شهید مطهری در مورد ضمیر ناخود آگاه مطلبی فرموده‌اند که خلاصه‌اش چنین است: «بخش اعظم وجود انسان ـ مانند کوه یخی که بخش بزرگی از آن در زیر آب قرار گرفته ـ از خود انسان نیز پنهان است؛ از این بخش پنهان، به شعور باطن یا ضمیر ناخودآگاه تعبیر می‌شود؛ و تزکیه‌ی نفس یعنی پالایش نمودن همین بخش از وجود انسان؛ چرا که ریشه و اساس بسیاری از رفتارهای انسان، در همین ضمیر ناخودآگاه است و رذائل اخلاقی از ناپاکی این بخش از وجود انسان سرچشمه می‌گیرد. گاه انسان خیال می‌کند که از رذائل اخلاقی به کلّی پاک شده است ولی در شرایط خاصّی همین آدم دست به کاری می‌زند که خودش نیز باور نمی‌کند. باطن انسان مثل استخری پر از آب است که اگر کاملاً تمیز باشد با به هم خوردن آب آن، بوی نامطبوعی از آن احساس نخواهد شد و زلالی آن از بین نخواهد رفت؛ امّا اگر در عمق آن لجن خوابیده باشد، در نگاه اوّل، آب آن کاملاً زلال به نظر می‌رسد ولی آن‌گاه که آب آن به تلاطم در‌آید، لجن بالا آمده و آب را کدر و بدبو خواهد کرد. رذائل اخلاقی نیز گاه در ضمیر ناخودآگاه آدمی ته‌نشین می‌شوند و آن موقع که وجود آدمی با اتّفاقی به تلاطم در آمد، این میل‌های خفته، بیدار می‌شوند.» (یادداشتهای استاد مطهری، ج 2، ص 111 و ص 129 )
تعابیری چون «شعور باطن» و «ضمیر ناخوادآگاه» و تمثیل کوه یخ، در واقع برآمده از برخی مکاتب فلسفی و روان‌شناختی غربی است. اوّلین کسی که ضمیر ناخودآگاه یا ذهن ناهشیار را به صورت رسمی و جدّی در روان‌شناسی و روان‌کاوی مورد توجّه قرار داد، عصب‌شناس اتریشی، «زیگموند فرُوید» بود که امروزه به عنوان پدر علم روانکاوی شناخته می‌شود. مثال کوه یخ را هم او به شهرت رساند. فروید ذهن را به دو قسمت هشیار و ناهشیار تقسیم کرد. بخش هشیار ذهن در برگیرنده‌ی تمام افکار، احساس‌ها و اعمالی است که ما در حال حاضر از آن آگاهی داریم. ناهشیار شامل چیزهایی است که از آگاهی شخصی ما پنهان است. به باور فروید، ناهشیار، انگیزه‌های ابتدایی و غریزی ما و نیز خاطره‌ها و هیجان‌های اضطراب آوری که از نفوذ آن‌ها به ذهن هشیار جلوگیری شده‌است، را در بر می‌گیرد. فروید یک ساختار عمودی و مرتبه‌ای برای ذهن ارائه داد: ذهن هشیار، نیمه هشیار و ذهن ناهشیار، که هر یک زیر سطح دیگری قرار می‌گیرند. شاید بتوان همه این مطالب را در این آیه شریفه خلاصه کرد که می‌فرماید: «قل کل یعمل علی شاکلته»(سوره اسراء، آیه۸۴)
بگو هر کس بر اساس ساختار روانی و نیت خود عمل می‌کند.
نیت و شاکله وجودی هر کس، حاصل ملکات نفسانی اوست که در ضمیر ناخودآگاه او ریشه دوانده است و در موقع رفتار، خود را نشان می‌دهد.