علت این امر را می توان دلایل ذیل دانست:
۱- پیامبر مأمور به حکم به ظاهر بودند و از طرف خداوند اجازه نداشتند که افراد منافق را بازخواست و یا بطور علنی رسوا نمایند. چنانکه در قسمتی از خطبۀ غدیر پس از اشاره به آیه: «آمِنُوا بِالله وَ رَسُولِهِ وَالنَّورِ الَّذی أُنْزِلَ مَعَهُ مِنْ قَبْلِ أَنْ نَطْمِسَ وُجُوهاً فَنَرُدَّها عَلی أَدْبارِها أَوْ نَلْعَنَهُمْ کَما لَعَنَّا أَصْحابَ السَّبْتِ»(سوره نساء، آیه 47) می فرمایند: «به خدا سوگند که مقصود خداوند از این آیه گروهی از صحابه اند که آنان را با نام و نسب می شناسم لیکن به پرده پوشی کارشان مأمورم.» (الیقین، سید بن طاووس، ص 354، نشر موسسه دارالکتاب، چاپ اول، 1413 ق)که البته این فرمان می تواند جنبۀ امتحان و آزمایش برای این افراد و برای امت رسول خدا (ص) داشته باشد. همچنانکه سایر امت های پیش از این را نیز (از فرزندان حضرت آدم گرفته تا امت های پیامبران اولوالعزم) به شیوه های گوناگون مورد آزمایش قرار داده بود.
۲- علاوه بر نکته فوق به این نکته نیز باید توجه جدی داشت که: مسلماً تصریح پیامبر بطور علنی به نام این افراد آتش کینه و جنگهای داخلی را شعله ور می کرد و این با توجه به کثرت منافقان به مصلحت اسلام نو پا نبود. مهمترین کار پیامبر زدودن شرک و بت پرستی آشکار از جامعه و برقراری کلمه توحید بوده است نه مبارزه آشکارا با پدیده نفاق. مبارزه علنی با نفاق، مأموریت خطیری است که بر عهده آخرین وصیّ پیامبر نهاده شده است.
۳- در قبول سخنان پیامبر توسط مردم نیز جای بحث است. چراکه وقتی واقعه غدیر با آن عظمت را که سخنی ایجابی بود، انکار کردند، و ولایت حضرت علی(علیه السلام) را نپذیرفتند، چطور می توان انتظار داشت که این نفی (معرفی سران نفاق و به طور خاص خلفا) را که سخنی سلبی است، بپذیرند. هر چند که پیامبر با نشانه ها و اشاره ها و کنایه های فراوان، منافق بودن آنان را برای اصحاب روشن نموده اند.
4- شبیه به این مسئله نیز در موارد متعددی اتفاق افتاده بود که افرادی به ظاهر ادعای اسلام می کردند اما در خفا و از پشت سر به اسلام ضربه می زدند به عنوان مثال می توان از عبدالله بن ابی نام برد که تمامی یاران پیامبر از او به عنوان منافق شهر مدینه یاد می کردند. نفاق وی تا بدانجا آشکار شده بود که پسرش از پیامبر خواست تا او را بکشد اما پیامبر اجازه نداد.(سیره ابن هشام، ترجمه، ج 2، ص 198) پاسخ پیامبر به فرزند عبدالله بن ابی را میتوان عینا در این زمینه نیز به کار برد. گویا این پاسخ پیامبر برای مردم این روزگار و در جواب به منافق بودن خلفا نیز هست.
اما در مورد ماجرای حضرت خضر و قیاس آن با پیامبر اکرم علاوه بر مطالبی که در بالا عرض شد توجه به چند نکته دیگر نیز مسئله را روشن خواهد کرد. اما پیش از آن لازم است که بدانید شخصی را که حضرت خضر کشت بچه نبوده بلکه به سن بلوغ رسیده بوده است چنانکه فخر رازی در تفسیرش به این مطلب اشاره می کند .( التفسیر الکبیر أو مفاتیح الغیب ، ج 21، ص132)
به هر حال دراینباره باید گفت:
اولا: ماموریت خضر ، تکوینی بود ، و وظیفه پیامبر تشریعی:
یعنی ممکن است که خضر نبى علیه السلام ، به عنوان مامور الهى ، و مانند فرشتگان که مامور به قبض ارواح هستند ، چنین کارى کرده باشد؛ اما پیامبر علیه السلام مأمور به ظاهر و تشریع بوده است و نمى‌توانسته قبل از جنایت آنان را مجازات کند.
ثانیا عمل خضر، اجرای حد ارتداد بود ، اما خلفا ، تا آن زمان مهدور الدم نشده بود !
ثالثا حکم شریعت پیامبر، با شریعت حضرت خضر علیهما السلام متفاوت بوده است . چنانکه ابن عربی از علمای بزرگ اهل سنت می نویسد: خضرعلیه السلام‌ تابع شریعت غیر از شریعت موسى بوده است ؛ کار خضر به مقتضاى شریعتى که تابع بوده است. از مقررات این شریعت این است که انسان مطابق علم خودش حکم نماید خضر علیه السلام‌ نیز مطابق علمش که جوان کافر است حکم نموده است نه این که خودش صاحب شریعت بوده است.( الفتوحات المکیة فی معرفة الاسرار الملکیة ، ج 2، ص79 )