در سفینه البحار ، کلمه «سجد » آمده است : یکی از مساجد مدینه مسجد امیر المومنین علی علیه السلام است . این مسجد نزدیک مسجد فتح است . حضرت علی علیه السلام در شبهای جنگ خندق در این مکان نماز می خواند و از مدینه نگهبانی می کرد . ( ج2 ص 600 چاپ دو جلدی سنگی )
در سایت زیارت آمده است :  مساجدی از مدینه به نام حضرت علی علیه السلام :
1- مسجد امام علی (ع)، از مساجد تاریخی مدینه است که در منطقۀ مناخه، میدان مصلّی العید و در فاصلۀ 290 متری غرب مسجد نبوی و 90 متری مسجد غمامه قرار دارد. نقل است که امیرمؤمنان(ع) بعد از رسول اکرم(ص)، بارها نماز عید را در این محل اقامه کرده اند. بنای فعلی آن در سال 1411قمری بازسازی گردیده است و از زیبایی خاصی برخوردار میباشد.

2- مسجد حضرت علی (ع)، مسجدی بوده است در منطقۀ احد نزدیک مقبرۀ حضرت حمزه که نام آن در منابع تاریخی آمده است. برخی نیز مسجد حمزه را در این منطقه همان مسجد حضرت علی(ع) میدانند.
3- مسجد حضرت علی (ع)، مسجدی است در منطقۀ خیبر به فاصلۀ 120 کیلومتری مدینه که جایگاه همان دژی است که درب عظیم آن به دست نیرومند امیرالمؤمنین علی(ع) گشوده شده است.
4- مسجد حضرت علی (ع)، نام مسجدی بوده در کنار مسجد قبا در مدینه که محل نماز آن حضرت در صدر اسلام بوده است. این مسجد در توسعۀ جدید مسجد قبا از بین رفته است.
5- مسجد امام علی (ع)، یکی از شش مسجد تاریخی در منطقۀ جنگ خندق در مدینه است که در دامنۀ کوه سلع قرار دارد و نمازگاه و محل  عبادت آن حضرت در جنگ خندق بوده است. حضرت علی(ع) در این جنگ نقش بسیار حساس و مؤثری داشته و یکی از فرماندهان بزرگ سپاه کفر به نام عمروبن عبدود  را در نبردی تن به تن به هلاکت رسانیده است. بنای فعلی مسجد با طول 20/5 متر و عرض 40/6 متر مربوط به دوران عثمانی است.
در سایت مرکز تعلیمات اسلامی واشنگتن آمده است :  
از میان شش مسجد موجود در مدینه، مسجدی نیز اختصاص به علی بن ابی طالب (ع ) دارد. برخی از محققان برآنند مسجدی که اکنون به نام ابوبکر شهرت دارد همان مسجد علی (ع ) است ، کما اینکه مسجدی که با نام مسجد علی (ع ) شناخته می شود، مسجد ابوبکر است. این مسجد بر زمینی مرتفع قرار گرفته که با پشت سر گذاشتن چند پله می توان به آن رسید. مساحت این مسجد در حدود 200متر مربع است.
 خبرگزاری تحلیلی ایران چنین آورده است :
انتقادها برای بسته بودن مسجد امام علی(ع) در مدینه
خبرگزاری رسا نوشت:

 بی توجهی حکومت آل سعود به حفظ و نگهداری آثار اسلامی سرزمین وحی، انتقاد یکی از روزنامه های این کشور را نیز بر انگیخت.  روزنامه الوطن عربستان در گزارشی با اشاره به بسته شدن تعدادی از مساجد تاریخی مدینه برای سالهای متمادی، نهادهای گردشگری و امور اسلامی این کشور را به سستی در ترمیم و حفاظت از این آثار دینی و تاریخی متهم کرد.
این روزنامه نوشت: بسته بودن این مساجد موجب از دست رفتن هزاران زائری شده است که از داخل و خارج عربستان برای بهره بردن از این اماکن به این کشور سفر کرده اند.
روزنامه الوطن در ادامه خبر خود به مسجد حضرت علی (ع) از مجموعه مساجد هفت گانه، اشاره کرده است که از جمله مساجدی است که مدت هاست امکان حضور زائران در آن فراهم نیست و بسته بودن این مسجد و مسجد سلمان فارسی در این منطقه را به دلیل ناهماهنگی بین سازمان های امور اسلامی و اوقاف و گردشگری و ابنیه تاریخی دانسته است.
این روزنامه عربستانی با اشاره به فاصله تنها چند صد متری تعدادی از این مساجد با حرم مطهر نبوی، از عدم امکان استفاده از این مساجد و اقامه نماز در آنها انتقاد کرده است.
پیش از این نیز بسیاری از دلسوزان و علمای جهان اسلام، نسبت به روند تخریب و بی اعتنایی به آثار اسلامی موجود در مکه و مدینه هشدار داده بودند.
گفتنی است روند تخریب آثار اسلامی، خصوصا آثار مرتبط با اهل بیت (ع) در مکه و مدینه، هر روز وضعیتی بغرنج تر می یابد به گونه ای که دامنه این تخریب ها مدتی است که به مساجد نیز رسیده است. طی سالهای گذشته بسیاری از این نمادهای اسلامی به بهانه گسترش و نوسازی حرم نبوی و خانه خدا، تخریب شده اند.