شیعیان معتقدند پیدایش این واژه به دوران پیامبر(ص) برمی‌گردد و نامگذاری آن برای علی بن ابی طالب علیه السلام بوده است اما پس از منع خلافت از امام علی(ع) این واژه تا پیش از خلافت ایشان در مورد خلیفه دوم و سوم به کار رفته است. بر اساس دیدگاه شیعه انتساب لقب امیرالمؤمنین به امام علی (ع) توسط پیامبر در سال ۱۰ هجری قمری در واقعه غدیر خم صورت گرفت؛ پیامبر در این واقعه علی(ع) را به عنوان جانشین خود و مولای همه مسلمانان معرفی کرد و از همگان خواست بر علی با لقب «امیرالمؤمنین» سلام کنند که به دنبال این فرمان مسلمانان به صورت دسته دسته وارد خیمه علی(ع) شدند و به همان نحوه‌ای که پیامبر امر کرده بود، به او سلام کردند.( شیخ مفید، الارشاد فی معرفة حجج الله علی العباد، ج۱، ص۱۷۶) 
از دیدگاه شیعه جمله‌ مشهوری که عمر بن خطاب در واقعه غدیر پس از تبریک به علی(ع) گفته بود گویای نامگذاری علی به امیرالمؤمنین است. عمر بن خطاب به علی(ع) گفته بود: “بَخٍّ بخٍّ لک یابن ابی‌طالب أصبَحتَ و أمسَیتَ مولای و مولی کلِّ مؤمنٍ و مؤمنَهٍ”(ترجمه: آفرین بر تو یا علی! تو مولای من و مولای همه زنان و مردان مؤمن شدی) (همان، ج۱، ص۱۷۷)
برخی محققان تأکید بر قید مؤمن در جمله تبریک‌ عمر را ناظر به پذیرفتن وی به اعطای لقب امیرالمؤمنین به علی دانسته‌اند.( منتظری مقدم، بررسی کاربردهای لقب «امیرالمؤمنین» در بستر تاریخ اسلام، بهار ۸۷، ص۱۳۶)
در منابع تاریخی شیعه گزارش شده است علاوه بر واقعه غدیر، پیامبر(ص) در موقعیت‌های دیگری نیز لقب امیرالمؤمنین را به علی(ع) داده است: 
۱. سلام به علی تنها با خطاب امیرالمؤمنین
شیخ مفید روایتی مشهور میان محدثان نقل کرده است که پیامبر به هفت تن از اصحاب خود از جمله ابوبکر، عمر، طلحه و زبیر فرمان داد تا بر علی با لقب امیرالمؤمنین سلام کنند.( شیخ مفید، الارشاد، ج۱، ص۴۸)
منابع دیگری نیز به دستور پیامبر در سلام کردن بر علی(ع) با لقب «إمرةالمؤمنین» اشاره کرده‌اند.( ابن‌عقده کوفی، فضائل امیرالمؤمنین، ص۱۳) 
۲. زنان پیامبر گواه اعطای لقب امیرالمؤمنین
بر اساس گزارش شیخ مفید، برخی از زنان پیامبر در چند جا شاهد اعطای لقب امیرالمؤمنین به امام علی بوده‌اند که یکی از آنان ام‌سلمه بوده است. پیامبر(ص) با اشاره به علی(ع) به ام‌سلمه گفته بود: «إسمعی و إشهدی هذا علیّ امیرالمؤمنین و سیدالوصیین.» (ترجمه: به آن چیزی که می‌گویم بشنو و گواهی ده! این علی امیر مؤمنان و سرور اوصیا است.)( شیخ مفید، الارشاد، ج۱، ص۴۸) علاوه بر آن گزارشی از انس بن مالک نقل شده که او به خانه ام‌حبیبه از همسران پیامبر رفت و پیامبر به او گفت: «اکنون از این در امیرالمؤمنین و خیرالوصیین… بر تو وارد خواهد شد.»
انس در ادامه گفته است: با خود در این اندیشه بودم که شاید مردی از قوم من وارد خواهد شد اما اندکی بعد علی بن ابی طالب از در وارد شد.( ابن‌عساکر، تاریخ مدینة دمشق، ج۴۲، ص۳۰۳ و ۳۸۶؛ شیخ مفید، الارشاد، ج۱، ص۴۸؛ابونعیم اصفهانی، حلیة الاولیاء و طبقات الاصفیاء، ج۱، ص۶۳) 
تعبیر خاص برخی از صحابه از امیرالمؤمنین
برخی از یاران امام علی (ع) نظیر ابوذر و حذیفة بن یمان پس از به کاربردن لقب امیرالمؤمنین برای علی (ع) از تعبیر خاص «حقاً حقاً» استفاده می ‌کردند. استفاده از این تعبیر به آن دلیل بود که لقب امیرالمؤمنین پس از دوره پیامبر (ص) برای خلیفه دوم و سوم استفاده می‌شد و برای آنکه کاربرد آنها با تعبیر رایج آن دوره اشتباه نشود و برای مخالفت با کاربرد این لقب برای غیر علی (ع) درباره ایشان اینگونه می‌گفتند: «…امیرالمؤمنین حقاً حقاً» (ترجمه: حقیقتاً علی امیرالمؤمنین است.) (شیخ طوسی، الامالی، ص۴۸۶؛ بلاذری، انساب الاشراف، ج۲، ص۳۶۶؛ شیخ مفید، الارشاد، ج۱، ص۴۷ و ۴۸) 
دیدگاه اهل سنت
مورخان اهل سنت بر این باورند که واژه امیرالمؤمنین نخستین بار برای خلیفه دوم، به کار رفته است. آنان یکی از دلایل انتساب این لقب به خلیفه دوم را جایگزینی آن با لقب اولیه او یعنی خلیفةُ خلیفةِ رسول الله (ترجمه:جانشینِ جانشینِ رسول خدا) به دلیل تعدد کلمات و ترکیب سنگین این لقب دانسته‌اند. عبدالله بن جَحش، عمرو عاص، مُغَیرة بن شُعبَه و ابوموسی اشعری به عنوان نخستین کسانی‌ که خلیفه دوم را امیرالمؤمنین خطاب کرده‌اند، معرفی شده‌اند.( یعقوبی، تاریخ یعقوبی، ج۲، ص۱۴۷ و ۱۵۰؛ ابن خلدون، مقدمه ابن خلدون، ج۱، ص۴۳۵ و ۴۳۶)
از سوی دیگر برخی از مورخان نظیر مسعودی نیز نامگذاری خلیفه دوم به این لقب را فراتر از اقدام یک یا دو نفر و حاصل یک فرایند دانسته که در چند مرحله تثبیت شده است.( مسعودی، مروج الذهب، ج۲، ص۳۱۳؛ منتظری مقدم، بررسی کاربردهای لقب «امیرالمؤمنین» در بستر تاریخ اسلام، بهار ۸۷، ص۱۴۴)
بر اساس برخی گزارش‌ها شخص خلیفه دوم نیز در این نام‌گذاری نقش داشته است.( طبری، تاریخ الامم و الملوک، ج۴، ص۲۰۸)