حضرت امام دارای هشت فرزند بودند سه پسر و پنج دختر. سه فرزند ایشان به نام های لطیفه، سعیده و سیدعلی در دوران کودکی از دنیا رفتند.پسران ایشان سید مصطفی و سید احمد و دختران ایشان زهرا ، صدیقه و فریده « سید مصطفی خمینی» شهید مصطفی خمینی در 21 آذر 1309ش به عنوان اولین فرزند امام خمینی(ره) در شهرستان قم متولد شد. به مناسبت نام پدربزرگ پدریشان «شهید سیدمصطفی موسوی»و به درخواست و تقاضای مادر گرامیشان خانم خدیجه ثقفی او را نیز مصطفی نامیدند. پس از دوران کودکی راهی دبستان شدند و تا پنجم ابتدایی در مدرسه «باقریه» و «سنایی» به تحصیل پرداخت. در 14سالگی به تحصیل مقدمات علوم و معارف دینی پرداخت و به خاطر هوش سرشاری که داشتند از هم ردیفان خود به سرعت فاصله گرفت؛ به گونه ای که طی مدت دو سال و چند ماه کتاب های سیوطی، حاشیه ملاعبدالله، معالم‌الاصول، شمسیه، مطول و بخشی از لمعه را به پایان رساند. در هفده‌سالگی و پس از پایان دوره مقدمات حوزه معمم شدند. ایشان در 21 سالگی در درس خارج آیات عظام سیدحسین طباطبایی بروجردی و سیدمحمد حجت کوه کمری حضور یافت و نزدیک به سیزده سال فقه و اصول را نزد والد گرامی اش فراگرفت. در این میان از محضر درس آیت الله سیدمحمد داماد نیز بهره می گرفت. تلاش و کوشش در کنار هوش سرشار سرانجام در 27 سالگی ثمر داد و ایشان را به درجه اجتهاد رساند. شهیدمصطفی که قبل از نهضت امام(ره) با جریان های سیاسی همکاری‌هایی را داشت، زمان شروع نهضت با قرار گرفتن در متن آن فعالیت‌هایش را به صورت گسترده و کاملا محسوس دنبال کرد تا آنجا که موضوع گزارش های بسیاری از سازمان ساواک قرارگرفت. با دستگیری امام خمینی(ره) در نیمه شب 15 خرداد 1342 و متعاقب آن قیام 15 خرداد، نقش ایشان در نهضت پررنگ بود. چرا که از یکسو ایشان باید برای آزادی امام تلاش می کردند و از سوی دیگر شبکه نهضت را فعال نگه می داشتند و افزون بر آنها مدیریت بیت امام را به عهده می گرفتند. با ایراد سخنرانی تاریخی امام خمینی(ره) علیه کاپیتولاسیون و تبعید ایشان به ترکیه، فعالیت های سیدمصطفی وارد فاز جدیدی شد. ایشان در ساعات اولیه روز بعد دستگیری امام، جهت هم فکری و مشورت راهی خانه علما شد. این امر باعث شد ساواک ایشان را به اتهام ایجاد تحریک و شورش دستگیر و روانه تهران کند تا اینکه مدت 57 روز را در آنجا محبوس بماند. سرانجام ساواک به منظور دورشدن سیدمصطفی از کانون نهضت (قم) تصمیم گرفتند ایشان را به شرط تبعید به ترکیه (نزد پدرشان) آزاد کنند. این گونه بود که ایشان در 18/10/1343 آزاد و به قم آمدند تا آماده سفر شوند. اما وی پس از ورود به قم و مشورت با برخی از آیات عظام از این سفر منصرف شد. با اطلاع مامورین ساواک از این تصمیم، ایشان را دوباره دستگیر و بلافاصله به تهران منتقل کردند و فردای آن روز ایشان را با هواپیمای استانبول به ترکیه فرستادند. نیروهای مبارز داخل ایران طی تماسها، نامه ها و تلگراف های متعدد به مقامات ترکیه ای نگرانی شان را نسبت به تبعید امام و فرزندشان به آن کشور ابراز می داشتند و بدین وسیله عرصه را بر دولت ترکیه تنگ کردند. به همین جهت دولت ترکیه رژیم شاه را تحت فشار قرار داد تا امام و سیدمصطفی را به جای دیگری منتقل کنند. سرانجام در 13 مهر 1344 امام