ابن حجر هَیْثَمی درباره امام باقر علیه السلام می نویسد:«ابو جعفر محمّدٌ الباقر سُمِّی بذالک مِنْ بَقَرَ الاَْرضَ ای شَقَّها وَ آثارَ مُخْبَئاتِها وَ مَکامِنها فلذالک هُوَ اَظْهَرَ مِنْ مُخْبَئاتِ کُنُوزِ المعارِف و حقائق الاحکام ما لایخفی الاّ علی مُنْطَمِسِ الْبَصیرة اَو فاسِدِ الطّویّة وَ مِنْ ثمّ قیل فیه هو باقِرُ العلم وَ جامعه و شاهِرُ علمِه وَ رافِعُهُ؛لقب باقر برای ابو جعفر محمّد باقر برگرفته از شکافتن زمین و بیرون آوردن گنج های پنهان آن است، بدین جهت که او از گنج های پنهان معارف و حقایق احکام آن قدر آشکار ساخت که جز بر افراد بی بصیرت و دل های ناپاک پوشیده نیست و از این جاست که وی را شکافنده و جامع دانش و نشر دهنده و بر افرازنده ی علم خویش نامیده اند.وی سپس به شخصیّت امام در بعد عرفان اشاره می کند و می گوید:«و لَهُ من الرّسوخ فی مقامات العارفین ما یکلُّ عنه اَلْسِنَةُ الواصفین و له کلماتٌ کثیرةٌ فی السلوک و المعارف لا تَحتَمِلُها هذه الْعِجالة؛ و برای او از استواری و ثبات در مراحل سلوک عرفانی منزلتی است که وصف کنندگان از بیان آن عاجزند و در زمینه ی این سلوک و معارف دارای کلمات فراوانی است که فرصت، مجال طرح آن را نمی دهد.»[الصّواعق المحرقة، ص 201] عبدالله عطاء مکّی از دانشمندان عصر امام می گوید: «هیچ گاه دانشمندان را از نظر علمی بدان سان که نزد امام محمد باقر علیه السلام بودند کوچک و حقیر نیافتم. دیدم حکم ابن عُتَیبَه را با همه ی زیادی علم و منزلتی که در نزد مردم داشت، در مقابل آن حضرت همانند کودکی بود که در مقابل معلّم خویش نشسته باشد.»[ حلیة الاولیاء، ج 3، ص 186؛ ارشاد مفید، ص 280، به نقل از بحارالانوار، ج 46، ص 286 و تذکرة الخواصّ، ص 337 و البدایة والنّهایة «ابن کثیر»، ج 9، ص 311، به نقل از سیره ی پیشوایان، ص 308]
«جاحظ» دیگر دانشمند برجسته ی اهل سنّت آفاق زیبا و بلندای کلام حکیمانه ی امام باقر علیه السلام را این گونه ترسیم می کند: «قد جَمَع محمّد ابن علی ابن الحسین علیهم السلام صلاح حال الدّنیا بِحذافیرها فی کلمتین فقال: ,صلاح جمیع المعایش وَ التّعاشر مِلاُْ مکیال: ثلثان فِطْنَة و ثُلُثُه تغافلٌ،؛ محمّد ابن علیّ ابن الحسین مصلحت تمامی زندگی دنیا را در دو کلمه جمع نموده و فرموده است: ,صلاح همه ی زندگی ها و روابط و معاشرت «با دیگران» در پر نمودن پیمانه ای است که دو سوّم آن هوش و فراست و زیرکی و یک سوّم آن تغافل (و خود را به غفلت زدن در بعضی از امور) است.»،[بحارالانوار، ج 46، ص 357
]قتاده فقیه بصره به امام باقر علیه السلام گفت: «بخدا سوگند من در نزد فقیهان و ابن عبّاس نشسته ام امّا اضطراربی که در نزد شما دارم، در نزد هیچ یک از آنان نداشته ام.
فقال له ابو جعفر علیه السلام اَتَدْری این اَنت، انت بین یدی بیوتٍ اذن اللّه ان ترفع و یذکر فیها اسمه…؛
فرمود: آیا می دانی که در کدامین مکان قرار گرفته ای؟ تو اکنون در مقابل خانه هایی هستی که خداوند به رفعت و بلند مرتبه ای آن رخصت داده است و نام خدا در آن برده می شود و صبح و شام خدای را در آن خانه ها تسبیح می کنند و آنان مردانی هستند که تجارت و خرید و فروش آنان را از یاد خدا و اقامه ی نماز و پرداخت زکات باز نمی دارد.
تو در این گونه مکانی و ما دارای این خانه ها.»[بحارالانوار، ج 46، ص 357
]
نظیر همین سؤال را عکرمة دیگر دانشمند اهل سنّت از امام علیه السلام نمود و پاسخی نظیر پاسخ قتاده دریافت داشت.[همان، ص 258.
]
فخر رازی از علمای اهل سنّت در تفسیر خود در بیان نظرهای مختلف راجع به معنای کوثر می نویسد:
«سومین نظر در معنای کوثر این است که منظور از آن، فرزندان پیامبر اسلام صلی الله علیه و آله است و این به آن جهت است که این سوره در ردّ کسانی نازل شده است که از آن حضرت به خاطر نداشتن فرزند عیبجویی می کردند که در این صورت معنای آن این است که خداوند تو را فرزندان و نسلی عطا می کند که در طول تاریخ برقرار خواهند ماند. سپس می گوید: ,ببین که چقدر انسان ها از اهل بیت پیامبر صلی الله علیه و آله به شهادت رسیده اند اما جهان همچنان شاهد رونق فزاینده ی آنان است. آن گاه بنگر که چه تعداد از بزرگان اندیشمند مانند امام باقر، امام صادق، امام کاظم، امام رضا علیهم السلام و محمّد نفس زکیّه در میان آن ها جلوه گر شده است.»،[تفسیر فخر رازی، ج 32، ص 124.
]محمد بن طلحه شافعی درباره امام (ع) می گوید: محمد بن علی، ابو جعفر، باقرالعلوم، شکافنده دانش و جامع و ناشر علم بود. قلبش پاکیزه، علمش بالنده، نفسش طاهر و اخلاقش شریف بود. عمرش را در اطاعت خداوند سپری کرد و به عالی ترین درجات تقوا راه یافت.(سیرة الائمة اثنی عشر، ج 2، ص 191.
)
ذهبی می گوید: محمد بن علی از کسانی بود که بین علم و عمل، آقایی و شرف و نیز بین وثاقت و وزانت، جمع کرد و صلاحیت برای خلافت داشت.(سیرة الاعلام النبأ، ج 4، ص 402.
)