این نظریه هم اکنون نیز علاقه‌مندان و معتقدان زیادی دارد. این عده تلاش می‌کنند که هم دین و هم علم در جایگاه خود محترم و محفوظ بمانند. این نظریه آمیزه‌ای از خطا و صواب است که به برخی از جنبه‌های آن اشاره می‌شود:

عمده اصول این نظریه به شرح زیر است:

علم و دین در حوزه‌های به‌طور کامل تعریف شده پژوهش خود معتبرند.

میان علم و دین، هیچ تعارض واقعی نمی‌تواند وجود داشته باشد؛ زیرا هر کدام به پرسش‌های به‌طور کامل متفاوتی پاسخ می‌دهند.

ما نباید دین را با معیار علم بسنجیم و برعکس. زیرا سؤالاتی که هر یک می‌پرسند چنان متفاوت است و محتوای جواب‌ها آن قدر متمایز است که مقایسه آنها با یکدیگر بی معنا است. اگر دین و علم هر دو سعی می‌کردند یک کار را انجام دهند، ممکن بود ناسازگار باشند؛ اما آنها وظایف به‌طور کامل نامشابه دارند و اگر آنها را به درستی در حوزه قضاوت‌های جداگانه نگاه داریم و از وارد شدن یکی به حوزه دیگری جلوگیری کنیم، هیچ «معضل» واقعی در رابطه علم و دین وجود نخواهد داشت. پس باید از تلفیق علم و باور [دینی] به‌صورت یک موضوع مبهم کدر غیر قابل تشخیص اجتناب کنیم.[ علم و دین از تعارض تا گفت وگو، صص 37-36.]

بنابراین طرفداران این نظریه، این اصول را در قالب دستور العملی اجرایی و به‌صورت یک منشور واقع بینانه بازسازی می‌کنند. مواد این منشور عبارتند از:

1. دین و علم حق ندارند در امور یکدیگر دخالت کنند؛

2. برای جلوگیری از تنازع احتمالی، باید علم را از دین به دقت متمایز کنیم؛

3. علم و دین راه‌های به‌طور کامل مستقلی برای شناخت واقعیت هستند، آن چنان که معنا ندارد آنها را در تضاد با یکدیگر قرار دهیم.[ همان، ص37 و نیز: علم و دین، صص16-10.]

در این نظریه، تلفیق علم و دین از کوشش انسان برای وحدتِ شناخت ما از جهان نشأت می‌گیرد اما به لحاظ تاریخی بالاخره در جایی از هم جدا می‌شوند و به تعارض می‌رسند.

هواداران نظریه تمایز بر این‌اند که این نظریه، هموار کردن راهی برای ورود به فضای آزاد و روشن «گفت وگو»ی (conversation) صحیح است. چرا که دو چیز تنها در صورتی می‌توانند با هم تعارض داشته باشند که بازی واحدی را انجام دهند. بنابراین، با این نگاه، رویداد زشتی که میان گالیله و کلیسا پیش آمد، قابل پرهیز بود و به‌طور عام‌تر، شاید امن‌ترین رویکرد در این حوزه، رویکرد تمایز باشد.

از دیدگاهی دیگر در فلسفه علم، علم و دین در حقیقت وارد بازی‌ای متفاوت می‌شوند. در این بازی، دین عهده‌دار بیان معنای غایی‌ای است که فراتر از جهان شناخته شده تجربی وجود دارد و توضیح دهنده چرایی وجود هستی است. ازاین‌رو دین با معنا و رازی ناگشودنی سر و کار دارد که به زمینه غایی طبیعت مربوط می‌شود و به دنبال پاسخ به این پرسش است که چرا ما به‌طور اساسی به دنبال یافتن حقیقتیم؟

از دیگر سو علم نیز عهده‌دار بررسی تجربی جهان طبیعی و چگونگی رخداد حوادث است، با علل و مسایل حل شدنی سروکار دارد و در پی پاسخ به نحوه کار طبیعت و به ویژه تحلیل حقایق خاص است.

همین رویداد و بازی متفاوت علم و دین در الاهیات مسیحی نیز روی می‌دهد. در این الاهیات وظیفه و هدف دین، کشف حقیقت غایی و مواجهه با خداوند و روش و موضوع آن، راه تجلی خداوند در مسیح با معرفتی بسیار شخصی و ذهنی است. و از آن سو، وظیفه و هدف علم پیش بینی و کنترل و روش و موضوع آن استفاده از عقل بشری برای کشف جهان طبیعت با معرفتی عینی و غیرشخصی است.

اشکالی که در نظریه تمایز در الاهیات اسلامی – شیعی مورد توجه قرار می‌گیرد این است که بخشی از زبان دین در بیان حقایق طبیعی نادیده گرفته شده است. در متون دینی در این الاهیات به‌طور مکرر به حقایق طبیعی اشاره شده است و آن را نه به عنوان طبیعتی کور، که خلقت خداوند توصیف می‌شوند و از آدمیان خواسته می‌شود که از این منظر به هستی نگاه کنند.

در الاهیات اسلامی – شیعی، به تعامل اجتماعی نیز در کنار حقایق طبیعی به عنوان اصلی بنیادی توجه می‌شود و تبیین حضور تعیین کننده‌ای که دین می‌تواند و باید در عرصه مدیریت اجتماعی داشته باشد، بخش بزرگی از این الاهیات را در قالب ولایت سیاسی و عدالت اجتماعی تشکیل می‌دهد.

چالش تمایزگران با علم‌مداری

در نهایت لازم است به این نکته اساسی توجه گردد که تمایزگران، زمینه‌های مساعدی برای به چالش کشیدن علم مداران (scientists) فراهم می‌آورند.[ یادآوری این نکته ضروری است که علم مداری (scientism) این اعتقاد است که علم تجربی تنها راهنمای قابل اعتماد برای رسیدن به حقیقت بلکه کل حقیقت است.]

تمایزگران توضیح می‌دهند که راه ممکنی وجود ندارد تا بتوان آزمایشی علمی تعبیه کرد که نشان دهد علم تنها راهنمای قابل اعتماد برای رسیدن به حقیقت است؛ زیرا چنین آزمایشی پیشتر اعتقاد و ایمان به مؤثر بودن علم در رهنمون ما به نتایج صحیح را مفروض می‌گیرد. در حقیقت علم‌مداری نیز تلفیق علم و ایمان است و بدین سان، تبدیل به یک ایدئولوژی شده است.

اما این پرسش مطرح است که آیا علم‌مداری می‌تواند آزمون ابطال‌پذیری را سپری کند؟ یعنی بتواند توضیح دهد که علم‌مداری در چه شرایطی ابطال شدنی است؟

در غیر این صورت اگر فرض کردیم که علم‌مداری در همه شرایط درست است، همچون الاهیات مسیحی عمل کرده‌ایم و به‌سویی رفته‌ایم که زمینه‌های تعارض علم و دین وجود دارد.

رویکرد تمایز به ما یادآوری می‌کند که این علم نیست که دشمن دین است، بلکه علم‌مداری است که این گونه است. ازاین‌رو، این رویکرد، تلفیق روش علمی با هرگونه نظام اعتقادی را، چه دینی باشد و چه سکولار، ممنوع می‌کند.