کنیه مخصوص امام جواد علیه السلام ابو علی است (بحار الانوار ج 50 ص 16 ح 24 ). در کتابهای تاریخی و حدیثی آن حضرت را ابوجعفر نوشته اند . به چند کتاب مراجعه کردیم و در این کتابها وجهی برای کنیه ابو جعفر ننوشته اند . (بحار الانوار ج 50 ؛ منتهی الامال ج 2 ؛ و چند کتاب دیگر ) امام جواد علیه السلام پسری به نام جعفر نداشت تا به خاطر آن ابوجعفر نامیده شود .( منتهی الامال ج 2 ص 618 ) بعید نیست که امام فرزندی به نام جعفر داشته و در کتابها نیامده است و این احتمال هم هست که برای اینکه نام امام صادق علیه السلام یاد شود آن حضرت را به نام ابوجعفر نامیده اند . در سایت موسسه قرآنی ام الکتاب آمده است :امام جوادعلیه السلام مکنی به ابوجعفر ثانی است. سبب این کنیه، آن است که امام باقرعلیه السلام که خود نیز مکنی به ابوجعفر بوده است، از جابر بن عبدالله انصاری پرسید: آنچه در صحیفه مادرم زهراعلیها السلام را دیده ای، برایم بیان کن. جابر گفت: پس از تولد امام حسین علیه السلام برای عرض تبریک، حضور مادرت زهراعلیها السلام مشرف شدم، لوحی به رنگ سفید در دست او دیدم و در آن کلماتی سفید رنگ نظر مرا جلب کرد. پرسیدم: ای دختر پیامبر! پدر و مادرم فدایت! این لوح چیست؟ حضرت فرمود: لوحی است که از جانب خداوند و به وسیله پیامبرصلی الله علیه وآله به من هدیه شده است و در آن، نام رسول خداصلی الله علیه وآله ، همسرم علی علیه السلام و فرزندانم درج شده است. من از روی آن، نسخه ای نوشتم که نام یکایک ائمه علیهم السلام بود، از جمله نام مبارک یازدهمین معصوم که کنیه او ابوجعفر محمد بن علی می باشد. و چون امام باقرعلیه السلام کنیه اش ابوجعفر بود، امام جوادعلیه السلام به ابوجعفر ثانی مشهور شد. ( ر.ک. فصول المهمة، ص ۲۶۵٫/ ، عیون اخبارالرضا علیه السلام ج ۱ ص ۴۱،ح 1)
از این بر می آید که امام جواد علیه السلام همنام امام محمد باقر است و چون امام باقر کنیه اش ابوجعفر بود امام جواد را هم ابو جعفر نامیده اند و برای این که اشتباه نشود ، امام جواد علیه السلام را ابوجعفر ثانی نامیده اند .