تنظیم و ترتیب آیات در سوره ها به دستور پیامبر(ص) صورت گرفته و در زمان حضور ایشان ختم قرآن توسط اصحاب انجام شده و ثواب سوره ها بیان گردیده که مجموعه این شواهد نشان می دهد سوره ها در زمان پیامبر(ص) شکل گرفته است. ترتیب موجود سوره هاى قرآنى ـ که از سوره حمد شروع مى شود و به سوره الناس ختم مى گردد ـ قطعاً با ترتیب نزول آنها هماهنگى ندارد؛ زیرا بسیارى از سوره هایى که در مکه و در آغاز بعثت نازل شده است، اکنون از جهت ترتیب در پایان قرآن قرار گرفته و بر عکس بسیارى از سوره هاى مدنى در اول یا وسط قرآن قرار گرفته است. تقریباً مى توان گفت ترتیب موجود سوره هاى قرآن برعکس ترتیب نزول آنها مى باشد و ابتدا سوره هاى طولانى آمدهاست و در آخر به سوره هاى کوتاه که نوعاً مکى هستند ختم مى شود، ولى مسئله این است که آیا ترتیب کنونى سوره قرآن به دستور پیامبر(ص) انجام گرفته یا با اجتهاد و رأى صحابه بعد از پیامبر(ص) بوده است؟ نظر اکثر محققان بر آن است که ترتیب موجود، امر توقیفى است؛ یعنى، از جانب خدا و به دستور پیامبر(ص) انجام شده است و مؤید آن روایتى است از ابى بن کعب که گفت: روزى رسول خدا(ص) مرا احضار کرد و فرمود: جبرئیل مرا مأمور ساخته تابر تو درود و تهنیت بگویم و قرآن را بر تو بخوانم… و سپس رسول خدا(ص) به بیان فضیلت سوره هاى قرآنى به ترتیب موجود در قرآن از سوره حمد تا الناس پرداخت. همان گونه که در مورد ترتیب نزول سوره ها گفته شد، ترتیب آیات هر سوره نیز با ترتیب نزول آیات تفاوت دارد و بین ترتیب نزول آیات هر سوره، تقدیم و تأخّر وجود دارد؛ چه بسا آیاتى که دیرتر نازل شده، ولى در اول سوره قرار گرفته است و حتى در بعضى از سوره ها، بخشى از آیات آن مکّى و بخش دیگر آن مدنى است. ولى از مجموع اسناد و روایات چنین برمى آید که ترتیب آیات در بین سوره ها و هم چنین الحاق هر آیه اى به سوره مخصوص،امرى توقیفى بوده که از جانب خدا و به دستور پیامبر(ص) انجام گرفته و تقریباً اکثریت قریب به اتفاق علماى اسلامى بر این باور هستند. جهت اطلاع بیشتر ر. ک: 1. محمدهادی معرفت؛ تلخیص التمهید (قم: مؤسسه النشر اسلامی، چاپ سوم، 1414 هـ ق) ج 1. 2. محمدهادی معرفت؛ علوم قرآنی (قم: مؤسسة انتشاراتی التمهید، چاپ اول، 1378). 3. سید محمدباقر حکیم؛ علوم قرآنی، (ترجمة محمدعلی لسانی فشارکی (تهران: انتشاراتی تبیان، چاپ اول، 1378). 4. محمدباقر سعیدی روشن؛ علوم قرآن (قم: مؤسسه پژوهشی امام خمینی، چاپ اول، 1377).
5. سید ابوالقاسم خوئی؛ بیان در علوم وسائل کلی قرآن، ترجمة محمد صادق نجفی و هاشم زاده هریسی (خوئی: دانشاگاه آزاد، چاپ پنجم، 1375).
6. حبیب الله طاهری؛ درس هایی از علوم قرآنی (انتشارات اسوه، چاپ اول، 1377).