هر نوشتار و نویسنده ممکن است نقاط قوت و اصول مثبت داشته باشد که شناخت و عرفی آنها مقتضای انصاف است و نیز همین موارد می‌تواند پایه برخی اشکالات بر آن باشد، نقاط مثبت کتاب نقد قرآن عبارت است از: 1ـ هدف، منابع و روش خود را مشخص و به صورت شفاف بیان کرده است (مقدمه ص 19، 23 و ..)
2ـ اعتراف به زیبایی کلام قرآن که یکی از جاذبه‌های مهم آن است (فصل اول ص 27)
3ـ دعوت به بی‌طرفی علمی و دقت عقلی و علمی در بررسی مطالب (ص 19)
4ـ منابع فهم قرآن را مشخص کرده است (کتاب و سنت) و به زحمت‌های زیاد عالمان دینی در حفظ و تدوین احادیث و نیز ساختن دستگاه رفیع فقه و به وجود آوردن فلسفه و کلام اسلامی، عرفان اسلامی و اخلاقی اسلامی اعتراف می‌کند (فصل اول، ص 34)
5- توصیه به مراجعه و قرائت قرآن می‌کند و سفارش می‌نماید که هرگاه مطلبی ابهام یا تضاد داشت باید به تفاسیر معتبر مراجعه کنید (فصل اول ص 38)

تذکر: اگرچه مطالب فوق از نقاط قوت مطالب نویسنده کتاب نقد قرآن است لیکن در بررسی کتاب فوق متوجه می‌شویم که بسیاری از این مطالب و اصول نیکو که در اینجا ذکر شده در متن کتاب ایشان رعایت نشده است (موارد و مصادیق در ادامه خواهد آمد).