جامعه اسلامی دانشجویان در سال 1368 به منظور ایجاد پایگاهی برای فعالیت فرهنگی و سیاسی نیروهای حزب اللهی و ارزشی در دانشگاه ها تأسیس شد. اعضای هیأت مؤسس این تشکل دانشجویی شامل محمد نصر اصفهانی، مهدی فضائلی، امیرحسین درخشان، محمد مرادیان و سهلانی بودند که در انتخابات میان دوره‌ای دوره سوم مجلس اعلام موجودیت کردند. پس از گسترش فعالیت‌های جامعه در سطح دانشگاه‌های کشور، اولین کنگره این تشکل دانشجویی با پیام مقام معظم رهبری و سخنرانی رؤسای مقننه و قضائیه در تالار علامه امینی دانشگاه تهران و در سال 1375 برگزار شد.
تأسیس جامعه اسلامی دانشجویان برای نیل به اهدافی بود که آن چنان که در اصل دوم اساسنامه این اتحادیه تعریف شده «تعمیق فرهنگ و معارف اسلامی، رشد بینش سیاسی و انقلابی، تقویت روحیه‌ مسئولیت پذیری و گسترش مشارکت مدنی دانشجویان در راستای پرورش نیروهای توانمند در جهت تحقق آرمان‌های اسلام ناب محمدی(صلی الله علیه وآله) براساس دیدگاه‌های حضرت امام خمینی و ولی فقیه زمان، بهره گیری بهینه از توانمندی اعضای اتحادیه در راستای آئین و میثاق مشترک و منافع ملی و برقراری ارتباط سازنده با تشکل‌های دانشگاهی در سطوح ملی، منطقه‌ای و بین المللی، در چارچوب منافع نظام اسلامی» از جمله این اهداف می‌باشد.
در دیداری که مقام معظم رهبری در سال 1384 با اعضای این اتحادیه داشتند، فرمودند: «من تشکل شما را هم که دوست دارم به خاطر همین است، این جهت گیری درست که با رفت و آمد انسان‌ها و سلایق مختلف عوض نمی‌شود، این را مغتنم بشمارید… رعایت تعادل و عقلانیت در مواضع و عدالت و انصاف در انتقاد، از شاخصه‌های فعالیت سیاسی این اتحادیه دانشجویی بوده و مشی خود را در طول سالیان فعالیت خود، براساس پرهیز از افراط و تفریط قرار داده است».
جامعه اسلامی دانشجویان بنا بر رسالت خود سعی در کادرسازی و پرورش نیروهای نخبه برای نظام و انقلاب داشته و در این راستا، فعالیت آموزشی خود را بر تقویت قوه تحلیلی و فکری و توانایی‌های سیاسی و مدیریتی نیروها متمرکز کرده است.