سید مرتضی رحمه‌الله به‌حدی محترم و معظم و جلیل‌القدر بوده که خلیفه وقت از ترس دشمن به خانه او پناهنده می‌شده است. البته هر دو برادر (سید رضی و مرتضی رحمهماالله) عظمت داشتند، ولی سید مرتضی با آن همه عظمت، تقیه می‌کرده است. شیخ مفید رحمه‌الله هم عظمت داشت، اما چون تقیه نمی‌کرد، اهل‌سنت با او موافق و خوب نبودند. همچنین در جدل مخصوصاً در بحث امامت ید طولایی داشت و بر علمای عامه فایق بود؛ لذا بعد از وفاتش گفتند: از دستش راحت شدیم؛ «أَراحَنَا الله ُ مِنْهُ!»
سید مرتضی رحمه‌الله هم در بحث امامت بسیار مهارت داشت، اما تقیه می‌کرد و به اعلانِ سبّ شیخین و خلفا راضی نمی‌شد.