و فرزندشان از ترکیه به عراق فرستاده شوند. امام با ورود به خاک عراق (بغداد) ابتدا به کربلا و زیارت سیدالشهدا رفتند و سپس رهسپار نجف اشرف شدند. امام با ورود به نجف فعالیت های سیاسی خود را که در زمان تبعیدشان در ترکیه (به خاطر فضای حاکم بر کشور ترکیه) فرصت چندانی برای عملیاتی کردن آنها نداشت، از سر گرفت. در اینجا سیدمصطفی یکی از با اهمیت ترین و سخت ترین نقش هایشان را در ایجاد برقراری رابطه با مبارزان علیه حکومت پهلوی در سطوح مختلف بر عهده گرفت. اقدام برای نشر افکار انقلابی و اندیشه های امام از طریق توزیع رساله عملیه، اعلامیه ها، پیام ها، نامه ها و نشر سخنان امام در این نامه ها و… همه از مواردی بود که تحت نظر سیدمصطفی انجام می گرفت. رژیم ایران پس از مشاهده نقش سیدمصطفی در پیشبرد نهضت، برای ضربه زدن به نهضت اسلامی، ایجاد فشار روانی بر امام، جلوگیری از پیدایش خطرهای بعدی از سوی خمینی دیگری آن هم جوان و پرتوان و همچنین جلوگیری از سیاسی شدن حوزه علمیه نجف و در نهایت ایجاد رعب و وحشت در میان مبارزان و مخالفان، سحرگاه 1/8/1356 در عملیاتی کاملا مرموزانه سیدمصطفی خمینی را مسموم و به شهادت رساندند و متعاقب آن علت فوت ایشان را سکته قلبی اعلام کردند. درحالی که تمامی اقوام و بستگان نزدیک و دوستان حاج آقا مصطفی همگی معتقد بودند که عمال حکومت پهلوی در این قضیه دست داشته است. به عنوان نمونه مرحوم حاج سیداحمدخمینی دراین باره می گوید: «آنچه من می توانم بگویم و شکی در آن ندارم، اینکه ایشان را شهید کردند، زیرا علامتی که در زیر پوست بدن ایشان، بدن ایشان، روی دست و پا و صورت ایشان و همچنین لکه های بسیار بزرگ حکایت از مسمومیت شدید می کرد. من شک ندارم ایشان را مسموم کردند. اما چگونه این کارصورت گرفت نمی دانم.» شهادت ایشان واکنشهایی را در ایران و عراق به دنبال داشت. کلاسهای درس در حوزه علمیه نجف به صورتی بی سابقه تا ده روز تعطیل شد و حتی بنا بر این شد که تعطیلی تا اربعین ادامه پیدا کند که امام مخالفت کردند و خود ایشان در روز دهم به منظور واداشتن دیگران به شروع کلاسها، در کلاس درس و نماز جماعت حاضر شدند. در شهر قم بازار تعطیل شد و اقشار مختلف مردم به عزاداری پرداختند. در تهران نیز همچون شهر قم بازار تعطیل و مجالس ختم و بزرگداشتی برگزار گردید. بقیه شهرهای ایران نیز با مقصر دانستن ساواک در این حادثه، عزادار شهادت فرزند امام شدند و با تشکیل دادن کانونها و انجمن‌هایی از نویسندگان، طلاب، معلمان و همچنین برگزاری مراسم های اربعین، شعله های نهضت امام را شعله ورتر کردند. (pajoohe.com/fa/index.php?Page=definition&UID=46588) حاصل ازدواج سید مصطفی خمینی در سال 1335 با خانم معصومه حائری (دختر آیت الله حاج شیخ مرتضی حائری یزدی) چهار فرزند بود که از میان آنها تنها «حسین» و «مریم» باقی ماندند. اولین فرزند دختری به نام محبوبه بود که به جهت ابتلا به مننژیت درگذشت. مریم خمینی دومین دختر حاج مصطفی خمینی است. تحصیلات دکترا دارد و مدتی در دبی و اکنون در سوئیس به شغل پزشکی مشغول است. تنها پسر سید مصطفی خمینی، حسین نام دارد. او از ابتدای انقلاب به فعالیت‌های سیاسی پرداخت، فعالیت‌هایی که با خط انقلابیون پیرو خط امام زاویه داشت و اینگونه