یکی از موضوعاتی که در روایات امام صادق (ع) به زیبایی بیان شده است، دعاهای آن حضرت درباره امام زمان (عج) است، امام جعفر صادق (ع) احادیث و دعاهای زیادی راجع به حضرت مهدی (عج) بیان کردند، از جمله کتاب «صحیفه مهدیه»که مضامین زیبایی در آن وجود دارد، همچنین دعای امام صادق (ع) در روز جمعه که بعد از نماز عصر توصیه شده است. امام جعفر صادق (ع) در زیارتی که برای امام حسین (ع) بیان فرموده است، فرازهایی از امام زمان (عج) وجود دارد، از همه مهم‌تر امام صادق (ع)، مردم آخر الزمان را به دو دعا توصیه فرموده است.

امام صادق (ع) دعای معرفت را در دوران غیبت سفارش فرمودند تا به وسیله این دعا شناخت خدا، پیامبر و امام را طلب کنیم که محتوای دعای معرفت بدین شرح است: «اَللهُمَ عَرِفنی نَفسَکَ فَاِنَکَ اِن لَم تُعَرِفنی نَفسَکَ لَم اَعرِف نَبِیَک، اَللهُمَ عَرِفنی رَسُولَکَ فَاِنَکَ اِن لَم تُعَرِفنی رَسُولَکَ لَم اَعرِف حُجَتَکَ، اَللهُمَ عَرِفنی حُجَتَکَ فَاِنَکَ اِن لَم تُعَرِفنی حُجَّتَکَ ضَلَلتُ عَن دینی».

همچنین امام جعفر صادق (ع) می‌فرماید: «بزودی با شبهه‌ای مواجه می شوید که علم و امام برای اینکه شما را از شبهه خارج کند، ندارید و سرگردان می‌شوید و از این شبهه کسی نجات پیدا نمی‌کند، مگر کسی که به وسیله دعای غریق خدا را بخواند» و مضمون دعا این است: « یَا اللَّهُ یَا رَحْمَانُ یَا رَحِیمُ، یَا مُقَلِّبَ الْقُلُوبِ ثَبِّتْ قَلْبِی عَلَى دِینِکَ».