خود می‌دانستند و این مساله باعث به وجود آمدن تعارض در عملکرد آنها می‌شد. دلیل دیگر ناشی از تعقیب استراتژی گام به گام توسط دولت موقت و تن ندادن آن به دستورها و خواستهای شورای انقلاب بود جالب آنکه دولت موقت به پیشنهاد اعضای شورای انقلاب تشکیل شده بود و حتی خود بازرگان از اعضای شورای انقلاب بود. اعضای دولت موقت معتقد بودند که شورای انقلاب باید به قانون گذاری بسنده کند و در امور اجرایی دخالت نکند و لذا میان آنها اختلاف افتاد و وقتی که این اختلافات شدت گرفت، نهایتا داوری خود را به نزد حضرت امام(ره) بردند. پس از آن، گرچه تا حدودی این اختلافات فروکش کرد،‌اما آنها هیچ وقت با هم به تفاهم نرسیدند. تا اینکه سرانجام شورای انقلاب در چهاردهم تیر ماه سال ۱۳۵۸ ش طی جلسه‌ای تصمیم گرفت به فعالیت‌های اجرایی وارد شود. در این جلسه صریحا اعلام شد که دولت موقت قابل اعتماد نیست و این اقدام از جمله عوامل تاثیرگذار در استعفای آن بود. 8. مخالفت روشنفکران و گروه‌های چپ: در این زمان، بیشتر روشنفکران از بینش افراطی و رادیکال برخوردار بودند و از دولت موقت به خاطر مشی لیبرال و ضعیف آن انتقاد می‌کردند و دولت موقت را جاده صاف کن تجدید حیات و سلطه امپریالیسم در نظر می‌گرفتند. حتی برخی از روشنفکران اصطلاح جاده صاف کن را به وابستگی دولت تعبیر می‌کردند و تبلیغات گسترده‌ای علیه دولت موقت راه می‌انداختند. خلاصه آنکه روشنفکران نیز از دولت موقت می‌خواستند که انقلابی تر عمل کند. عمده‌ترین نیروهای چپ‌گرا، سازمان چریکهای فدایی خلق ایران، سازمان مجاهدین خلق ایران ( منافقین)‌ و حزب توده و گروه‌ةای وابسته به آنها بودند. این نیروها با سیاست اصلاح طلبانه و ملایم دولت موقت مخالف بودند و همچنین از طریق تبلیغات و فعالیت‌های حزبی، به اختلافات میان نیروهای انقلابی و دولت موقت دامن می‌زدند و مشکلات عدیده‌ای را برای دولت ایجاد می‌کردند. از سوی دیگر، برخی از نیروهای چپ گرا در جریانات تجزیه‌ طلبی در مناطق مختلف قومی وارد شده بودند که این مساله نیز بر دامنه مشکلات و نابسامانیها هر چه بیشتر افزود. حزب توده نیز در راستای ماموریتی از سوی حزب کمونیست شوروی،‌ کینه‌توزانه‌ترین حملات را علیه دولت بازرگان انجام داد. البته این نیروها درصدد بودند با براندازی دولت، خودشان قدرت را در بگیرند اما به علت عدم برخورداری از پایگاه مردمی لازم در نهایت موفقیتی به دست نیاوردند. 9. عدم انسجام، ترکیب ناهمگون و اختلاف نظر در میان اعضای دولت موقت: به علت ترکیب ناهمگون دولت موقت، اختلافات میان اعضای آن پس از مدتی آغاز گردید. اختلافات بیشتر ماهیت ایدئولوژیک و سیاسی داشت و در برخی موارد به اختلاف در دیدگاه‌های اقتصادی نیز مربوط می‌شد.مثلا علی‌اکبر معین‌فر، وزیر نفت،‌با عباس امیر انتظام‌بر سر سیاستهای کلان اقتصادی اختلاف داشت و یا همین طور اعضای نهضت آزادی ایران مثل ابراهیم یزدی با اعضای جبهه ملی از جمله کریم سنجابی اختلاف ایدئولوژیک و سیاسی داشتند. سنجابی اختلاف ایدئولوژیک و سیاسی داشتند. همچنین کریم سنجابی با خود مهدی بازرگان اختلاف نظر داشتند؛ چنانکه استعفای سنجابی در اواخر فروردین ۱۳۵۸ بیانگر شدت این اختلافات بود.در مرحله بعد اعضای نهضت آزادی با حزب جاما از جمله با شریعتمداری و کاظم سامی اختلاف پیدا کردند که به استعفای این دو نفر منجر شد. بدین ترتیب باید گفت که اعضای دولت موقت در کل از جهات متعدد فاقد آن انسجام و نیز همخوانی فکری و عقیدتی لازم بودند و این امر در شکست و استعفای آن تاثیری زیادی داشت. 10. تسخیر سفارت آمریکا در تهران توسط دانشجویان مسلمان پیرو خط امام: دولت موقت یک روز پس از اشغال سفارت آمریکا در تهران استعفای خود را تقدیم امام خمینی (ره)‌نمود. این اقدام باعث تعبیرهای مختلفی در مورد استعفا شد و آن را با اشغال سفارت مرتبط دانستند. اما بازرگان و سایر اعضای دولت موقت آن را کاملا رد کرده و گفته‌اند که در ماههای قبل، چند بار استعفا مطرح شده بود اما چون در دوازدهم آبان ۱۳۵۷ استعفای همه اعضای دولت به تصویب هیات دولت رسیده بود، در این تاریخ استعفا به طور کامل اعلام شد وگرنه رابطه خاصی با جریان سفارت نداشته است. البته به اعتقاد برخی یکی از اهداف دانشجویان از تسخیر سفارت آمریکا، ضربه زدن به دولت بازرگان بود؛ زیرا دولت بازرگان بارها بر حراست از سفارت آمریکا تاکید کرده بود، ضمن آنکه دقیقا در همان زمان دولت موقت در الجزایر مشغول مذاکره با برژینسکی بود. لذا برای بسیاری این ذهنیت پیش آمد که اقدام دانشجویان در تسخیر سفارت آمریکا با هدف بی‌اعتبار کردن دولت موقت در نزد آمریکاییها صورت گرفته است. به هر حال، واقعیت هر چه بود، تسخیر سفارت استعفا را تسریع کرد، اما این مساله علت اصلی استعفا نبوده است. استعفای دولت موقت با استقبال افکار عمومی مواجه شد و این به معنی از دست دادن پایگاه مردمی و پیامد عدم همگامی با فضای در حال گسترش انقلابی بود. می‌توان گفت که دولت بازرگان،‌ دولت دوران انقلاب نبود و سرانجام در یک فرآیند،مغلوب جریان انقلابی‌گری شد و از صحنه خارج گردید. ( سجاد راعی گلوجه،بررسی علل استعفای نخستین دولت انقلاب ،مؤسسه مطالعات و پژوهشهای سیاسی : revolution.pchi.ir/show.php?page=contents&id=12275)