شد که امام خمینی به او نامه نوشت و به او گوشزد کرد که جوانى براى همه خطرهایى دارد که پس از گذشت ایام انسان متوجه مى ‌شود. امام خمینی(ره) همچنین در این نامه نوشت: «من میل دارم کسانى که به من مربوط هستند در این کوران‌هاى سیاسى وارد نشوند. من امید دارم که شما مجاهدت در تحصیل علوم اسلامى، با تعهد به اخلاق اسلامى و مهار کردن نفس امارة بالسوء، براى آتیه مورد استفاده واقع شوى. من علاوه بر نصیحت پدرى پیر به شما امر شرعى مى‌ کنم که در این بازی‌هاى سیاسى وارد نشوى و واجب شرعى است که از این برخوردها احتراز کنى. من به شما امر مى کنم که به حوزه علمیه قم برگرد و با کوشش به تحصیل علوم اسلامى- انسانى بپرداز. از خداوند تعالى توفیق شما و همه محصلین را خواستارم» حسین خمینی، پسر 46 ساله آیت‌الله سید مصطفی خمینی، بعد از فوت امام(ره) هم وارد سیاست شد و حتی در سال 1383 به ایالات متحده آمریکا و عراق سفر کرد و دیدارهایی هم در آن کشور داشت اما از سال 1384 به کشور برگشته است و اکنون در قم زندگی می‌کند سید مصطفی خمینی فرزند دیگری هم داشت که یورش ناگهانی مأموران ساواک در روز 13 دی 1343 به منزل امام برای دستگیری حاج آقا مصطفی سبب ترس و وحشت همسر او شد که با سقط جنین و از بین رفتن فرزند چهارم ایشان همراه بود.(www.mashreghnews.ir/fa/news/74827) « زندگینامه سید احمد خمینی» حاج احمدآقا خمینى در تاریخ 24 اسفند سال 1324 به دنیا آمد. حاج احمدآقا دوران دبستان و دبیرستان را در قم سپرى کردند. پس از اخذ دیپلم از دبیرستان حکیم نظامى قم با اشاره و توضیح امام خمینى تحصیلات حوزوى خود را شروع کردند. ایشان از همان آغاز تحصیل در حوزه علمیه همانند یک طلبه عادى با سادگى و بى اعتنا به شأن آقازادگى مشغول فراگیرى علوم اسلامى شدند. حاج احمدآقا پس از گذشت چند سال دوره سطوح عالى را پشت سر گذاشت. حاج احمدآقا فرزند شخصیتى بود که نهضت اسلامى با هدایت و رهبرى او شکل گرفته بود. پرورش در چنین خاندانى خواه ناخواه وى را درگیر مسائل مبارزاتى مى کرد. در دورۀ مبارزات امام خمینى از مهر سال 1341 تا تبعید در آبان 1343 با توجه به حضور برادر بزرگ، آیت الله شهید سیدمصطفى خمینى در کنار پدر، نقش سیاسى و مبارزات حاج احمدآقا تحت الشعاع نقش برادر قرار گرفته است. پس از تبعید امام به ترکیه و از آنجا به نجف است که اندک اندک نقش سیاسى و مؤثر ایشان در نهضت خود را نشان مى دهد. على رغم پیش بینى ساواک مبنى بر احتمال فعالیت هاى سیاسى، حاج احمدآقا در تهیه، تکثیر و توزیع اعلامیه هاى حضرت امام خمینى که از نجف صادر مى شد، یا اعلامیه هاى دیگر نقش فعالى داشت. با حساسیتى که ساواک به ایشان داشت میزان هوشمندى و توانایى مخفى کارى وى آشکار مى شود. فعالیت هاى سیاسى ایشان به صورت مخفى بود و کمتر کسى از جزئیات آن اطلاع داشت. او و دوستانش منزلى را اجاره کرده بودند و اعلامیه هاى حضرت امام را براى تکثیر به این خانه مى بردند. پس از اینکه آنها را آماده مى کردند، ترتیبى مى دادند تا در اسرع وقت در همه شهرهاى کشور بین مبارزان توزیع شود. حجت الاسلام محتشمى مى گوید: «حاج احمدآقا همان طورى که در داخل ایران ارتباط مستقیم با گروه هاى سیاسى و احزاب و گروه هاى مسلح ضد رژیم شاه داشت، ارتباطاتى با