مطلب خاصی که از مرحوم علامه طباطبایی در رابطه با دکتر شریعتی وجود دارد، سندی است که در پاییز 1388 هفته نامه پنجره آن را منتشر کرده است که در آن سند از علامه در رابطه با آثار دکتر شریعتی سوال می شود و ایشان در پاسخ آثار دکتر شریعتی را تایید نمی کند. عین سوال و جواب چنین است:
حضرت آیت ا… علامه حاج سید محمدحسین طباطبایی(دام ظله)
با تقدیم سلام مفتخراً و محترماً به عرض آنحضرت می رساند. اخیرا در تهران شایع کرده اند نعوذ با… حضرتعالی نوشته های علی شریعتی را تأیید کرده و فرموده اید کوچکترین ایرادی در آن دیده نمی شود. استدعا دارم بذل توجهی فرموده برای روشن شدن حقایق و نجات عده ای از ضلالت نوشته ای مرقوم بفرمایید.
پاسخ علامه:
بسمه تعالی
این جانب نوشته های دکتر شریعتی را هرگز تصدیق نکرده و چنین سخنی به احدی نگفته ام و نوع مطالب ایشان اشتباه و طبق مدارک دینی اسلامی غیرقابل قبول می باشد.
لذا بحث تکفیر مطرح نبوده است.