علما در برخورد با سخنان و دیدگاههای کسروی ابتدا به پاسخگویی و رد علمی آن برآمدند که به عنوان نمونه می توان به کتاب شیعه کیست، تشیع چیست و نبرد با بی‌دینی حاج محمد رضا سراج انصاری تبریزی و تلاش مرحوم آیت الله سید نور الدین شیرازی در این زمینه اشاره کرد . علاوه بیانیه های فراوانی به صورت مستند و با ارجاع به کتابهای وی ونقل مطالب توهین آمیز آن به اسلام و تشیع ، نوشته شد وبا امضای دهها بلکه صدها نفر انتشار یافت . اینها بخشی از حرکت منسجمی بود  که عالمان دینی بر ضد کسروی سامان می دادند . بنابر این این گونه نبود که علما در برخورد با سخنان و دیدگاههای کسروی به جای برخورد علمی دست به کشتن وی بزنند ، بلکه ابتدا از مسیر بحث و انتقاد علمی وارد شدند ، اما پس از آنکه وی حاضر به دست برداشتن از عقاید نادرست خود نشد و ارتداد وی ثابت شد وی را به سزای خود رساندند .حتی نواب صفوی نیز در ابتدا به مناظره با وی پرداخت و پس از آنکه برای وی مسلّم شد که او هدفی انحرافی دارد و حاضر نیست از آن بازگردد و دولت وقت نیز از او حمایت نموده و افکار انحرافی وی را که در راستای تضعیف اسلام و روحانیت بود ، ترویج می داد و پس از کسب اجازه از علما و مراجع وقت دست به ترور وی زد که موفق به قتل او نشد و دستگیر شد و به دنبال آن سید حسین امامى از اعضای جمعیت فدائیان اسلام وی را به سزای عملش رساند .درباره این که فدائیان با اجازه برخی مراجع وقت دست به این اقدام زدند، تردیدی وجود ندارد. در این زمینه گفته می شود که از مراجع و علمایی مانند آیات عظام حاج سید ابوالحسن اصفهانی، حاج آقا حسین قمی، شیخ محمد تهرانی، حاج شیخ ابوالقاسم کاشانی، علامه امینیوحتی سید محمد بهبهانی اجازه داشتند. کسروی زمانی ترور شد که از هر سو تحت فشارهای گسترده بود و تمامی محافل دینی و حتی بخشی از مجلس و دولت علیه اقدامات او با یکدیگر متحد شده بودند.( جعفریان، رسول: جریان ها و سازمان های  مذهبى – سیاسى ایران، تهران: مرکز اسناد انقلاب اسلامی، 1383، ص 171-174)
مذهب تشیع از چنان استحکام منطقی و اتقان علمی برخوردار است که هر اندیشه و دیدگاهی را به بحث علمی فرا می خواند ، اما با کسانی که بخواهند از آزادی بیان سوء استفاده نموده و عامدانه به تخریب باورهای دینی مردم اقدام نمایند ، برخورد می نماید و اجازه نخواهد داد که باورها و اعتقادات جامعه اسلامی بازیچه این گونه افراد گردد .