مبارزین لبنانى هم برقرار کرده بود. ابتدا به صورت مشخص و متمرکز رابطه حاج احمدآقا با آقاى موسى صدر رئیس مجلس شیعیان لبنان و حرکت امل به فرماندهى دکتر چمران بود. کانال ارتباطى ایشان در لبنان این سه جهت بود که مشخصاً مربوط مى شد به آقاى موسى صدر، ولى در عین حال با سایر شخصیت ها و گروه هاى چریکى هم که در ارتباط با سازمان آزادى بخش فلسطین بودند، بى ارتباط نبود. از طریق شهید محمد صالح حسینى و از طریق آقاى جلال الدین فارسى این ارتباطات وجود داشت و شخصاً با برخى از افراد فلسطینى مثل ابوجهاد یا ابوایاض که در آن موقع چهره هاى موجهى در میان فلسطینى ها و سازمان آزادى بخش فلسطین داشتند، ارتباط داشت.» حاج احمدآقا خمینى پس از شهادت برادر، فصل جدیدى از حیات سیاسى خود را آغاز کردندو تا زمان رحلت حضرت امام در کنار ایشان حضور داشتند و پس از رحلت ایشان نیز با رهبری و نظام همراهی کردند و سرانجام در 25 اسفند 1373 از دنیا رفتند. فرزندان حاج احمد آقا از حاج احمد خمینی و فاطمه طباطبایی سه پسر متولد شدند که بزرگترینشان سیدحسن امروز متولی بیت، مرقد امام و مؤسسه مرتبط با آثار امام است. سیدحسن خمینی اول مردادماه 1351 در قم متولد شد. در بیوگرافی وی که در سایت شخصی اش منتشر شده آمده: «دوره راهنمایی و پایه هایی از دوره دبیرستان وی در مدرسه نیکان سپری می شود اما در سال 1366 (در سال دوم دبیرستان)، عازم جبهه های نبرد حق علیه باطل می شود و درنهایت امر در سال 1369 در حالی که سال چهارم را به طور متفرقه گذرانده بود، دیپلم ریاضی خود را اخذ می کند.» او در سال 68 تحصیلات حوزوی خود را به توصیه پدر و پدربزرگش (حضرت امام ) آغاز می کند. از سال 72 تحت نظر پدربزرگش مرحوم سلطانی طباطبایی، سطوح عالی را آغاز می کند. سیدحسن خمینی از سال 1370 تدریس در حوزه را آغاز کرده. تدریس خارج اصول را نیز از سال تحصیلی 90ـ1389 شروع کرده و هم اکنون در محل مدرسه دارالشفای قم ادامه دارد. سید حسن خمینی از سال 1373 و به دنبال در گذشت پدر بزرگوارش عهده دار تولیت حرم مطهر و موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی (ره) شد. نوه حضرت امام در 24 سالگی با سیده فاطمه فرزند آیت الله سید محمد موسوی بجنوری وصلت کرد. حاصل این ازدواج چهار فرزند به نام های سید احمد، سیده نرگس، سیده فرشته و سید محمدهادی است. یاسر و علی بعد از سیدحسین خمینی، یاسر فرزند دوم سیداحمد آقاست. یاسر با سیده حورا صدر، دختر سید محمد صدر ازدواج کرده است. سید علی خمینی کوچک ترین فرزند سید احمد خمینی و داماد سید جواد شهرستانی است . سیدعلی متولد سال ۱۳۶۴ بوده و در حوزه علمیه قم مشغول تحصیل و تدریس است. «دختران حضرت امام» زهرا مصطفوی زهرا مصطفوی، دبیرکل تشکل جمعیت زنان جمهوری اسلامی و همسر محمود بروجردی است. وی دکترای الهیات دارد و عضو هیات علمی دانشکده الهیات (گروه کلام و فلسفه اسلامی) دانشگاه تهران است. وی یک فرزند دختر به نام لیلی بروجردی و یک فرزند پسر به نام مسیح بروجردی دارد. صدیقه مصطفوی صدیقه مصطفوی (اشراقی) وی دارای چهار دختر و سه پسر است ؛ زهرا، عاطفه، نفیسه و نعیمه ، محمد تقی، علی و مرتضی. فریده خمینی فریده مصطفوی وی دارای یک دختر به نام فرشته است .(asredena.com/fa/news/3110)