14 رمضان سال 68 در سن 67سالگی کشته شدند.در تاریخ آمده است مختار در حالی که سوار بر اسب بود، مردانه می جنگید اما از هر سو او را محاصره کرده بودند. دو برادر از قبیله بنی حنیفه به نام های طرفه و طریف، او را غافلگیر کردند و مورد حمله قرار دادند و ضربات سخت و کاری بر مختار وارد کردند. در اثر این ضربات او از اسب بر زمین افتاد و نیروهای دشمن هجوم آوردند و سر مختار را بریدند و برای مصعب بن زبیر فرستادند.