در رابطه با موضوعات مهدویت در قرآن، آیات فراوانی وجود دارد که به بحث مهدویت اشاره می کنند. یکی از موضوعات آن نیز بحث غیبت امام عصر(ع) است، در این رابطه دو نوع آیات داریم که به غیبت اشاره دارند. یک نوع به اصل غیبت اشاره دارند، یعنی اینکه کسی که حجت خداست و جانشین خداست می تواند غایب شود.

مهمترین اشکالی که برخی در این آیات می گیرند، این است که آیا امکان دارد مردم حجت خدا را نبینند و از حضور ظاهری او محروم شوند که برخی آیات قرآن اشاره می کند که امکان دارد حجت خدا غایب شود.

در این خصوص یکی آیه 48 سوره مریم است که جریان حضرت ابراهیم(ع) را بیان می کند؛ وقتی به حضرت ابراهیم(ع) گفتند: اگر تو این سخنانت را ترک نکنی و بدگویی بت ها را نکنی و مردم را به توحید دعوت نکنی، ما تو را سنگسار می کنیم، حضرت در پاسخ گفتند: من شما را و آنچه را که غیر از خدا می پرستید وا می گذارم و به جای دیگری می روم و از جمع شما خارج می شوم.

پس می شود که حجت خدا در جامعه باشد و در اثر اینکه مردم او را تهدید به کشتن می کنند و خطر جانی او را تهدید می کند، از آنها دوری گزیند.

آیه دوم، آیه 20 سوره قصص است که اشاره به جریان حضرت موسی دارد، کسی خدمت حضرت آمد و گفت: بزرگان شهر برای کشتن تو جلسه گرفتند و من به تو می گویم که این شهر را ترک کنی، وقتی حضرت به عنوان حجت الهی شنید که تهدید به مرگ شده، قران می فرماید: حضرت موسی شهر را در حالی که ترسناک بود ترک کرد و فرمود خدایا مرا از قوم ظالمین نجات ده.

ما در جریان حضرت ابراهیم(ع) و حضرت موسی(ع)، نص آیات قرآن را داریم که اگر حجت خدا تهدید به مرگ می شود، جامعه را ترک می کند و غایب می شود.

همچنین در رابطه غیبت امام دوازدهم دو آیه را می توان بیان کرد که در روایات ما ائمه که مفسران قرآن هستند، گفتند که اشاره به غیبت امام عصر(ع) دارد، یکی آیه 30 سوره ملک که خدا می فرماید: ای پیامبر(ص) به مردم بگو که اگر یک روز صبح بلند شوند و ببینند آب هایی که در اختیارشان بوده همه در زمین فرو رفته چه کسی آب را در اختیارشان قرار خواهد داد که در کتاب کافی از امام موسی کاظم(ع) آمده که اگر امام شما غایب شود، چه کسی امام دیگری جایگزین آن خواهد کرد که نشان می دهد که منظور از ماء معین غیبت امام عصر(ع) است.

آیه دیگر آیه 20 سوره لقمان است که خداوند می فرماید: آیا نگاه نمی کنید که خداوند هر آنچه در آسمان و زمین است، در اختیار شما قرار داده است و نعمت های ظاهری و باطنی را بر شما ارزانی کرده که امام موسی کاظم(ع) در کتاب کمال الدین می فرمایند: منظور از نعمت باطنی امام غایب است.