منصب قائم مقام رهبری در قانون اساسی وجود نداشته و ندارد و در آن زمان بنا به اقتضائات و شرایط زمانی خاص , نظیر وضعیت جسمی حضرت امام (ره) , جنگ و تهدیدهای مختلف و… , مجلس خبرگان رهبری تصمیم به در نظر گرفتن « جانشین » حضرت امام (ره) گرفت تا در موقع بروز حادثه ای , موضوع حساس رهبری با مشکلی مواجه نشود از این رو مجلس اول خبرگان رهبری در اجلاسی فوق العاده که در آبان ۶۴ برگزار نمود آیت الله منتظری را به عنوان جانشین رهبری انتخاب کردند.آیت الله هاشمی رفسنجانی در این زمینه می نویسد : « کسالت های امام آن هم در زمان جنگ و اختلافات داخلی مایه نگرانی بود. فکر شد که لازم است جانشینی برای امام مشخص گردد که در صورت بروز حادثه ای، دچار خلاء مرکزیت و مشروعیت نشود. در بین علما و مراجع، آیت الله منتظری دارای بیشترین صلاحیت شناخته شدند ومقدماتی برای رسمیت دادن به آن انجام گرفت .»( ر.ک : خاطرات هاشمی رفسنجانی ,کتاب امید و دلواپسی)البته این تعیین جانشین از سوی خبرگان، با عنوان قائم مقام رهبری صورت نگرفت و نظر واحدی که خبرگان در اجلاسیه فوق العاده آبان 1364 به آن رسیدند، این بود که خبرگان رهبری، در این زمان، ایشان را مصداق منحصر به فرد بخش اول از اصل یکصدوهفتم قانون‌اساسی می‌دانند . در آن اجلاسیه، بنابراین گذاشته شد که این خبر، علنی بیان نشود؛ ولی با اصرار علاقه‌مندان به آقای منتظری و زمینه‌سازی برخی مطبوعات، زمزمه‌هایی از سوی برخی اعضای مجلس‌خبرگان، در این باره به گوش رسید و سرانجام این خبر به صورت رسمی اعلا‌م شد. از آن پس، در جمهوری اسلامی ایران، نهادی با عنوان «قائم مقام رهبری» تأسیس شد که بسیاری از تصمیم‌ها از آن طریق گرفته می‌شد. اما روند قضایا شکل دیگری پیدا کرد و به خاطر بروز مسائلی از جمله فقدان بینش سیاسی لازم و نفوذ برخی افراد در بیت آقای منتظری، در نهایت امام مجبور به صدور نامه 6/1/68 شد و عملا‌ امام ایشان را عزل کردند.هر چند در این باره امام راحل نظر قطعی خود را قبل اعلام کرده بودند و دیدگاه ایشان برای اعضای خبرگان، محترم و معتبر بود، اما به هر حال، این مسئله باید از طریق رسمی خود انجام می پذیرفت تا نمایندگان مجلسی که خود آقای منتظری را به عنوان قائم مقام رهبری انتخاب کرده بودند به موضوع استعفای وی رسمیت می بخشیدند. اگر خبرگان ، این مسئله را فیصله نمی‌دادند، ممکن بود بعدها از سوی افرادی شبهه پراکنی شود که خبرگانی که وی را به قائم مقامی رهبری برگزیده‌اند، انتخاب خود را ملغی و باطل اعلام نکرده‌اند. این موضوع به بحث گذاشته شد و اکثریت قریب به اتفاق اعضای حاضر در جلسه، استعفای قائم مقام رهبری را که طی نامه‌ای (7/1/68) به حضرت امام اعلام کرده بود، پذیرفتند.